末端修饰计算器

一条线性多肽恰好有两个化学上不同的末端，每一个都带着一个在分子别处根本不出现的官能团：N 端的一个游离胺和 C 端的一个游离羧基。两者都可以各自独立地被封端，而且因为这两个位点彼此相距甚远，两处偏移只是相加，彼此毫无作用。这就是为什么本页用两个选择器并返回两个增量加上总数，而不是提供一个合并选项。不存在「给一端封端就迫使另一端改变」的情形，而这恰恰就是这两个选择器彼此独立、而不是一对互斥选项的原因。

把两个末端单独对待的第二个理由是，末端修饰改变的不只是质量，还有元素组成。环化的 N 端会从分子式里去掉原子，酰胺化的 C 端也一样，所以由一条裸序列算出的分子式只要任何一端被封顶就对不上了。 分子式计算器 会愉快地为未修饰的链给出一个分子式，而那个分子式对物料来说是错的，并且是单靠质量无法揭示的那种错，因为许多不同的分子式可以共享同一个质量，却没有哪个分子式可以只对一半。

N 端的环化是值得推一遍的情形，因为它在化学上有意思，也因为它的质量效应小到足以藏起来。一条以谷氨酰胺开头的链通过失去氨而环化，在单同位素约定下是 17.026549 Da。一条以谷氨酸开头的链则改为通过失去水而环化，那是 18.010565 Da。两个不同的起始残基给出同一个有名字的产物和两个不同的质量，而把它们分开的 0.984016 Da 恰好就是一个氧与一个胺之差，它同样把酰胺化与脱酰胺分开。两种离去都不会在那一端留下一个游离胺，所以两条路径消耗的是同一个反应性基团，而它们移动质量的量相差不到一个道尔顿。

十七或十八道尔顿是任何长度的多肽的一个小零头，小到足以躲进一个取整过的规格容差里。一位把分子量报到一位小数的供应商，其分辨力是 0.05 Da，所以一个环化的末端在那个数字里根本不会显为一处不一致。它所改变的东西无论如何都是真实的：N 端的游离胺被消耗掉了，这是分子反应性基团上的差别，而不只是质量上的差别，并且没有任何由裸序列出发的计算能复现它。基数质量所来自的那次求和写在 分子量与多肽计算指南 里。

酰胺化用一个酰胺取代末端的羧基，即去掉一个氧和一个氢，同时加上一个氮和两个氢，净损失 0.984016 Da。在上面例题所用的那条 390 Da 链上，那是四分之一个百分点；而在一条几千道尔顿的多肽上，它远不到十分之一个百分点。这样小的偏移对任何以低精度报出的规格都是不可见的，对任何用眼睛比较质量的人也同样不可见。N 端的选项通常大出很多，所以在一条两端都被封的多肽上，是焦谷氨酰状态主导了总数，而酰胺化藏在它里面。

总数是两个末端变得可辨认的地方。取五个丙氨酸残基，未修饰平均质量是 373.4093，同时施加一个由谷氨酰胺环化而成的 N 端和一个酰胺化的 C 端。两处增量把质量带到 355.3987。如果环化改走谷氨酸那条路，同一条链落在 354.4147，恰好低 0.984016。把这两个数字并排看，就清楚了一份落在其中任何一个附近的规格描述的是一种末端状态，而不是另一种多肽，而 摩尔质量交叉核对计算器 报出任何一种差距的百分比，使两者一眼就能分开。

本页没有任何东西确立某份物料带有其中任何一种状态。一个产品是否被乙酰化、酰胺化或环化，是样品的一项属性，它必须来自描述它的那份文件或者来自一次测量，绝不能来自一次计算。本页提供的是每个选项所蕴含的质量，于是一个报出的数值在问题已知之后变得可以解读，而一处不一致也会带着一小组有名字的候选解释，而不是一个也没有。当一份规格和一条序列被放在一起读时，要抓住的就是「算出来的质量」与「已确立的事实」之间的这个区别。

这个设计还带来另外两条界限。基数质量是手工敲进来的，所以它可能带着错误的同位素约定，而既然这里每一个增量都是单同位素的， 单同位素质量计算器 才是自洽的出发点，而 平均分子量计算器 给的是一个近似。而且计算器并没有拿到序列，所以它根本无法核对首残基是不是谷氨酰胺或谷氨酸，而这恰恰是让两个环化选项有意义的那一个前提。链内修饰属于 修饰质量计算器 ，而当一个报出的质量必须变回一种组成时， 质量推测序列估算器 就是那个从一个质量而不是从一条序列出发的工具。