Calculadora de modificacao terminal

Um peptídeo linear tem exatamente duas pontas quimicamente distintas, e cada uma carrega um grupo funcional que não aparece em mais lado nenhum da molécula: uma amina livre na extremidade N e um carboxilo livre na extremidade C. Cada uma pode levar uma modificação terminal de forma independente, e como os dois sítios não têm nada a ver um com o outro, os desvios simplesmente somam-se sem qualquer interação entre eles. É por isso que esta página tem dois seletores e devolve dois deltas ao lado do total em vez de oferecer uma única opção combinada. Não existe nenhum caso em que modificar uma ponta obrigue a uma mudança na outra, e é exatamente por isso que os dois seletores são independentes e não um par de escolhas mutuamente exclusivas.

A segunda razão para tratar as pontas por si só é que uma modificação terminal muda a composição elemental e não apenas a massa. Uma extremidade N ciclizada retira átomos da fórmula, e uma extremidade C amidada faz o mesmo, portanto uma fórmula molecular calculada a partir de uma sequência simples deixa de coincidir assim que uma das pontas leva uma modificação terminal. A calculadora de fórmula molecular produz de bom grado uma fórmula para a cadeia não modificada, e essa fórmula fica depois errada para o material de uma maneira que a massa sozinha não revela, já que muitas fórmulas diferentes podem partilhar uma massa enquanto nenhuma fórmula pode estar meio certa.

A ciclização da extremidade N é o caso que vale a pena trabalhar, porque é quimicamente interessante e porque o seu efeito em massa é pequeno o suficiente para se esconder. Uma cadeia que comece por glutamina cicliza perdendo amoníaco, o que na convenção monoisotópica dá 17.026549 Da. Uma cadeia que comece por glutamato cicliza perdendo água em vez disso, o que dá 18.010565 Da. Dois resíduos iniciais diferentes dão o mesmo produto nomeado e duas massas diferentes, e os 0.984016 Da que os separam são exatamente a diferença entre oxigénio e amina que também separa a amidação da desamidação. Nenhuma das perdas deixa uma amina livre nessa ponta, portanto as duas vias consomem o mesmo grupo reativo enquanto movem a massa por valores que diferem em menos de um dalton.

Dezassete ou dezoito dalton são uma fração pequena de um peptídeo de qualquer comprimento, e pequenos o suficiente para caber dentro da tolerância de uma especificação arredondada. Um fornecedor que cite um peso molecular com uma casa decimal tem uma resolução de 0.05 Da, portanto uma ponta ciclizada nem sequer aparece como discrepância nessa figura. O que ela muda é real de qualquer maneira: a amina livre da extremidade N é consumida, o que é uma diferença nos grupos reativos da molécula e não apenas na sua massa, e nenhum cálculo a partir de uma sequência simples reproduz isso. A soma de onde vem a massa base está exposta em trabalho sobre peso molecular .

A amidação substitui um carboxilo terminal por uma amida, o que retira um oxigénio e um hidrogénio enquanto acrescenta um azoto e dois hidrogénios, para uma perda líquida de 0.984016 Da. Na cadeia de 390 Da usada no exemplo trabalhado acima isso é um quarto de um por cento, e num peptídeo de vários milhares de dalton é bem menos de um décimo de por cento. Um desvio tão pequeno é invisível para qualquer especificação citada com pouca precisão, e é igualmente invisível para quem compare massas a olho. A opção da extremidade N é normalmente a maior das duas por uma margem larga, portanto num peptídeo com as duas pontas modificadas é o estado pirroglutamilo que domina o total enquanto a amidação se esconde lá dentro.

O total é onde as duas pontas se tornam legíveis. Tome cinco resíduos de alanina, cuja massa média não modificada é 373.4093, e aplique uma extremidade N ciclizada de glutamina juntamente com uma extremidade C amidada. Os dois deltas levam a massa a 355.3987. Escolha antes a via do glutamato para a ciclização e a mesma cadeia fica em 354.4147, exatamente 0.984016 mais baixa. Ver as duas figuras lado a lado deixa claro que uma especificação perto de qualquer uma delas está a descrever um estado das pontas e não um peptídeo diferente, e a calculadora de verificação da massa molar comunica qualquer uma das diferenças em percentagem para que as duas se distingam num relance.

Nada nesta página estabelece que um dado material transporta algum destes estados. Se um produto está acetilado, amidado ou ciclizado é uma propriedade da amostra, e tem de vir da documentação que a descreve ou de uma medição, nunca de um cálculo. O que esta página fornece é a massa que cada opção implica, para que uma figura citada se torne interpretável assim que a pergunta é conhecida, e para que uma discrepância venha acompanhada de um pequeno conjunto de explicações candidatas com nome em vez de nenhuma. A distinção entre uma massa calculada e um facto estabelecido é aquela a que se deve agarrar quando uma especificação e uma sequência são lidas em conjunto.

Decorrem dois limites adicionais do desenho. A massa base é escrita à mão, portanto pode trazer a convenção isotópica errada, e como todos os deltas aqui são monoisotópicos, a calculadora de massa monoisotópica é o ponto de partida coerente enquanto a calculadora de peso molecular médio dá uma aproximação. E a calculadora não recebe a sequência, portanto não pode verificar sequer que o primeiro resíduo é uma glutamina ou um glutamato, que é a única precondição que dá sentido a qualquer uma das opções de ciclização. As modificações na cadeia pertencem à calculadora de massa de modificação , e onde uma massa citada tem de ser transformada de volta numa composição, o estimador de massa para sequência é a ferramenta que parte de uma massa e não de uma sequência.