氨基酸组成计算器

组成不是多肽行为的一种属性，它是一份清单。它的价值来自这样一件事：肽页面上的其他每一个描述量都是用这份材料搭起来的。平均疏水性是把一个加权和除以残基数。消光系数是对色氨酸、酪氨酸和胱氨酸对的加权和。分子量是各残基质量之和。在这些式子里，本页给出的计数要么是除数，要么是被加数之一，所以组成上的错误不会停在原地，它会传播到之后算出的每一个数字。

所以在其他任何事情之前先做这个计数，是一种纪律而不是一种形式，因为它既是页面上最便宜的一个可核对数字，也是被重复使用得最广的一个。转录上的手误几乎总是在这里露出来。把某个残基替换成另一个残基，长度不变，而一个计数升高、另一个计数降低，这一点靠检查长度看不出来，靠一张组成表却很明显。缺失确实会改变长度，所以长度能先抓住它，但组成随后能指出缺的是哪一个计数、缺了多少，而这通常已经足够定位到位置。

本页上的这些百分比是写成百分数的摩尔分数，不是质量分数，而两者在每个残基上都不一致，差距可能很大。换算并不是把整张表乘一个系数就行。每一个百分比都要乘以它所属残基的表中质量，把结果加起来，再除以总数。这个加权步骤正是 平均分子量计算器 所做的，所以这两个页面合起来给出的是摩尔组成，以及其中每一部分所承载的质量。

一条 GWWY 的链把这个差距看得很清楚。四个位置里有三个是芳香族残基，按计数每一个都占这条链的 75%，而每一个所带的残基质量都远高于多肽的平均值。所以这三个位置占的质量份额明显大于 75%。这里没有不一致：两个数字回答的是两个不同的问题，想要质量分解的读者必须去换算，而不是假定它们相同。任何从计数出发的估算，改变的幅度都取决于是从两者中的哪一个出发的。

二十种残基各自被归入且仅归入一类，这正是各类百分比容易计算却不好合并的原因。 芳香性计算器 以及疏水、极性和带电三个比例页面读的都是同一套分类，区别只在于各自对哪些类别求和。代价是同一个残基可以同时回答不止一个问题。酪氨酸之所以是芳香族，是因为它的环系吸收紫外光；之所以是极性的，是因为它的酚羟基与水形成氢键；而在它的大部分表面上，它又是非极性的。一套分类，三个站得住脚的问题，三个互相重叠的答案。

把一个类别当成关于连接方式的陈述，而不是关于行为的陈述，这样看是值得的，因为它本来讲的就是连接方式。半胱氨酸被列为极性，是因为游离的巯基能形成氢键，而一旦半胱氨酸形成了二硫键，这样的基团就不存在了。组氨酸被列为碱性，是因为它能够接受一个质子，而在远高于它自身 pKa 的 pH 下，它大部分处于未质子化状态，因而大体是中性的。两个标签都不错，可一旦环境不是这套分类当初所设想的那一种，两个标签都不大管用。当问题关乎电荷而不是关乎归属时，这正是应该去用 净电荷计算器 的一个好理由。

有一个诱人的做法是把本页反过来用：拿一个分子量，问是哪种组成产生了它。这条路会因为两个彼此独立的原因而失败，其中任何一个单独就足以致命。亮氨酸和异亮氨酸在平均标尺和单同位素标尺上所列的残基质量完全相同，所以即使质量毫无误差，两者之间仍然留着一个无法打破的选择。另外，任何一组给定的残基都可以按任何顺序排列，而顺序在质量里不留任何痕迹。质量既不能确定存在哪些残基，也不能确定它们处在什么位置。

质量推测序列估算器 把这个歧义摆出来而不是藏起来，它也不会替你指出一个组成。组成只在正方向上可靠：你手上已经有序列，问的是它由什么构成。 由序列求分子量 讲的是计数与残基质量如何合在一起， 分子式计算器 把同一份组成继续推进到元素计数，每形成一个肽键就减去一个水，而 消光系数计算器 用到三个残基计数，外加一个必须由你自己提供的键数。