Calculadora de modificacion terminal

Un péptido lineal tiene exactamente dos extremos químicamente distintos, y cada uno lleva un grupo funcional que no aparece en ninguna otra parte de la molécula: una amina libre en el extremo N y un carboxilo libre en el extremo C. Cada uno se puede tapar de forma independiente y, como los dos sitios están muy lejos uno del otro, los desplazamientos simplemente se suman sin ninguna interacción entre ellos. Por eso esta página toma dos selectores y devuelve dos deltas junto al total en lugar de ofrecer una única opción combinada. No hay ningún caso en el que tapar un extremo obligue a cambiar el otro, y ese es exactamente el motivo por el que los dos selectores son independientes y no una pareja de opciones mutuamente excluyentes.

La segunda razón para tratar los extremos por su cuenta es que una modificación terminal cambia la composición elemental y no solo la masa. Un extremo N ciclizado quita átomos de la fórmula, y un extremo C amidado hace lo mismo, así que una fórmula molecular calculada a partir de una secuencia desnuda deja de coincidir en cuanto uno de los dos extremos está tapado. La calculadora de fórmula molecular dará encantado una fórmula de la cadena sin modificar, y esa fórmula pasa a ser incorrecta para el material de una manera que la masa sola no revela, porque muchas fórmulas distintas pueden compartir una masa mientras que ninguna fórmula puede estar medio bien.

La ciclización del extremo N es el caso que merece trabajarse, porque es químicamente interesante y porque su efecto sobre la masa es lo bastante pequeño como para esconderse. Una cadena que empieza por glutamina cicla perdiendo amoníaco, que son 17.026549 Da en la convención monoisotópica. Una cadena que empieza por glutamato cicla perdiendo agua en su lugar, que son 18.010565 Da. Dos residuos iniciales distintos dan el mismo producto con nombre y dos masas distintas, y los 0.984016 Da que los separan son exactamente la diferencia entre un oxígeno y una amina que también separa la amidación de la desamidación. Ninguna de las dos pérdidas deja una amina libre en ese extremo, así que ambas vías consumen el mismo grupo reactivo mientras desplazan la masa en cantidades que difieren en menos de un dalton.

Diecisiete o dieciocho daltons son una fracción pequeña de un péptido de cualquier longitud, y bastante pequeños para quedar dentro de la tolerancia de una especificación redondeada. Un proveedor que cita un peso molecular con un solo decimal tiene una resolución de 0.05 Da, así que un extremo ciclizado ni siquiera aparece como discrepancia en esa cifra. Lo que cambia es real de todos modos: la amina libre del extremo N se consume, que es una diferencia en los grupos reactivos de la molécula y no solo en su masa, y ningún cálculo a partir de una secuencia desnuda lo reproduce. La suma de la que sale la masa base está desarrollada en la guía sobre peso molecular y cálculos con péptidos .

La amidación sustituye un carboxilo terminal por una amida, lo que quita un oxígeno y un hidrógeno mientras añade un nitrógeno y dos hidrógenos, para una pérdida neta de 0.984016 Da. Sobre la cadena de 390 Da del ejemplo trabajado de arriba eso es un cuarto de un por ciento, y sobre un péptido de varios miles de daltons es claramente menos de una décima de un por ciento. Un desplazamiento tan pequeño es invisible para cualquier especificación citada con poca precisión, y es igual de invisible para cualquiera que compare masas a ojo. La opción del extremo N suele ser la mayor de las dos por un margen amplio, así que en un péptido tapado por los dos extremos es el estado pirroglutamilo el que domina el total mientras la amidación se esconde dentro de él.

El total es donde los dos extremos se vuelven legibles. Tómense cinco residuos de alanina, cuya masa media sin modificar es 373.4093, y aplíquese un extremo N ciclizado desde glutamina junto con un extremo C amidado. Los dos deltas llevan la masa hasta 355.3987. Elija en su lugar la vía del glutamato para la ciclización y la misma cadena cae en 354.4147, exactamente 0.984016 más baja. Ver las dos cifras una al lado de la otra deja claro que una especificación situada cerca de cualquiera de ellas está describiendo un estado de los extremos y no un péptido distinto, y la calculadora de verificación de peso molecular informa de cualquiera de las dos diferencias como porcentaje para que se puedan distinguir de un vistazo.

Nada en esta página establece que un material dado lleve alguno de estos estados. Si un producto está acetilado, amidado o ciclizado es una propiedad de la muestra, y tiene que venir de la documentación que lo describe o de una medición, nunca de un cálculo. Lo que esta página aporta es la masa que implica cada opción, para que una cifra citada sea interpretable una vez conocida la pregunta, y para que una discrepancia venga acompañada de un conjunto pequeño de explicaciones candidatas con nombre y no de ninguno. La distinción entre una masa calculada y un hecho establecido es la que hay que retener cuando se leen juntas una especificación y una secuencia.

Del diseño se siguen otros dos límites. La masa base se escribe a mano, así que puede traer la convención isotópica equivocada, y como todos los deltas de aquí son monoisotópicos, la calculadora de masa monoisotópica es el punto de partida coherente mientras que la calculadora de peso molecular medio da una aproximación. Y no se le da la secuencia a la calculadora, así que no puede comprobar que el primer residuo sea una glutamina o un glutamato, que es la única precondición que da sentido a cualquiera de las dos opciones de ciclización. Las modificaciones dentro de la cadena pertenecen a la calculadora de masa de modificación , y cuando una masa citada tiene que convertirse de nuevo en una composición, la herramienta que parte de una masa y no de una secuencia es el estimador de masa a secuencia .