净电荷计算器
在所选 pH 下,累加末端及可电离侧链(Bjellqvist pKa 表)的 Henderson-Hasselbalch 电荷贡献。教育参考,不构成医疗建议。
序列分析
计算器输入项
这是一个数学与实验室参考工具。它不进行诊断、治疗或剂量推荐,也不构成医疗建议。
净电荷计算器估算一条多肽在给定 pH 的溶液中带多少电,做法是把每一个可电离基团的分数质子化程度加起来:两个末端,加上那些有 pKa 的侧链。
净电荷决定一条多肽在电场中如何表现、如何结合到带电表面,以及如何穿过一套色谱系统。它也是等电点据以定义的量。
结果是在一个明确说明的模型下得到的估算。所用的 pKa 值是孤立基团在溶液中的表中常数,而真实缓冲液中的真实多肽并不正好具有这些数字。
每个基团上的分数电荷从哪里来
每一个可电离基团都是一对处于平衡中的共轭酸碱,而质量作用定律固定了这两种形式之间的比值。升高 pH 有利于去质子化的形式,而质子化群体与去质子化群体之比等于十的 pH 减 pKa 次方。把这个关系解成分数而不是解成比值,就得到本页要相加的两项:碱性基团用正号表达式,酸性基团用负号表达式。这里没有任何东西是拟合或者调出来的。每一项贡献的形状都由平衡决定,而 pKa 就是两种形式丰度相等时的那个 pH。
这也是为什么这两个表达式互为镜像,而不是两个不同的公式,也是为什么每一项贡献都被正负一夹住。一个基团在任何方向上都不可能带超过一个电荷的量,因为它要么握着一个质子,要么一个也没有。把它们加起来得到的数通常不是整数,这不是缺陷。它是一个期望值:在一个每个基团都处在各自平衡分数上的群体里,每个分子的平均电荷,而不是带电位置的个数。 净电荷与 Henderson-Hasselbalch 指南 用一条更完整的曲线走过同一个推导。
为什么在 pKa 附近,0.5 个 pH 单位最要紧
一个基团对 pH 的敏感度在整个范围内并不恒定。它在自己的 pKa 处最大,在那里基团有一半被质子化,向两侧则都会衰减。对这个分数求导得到:一个处在自己 pKa 上的单独基团,峰值斜率约为每 pH 单位 0.58 个电荷,而离得远时实际上为零。所以 0.1 个 pH 单位落在 pKa 附近时很值钱,落在平缓的一段上时几乎一文不值。所报 pH 的误差并不是均匀地造成伤害,它落在哪里决定了伤害有多大。
这就是缓冲液的重要性超过它的摩尔浓度所暗示的程度的那种实际原因。0.1 个 pH 单位放在组氨酸或羧基旁边,会让那个基团移动大约百分之六的电荷量;当几个基团共用一个 pH 时,总量移动得更多。同样这 0.1 放在 pH 9.7 附近,也就是在什么都不变的那一段里,对答案的影响几乎为零。 电荷-pH 曲线计算器 把整个函数画出来,于是你所用 pH 与最近一级台阶之间的距离就变得看得见,而不必靠推断。
哪些基团被计入,以及短链掩盖了什么
模型把表中带有 pKa 的每一个基团都计入,其中包括半胱氨酸和酪氨酸。两者都被当作可电离的,而在中性 pH 下两者贡献都很小,所以它们的影响在 pH 7 时通常看不出来,在碱性条件下才变得明显。半胱氨酸在形成二硫键时还会带上一种完全不同的电荷,而这种变化完全没有被建模。去掉末端电荷的封端属于 末端修饰计算器 ,不属于本页。
两个末端永远被计入,没有可选项。在长链上,与侧链相比它们只是一个可以忽略的小数。在四五个残基的链上,它们可以占到分子里全部可电离位置的一半,而用酰胺化或乙酰化去掉其中之一,会让答案整整移动一个单位。这也是为什么 带电残基比例 单独来看对短肽的电荷是个很差的指引:它只数侧链,把两端排除在分子和分母之外。
建模得到的电荷无法对样品作出什么预测
这个数字是溶液中质子化平衡的热力学模型。它不是迁移率,而迁移率也不等于电荷。电泳行为还取决于离子强度、存在的对离子、与支持介质或膜的任何特异性相互作用,以及形状。这些都没有出现在那个和里,所以一条带负一个电荷的多肽,如果摩擦系数不同,迁移方式可以和另一条带同样电荷的多肽相差很远。
它也不描述某一个特定分子。结果是一个群体上的平均值,这正是它带小数的原因,而任何真实样品都落在那个分布上的某处,而不是恰好落在中间。答案接近零的时候,值得问一句需要多大的 pH 才能改变符号,因为那个 pH 就是 等电点 ,而它比一个任意 pH 下的电荷是稳定得多的量。至于先怎样到达某个选定的 pH,那是另一段算术, 缓冲液稀释计算器 是从那里开始的。
本计算器的工作原理
每一个可电离基团要么是弱酸,要么是弱碱,而它在给定 pH 下被质子化的那一部分由 Henderson-Hasselbalch 关系描述。
对碱性基团来说,那是一个正电荷,因为质子化的胺多带一个正电荷。对酸性基团来说,那是一个负电荷,因为去质子化的羧基多带一个负电荷。
两端永远被计入。N 端是碱性胺,pKa 为 9.69;C 端是酸性羧基,pKa 为 2.34。在侧链之中,天冬氨酸 3.65,谷氨酸 4.25,组氨酸 6.0,半胱氨酸 9.0,赖氨酸 10.53,精氨酸 12.48,酪氨酸 10.07,都被当作可电离的。
把正的贡献加起来,减去负的贡献,就得到净电荷。除极端情况外,答案几乎处处都不是整数,因为大多数基团处在它们两种状态之间的某个位置。
公式
-
basic group charge = +1 / (1 + 10^(pH - pKa))
质子化的那一部分,也就是带正电荷的那一部分。
-
acidic group charge = -1 / (1 + 10^(pKa - pH))
去质子化的那一部分,也就是带负电荷的那一部分。
-
net charge = N terminus + C terminus + sum of side chain contributions
- N terminus pKa
- 9.69(Bjellqvist pKa 表)
- C terminus pKa
- 2.34(Bjellqvist pKa 表)
Bjellqvist pKa 标尺,ExPASy 的 Compute pI/Mw 工具用的也是同一套。
完整算例
AGDE 在 pH 7 以及在等电点附近的净电荷
仅为算例。所选数字是为了便于核对运算过程,并不代表剂量、方案或任何建议。
已知
- 序列
- AGDE
- 可电离基团
- N terminus, C terminus, Asp, Glu
- pH 7 下的 N 端
- 代入
- +1 / (1 + 10^(7 - 9.69))
- 结果
- +0.998
- pH 7 下的 C 端
- 代入
- -1 / (1 + 10^(2.34 - 7))
- 结果
- -1.000
- pH 7 下的 Asp 侧链
- 代入
- -1 / (1 + 10^(3.65 - 7))
- 结果
- -1.000
- pH 7 下的 Glu 侧链
- 代入
- -1 / (1 + 10^(4.25 - 7))
- 结果
- -0.998
- 求和
- 代入
- 0.998 - 1.000 - 1.000 - 0.998
- 结果
- -2.00
- 在略低于 pI 的 pH 2.9 处复核
- 代入
- the same four terms recomputed at pH 2.9
- 结果
- +0.022
这说明了什么
在中性 pH 下 AGDE 基本是二阴离子,因为它的两个羧基完全去质子化,而 N 端仍然是质子化的。在 pH 2.9 附近,同样的计算给出几乎正好为零的数,而等电点就在那里。
理解各项输入
- 氨基酸序列
- 这条链,用单字母代码写成。解析器会报出无效字符,而不是把它们忽略掉。
- pH
- 计算电荷时所用的 pH。
- 注意: pH 必须是多肽实际所在的那个溶液的 pH,包括缓冲液和盐,而不是它复溶时所用水的 pH。
理解各项输出
- 净电荷
- 估算出的净电荷,以元电荷为单位。正值表示整体偏碱,负值表示整体偏酸,接近零的值表示多肽处在它的等电点附近。
单位说明
- pH
- 氢离子活度的负对数。这是一个对数标尺上的单位,所以一个 pH 单位就是十倍的变化。
- pKa
- 可电离基团有一半被质子化时的 pH。同样是一个对数标尺上的单位。
- Elementary charge
- 一个质子所带的电荷。净电荷以这种单位报出,所以 -2.00 的意思是平均每个分子多出两个负电荷。
常见错误
- 用它去预测真实缓冲液中的电泳行为。离子强度、对离子、与支持介质的特异性结合以及非理想效应都会改变观测到的 pKa 值。
- 忘记两端永远要计入。一条只有一个赖氨酸而没有游离酸基的多肽在 pH 7 下并不是中性的,因为 C 端仍然带电。
- 拿这里的数值去和供应商给的 pI 比较,却不检查 pKa 标尺。不同标尺给出不同的 pI 值,而本页用的是 Bjellqvist 那一套。
重要局限
- 这些 pKa 值是在常温下水中孤立基团的表中常数。真实多肽会改变它们,尤其是通过邻近基团效应以及溶剂的任何改变。
- 末端修饰被忽略。酰胺化的 C 端会去掉这里显示的那个负电荷,而从化学上看,这是一层封端对电荷能产生的最大单项影响。
- 它是质子化平衡的模型,不是对电泳迁移率或任何其他东西的测量。
常见问题
What does the net charge at pH calculator compute?
It computes a peptide's predicted net electrical charge at a specific pH you choose, by summing the fractional charge contribution of every ionizable group in the sequence.
What method does the net charge at pH calculator use?
The Henderson-Hasselbalch equation applied to each ionizable group, the N-terminus, the C-terminus, and side chains of Asp, Glu, Cys, Tyr, His, Lys and Arg, using the Bjellqvist pKa scale, the same method ExPASy's Compute pI/Mw tool and EMBOSS charge use.
How do I use the net charge at pH calculator?
Enter the peptide sequence and the pH you want to evaluate, from 0 to 14. The calculator returns the net charge at that pH.
Why does the net charge result come out as a decimal rather than a whole number?
Each ionizable group is only partially protonated or deprotonated at any given pH except far from its pKa, so the net charge is a sum of fractional contributions rather than a count of fully charged groups.
What pH range does the net charge calculator accept?
0 through 14 inclusive; a pH outside that range is rejected as invalid.
Why does the net charge calculator include Cys and Tyr as ionizable when they are usually considered neutral?
Cysteine and tyrosine side chains do have measurable, if high, pKa values, around 9.0 and 10.07 on the Bjellqvist scale, and are included for consistency with ExPASy’s own charge calculation, even though at physiological pH their contribution is small.
How is the net charge at pH calculator different from the isoelectric point calculator?
This calculator evaluates net charge at one pH you choose; the isoelectric point calculator finds the specific pH where net charge equals zero.
Is the net charge at pH calculator free?
Yes. The net charge ph calculator runs entirely in your browser.