电荷-pH曲线计算器
使用 Henderson-Hasselbalch 方法在整个 pH 0-14 范围内采样净电荷,用于绘制电荷-pH 曲线。教育参考,不构成医疗建议。
序列分析
计算器输入项
这是一个数学与实验室参考工具。它不进行诊断、治疗或剂量推荐,也不构成医疗建议。
常见问题
What does the charge vs pH curve calculator show?
It plots a peptide's predicted net charge across the full pH range from 0 to 14, sampling the same net charge function used by the net charge and isoelectric point calculators at 30 points.
How do I use the charge vs pH curve calculator?
Enter a peptide sequence. The calculator generates a chart, and underlying point list, of charge against pH without needing you to pick a specific pH.
What method underlies each point on the charge vs pH curve?
Each sampled point applies the Henderson-Hasselbalch equation with the Bjellqvist pKa scale to every ionizable group in the sequence, exactly as the net charge at pH calculator does for a single value.
Why look at the whole charge vs pH curve instead of one net charge value?
The curve shows where the charge crosses zero, the isoelectric point, how steeply charge changes around physiological pH, and whether the peptide stays strongly charged, and likely more soluble, across a wide pH window or only in a narrow one.
How many points does the charge vs pH curve sample?
30 points evenly spaced from pH 0 to pH 14, giving a resolution of roughly 0.48 pH units between points.
How does the charge vs pH curve relate to the isoelectric point calculator?
The pI calculator numerically finds the single pH where this curve crosses zero; the curve calculator shows the full shape the pI value comes from.
What happens with an invalid sequence on the charge vs pH curve calculator?
The calculator reports the same sequence validation errors, empty, too short, or invalid characters, as the other sequence based calculators before it will generate a curve.
Is the charge vs pH curve calculator free?
Yes, it runs entirely in your browser and sends no data to a server.
电荷-pH 曲线计算器在整个 pH 范围上对净电荷计算取样,把结果画成一条曲线,而不是返回一个数。
曲线比一个单一的 pH 值更有信息量,因为它显示的是形状。一段陡峭的台阶意味着那里有一个基团主导了过渡,一段平缓的区域意味着几个基团一起在滴定,而曲线的两端显示的是完全质子化和完全去质子化这两种形式的极限电荷。
它是净电荷和等电点两个计算器的可视化搭档,也是看清某个等电点为什么会落在那个位置的最快办法。
这条曲线是若干级台阶之和,每个可电离基团一级
每个能够得失质子的基团都贡献一级台阶,中心落在它自己的 pKa 上:质子化的基团在 pH 下降时上升,失去质子的基团则下降。画出来的曲线是这些台阶按各自符号相加的算术和,所以整体形状直接读出了基团的数量以及它们 pKa 值彼此隔开多远。一个 pKa 落在别的基团都不在的区域里的基团,会贡献一个干净的属于自己的台阶。两个 pKa 值靠得很近的基团则合成一级看上去像单独一件事、实际上是两件事的台阶。
这就是为什么看得见的台阶数通常少于可电离基团的数目。典型多肽的羧基彼此足够接近,会合并在一起;而读者在曲线上数出三级台阶就断定存在三个基团,多半是少数了。 净电荷计算器 通过把表中每一个 pKa 都包含进来而明确地数出基团,这是确定基团数更可靠的做法。 净电荷与 Henderson-Hasselbalch 指南 讲的就是这些台阶背后的逐基团算术。
为什么 29 个取样点决定了图上能显示什么
这里的曲线在跨度为 14 的范围上以 29 个等距 pH 值取样,也就是每半个 pH 单位一个点。这足以显示过渡发生在哪里,也足以把过零位置定位到半个取样间隔之内,也就是大约四分之一个 pH 单位。它不足以分辨一个非常陡的过渡的形状。一个被取了四次样的台阶,在相邻样本之间变化很大时可以看上去是平滑的,而两级靠得很近的台阶可能整个落在取样点之间。
这一点之所以重要,主要是因为图和专门的求解器对同一个量并不同样精确,而拿它们对比的读者可能会怀疑其中某一个有毛病。图对过零位置只给出近似值,因为它继承了取样间隔。 等电点计算器 不做取样:它先夹逼根,再把区间对半分,直到残余电荷可以忽略,所以它给出的过零位置要精细得多。如果两者相差超过取样间隔所允许的幅度,那么该重新输入的是序列,而不是该怀疑那段算术。
把斜率读成有多少基团同时在动
曲线的陡峭程度之所以有信息量,是因为它直接读出了每个 pH 单位变化了多少电荷,也就是有多少个基团同时处在它们的敏感区。一个处在自己 pKa 上的基团贡献的峰值斜率约为每 pH 单位 0.58 个电荷。两个 pKa 值靠近的基团贡献相加,曲线会比任何单个基团独自能达到的更陡。那段陡峭区间,就是 净电荷那一页 上的答案对所给 pH 的误差最敏感的范围。
平缓的区域也值得读。离所有 pKa 都远的地方,加上 0.1 个 pH 单位几乎不改变什么,这使那些区域宽容,而陡的区域不宽容,方式正好如上面所说。它也解释了整条曲线为什么是倾斜的:曲线并不关于中心对称,因为酸性基团在低 pH 一侧,碱性基团在高 pH 一侧,所以范围的两半贡献的电荷量不同。这种不对称就是序列的组成透了出来,而 多肽等电点详解 从等电点这一侧讲了同一件事。
把两端读成极限电荷
在两端,曲线趋近的值容易解释。在很低的 pH 下几乎每个基团都被质子化,所以电荷趋近模型所数的碱性基团个数,N 端也包括在内。在很高的 pH 下几乎每个基团都失去了质子,所以它趋近酸性基团个数的相反数,C 端也包括在内。因此两个极限之间的垂直跨度就是模型中可电离基团的总数,把它读出来是确认序列确实如你所想的一个快速检查。
这些极限是趋近而不是达到,29 个取样点到不了那里。一条看上去停在一加的曲线,可能只是到 pH 0.0 就结束了,而任一端的残余都是真实的算术结果,不是画图的产物。曲线上某个特定点所对应的缓冲条件是另一个问题、另一段算术,那正是 缓冲液稀释计算器 要做的事。曲线描述的是分子;到达一个选定的 pH 是曲线解决不了的实践问题。
本计算器的工作原理
同一个质子化项之和会在从 0 到 14 的 29 个等距 pH 值上分别求值,结果按 pH 作图。
每个可电离基团贡献一个以其 pKa 为中心的 S 形台阶。pKa 为 9.69 的 N 端在碱性区产生一级台阶;pKa 为 2.34 的 C 端、3.65 的天冬氨酸和 4.25 的谷氨酸在酸性区产生几级靠得很近的台阶。总曲线是它们之和。
等电点就是这个和过零的地方,所以图上的过零点与专用计算器给出的 pI 始终一致。
公式
-
charge(pH) = +1/(1 + 10^(pH - pKa)) for basic groups, -1/(1 + 10^(pKa - pH)) for acidic groups
在 pH 0 到 14 之间的 29 个点上取样。
完整算例
读一条电荷曲线
仅为算例。所选数字是为了便于核对运算过程,并不代表剂量、方案或任何建议。
已知
- 序列
- AGDE
- pI
- 2.93
- pH 0 与 pH 14 时的电荷
- about +1 and about -3
- 在很低的 pH 下每个羧基都被质子化而呈中性,所以电荷只从 N 端趋近 +1
- 代入
- as pH -> 0
- 结果
- about +1
- C 端最先失去质子,台阶中心在 pKa 2.34
- 代入
- pKa 2.34
- 结果
- charge falls by 1
- Asp 和 Glu 紧随其后,位置在 3.65 和 4.25,靠得足够近而合并,曲线在这里穿过零
- 代入
- pKa 3.65 and 4.25
- 结果
- charge falls by 2
- 在很高的 pH 下 N 端终于失去质子,台阶中心在 pKa 9.69,电荷趋近 -3
- 代入
- pKa 9.69
- 结果
- charge falls by 1
这说明了什么
AGDE 的曲线有三个向下的台阶和一个向上的台阶,而台阶数告诉你有多少个可电离基团。过零点落在第一和第二个向下台阶之间,而 2.93 的等电点正出现在那里。
理解各项输入
- 氨基酸序列
- 这条链,用单字母代码写成。曲线按两端游离、不带任何修饰来计算。
理解各项输出
- curve
- 一组取样得到的净电荷值及其对应的 pH 值,渲染为一条画出来的曲线。数据点就在页面里,所以这张图不是图片,数值可以直接读出来。
单位说明
- Titration
- “Titration” 指加入酸或碱以改变某个基团质子化状态的过程,以及记录这一过程的曲线。
常见错误
- 把斜率读成反应速率。它是电荷对 pH 的敏感度,反映的是在该 pH 上有多少个基团正在滴定。
- 指望曲线在两端正好到达 +1 或正好到达 -3。极限是渐近逼近的,29 个取样点到不了那里。
重要局限
- 与净电荷计算器用的是同一个模型:表中 pKa 值、两端游离、不考虑溶剂和温度的影响。
- 取样点数有限,所以两个靠得很近的 pKa 值之间一个非常陡的过渡可能被取样漏掉。