Calculadora de massa de modificacao

Cada desvio de massa nesta página é derivado da mesma maneira: escreva-se os átomos que a reação acrescenta ou retira, e o delta segue. A acetilação põe um grupo acetilo de dois carbonos onde estava um hidrogénio, o que acrescenta dois carbonos, dois hidrogénios e um oxigénio e dá 42.010565 Da na convenção monoisotópica. A amidação substitui um hidroxilo terminal por uma amina, tirando um oxigénio e um hidrogénio enquanto acrescenta um azoto e dois hidrogénios, para uma perda líquida de 0.984016 Da. A oxidação é a adição de um único oxigénio e mais nada, portanto o seu delta é exatamente a massa de um átomo de oxigénio. O mesmo balanço está explicitado com fontes em trabalho sobre peso molecular .

As duas restantes são uma substituição em sentidos opostos. A fosforilação acrescenta um grupo fosfato, que como adição monoisotópica de um hidrogénio, um fósforo e três oxigénios dá 79.966331 Da. A desamidação transforma a cadeia lateral de uma asparagina ou glutamina no ácido correspondente, substituindo uma amida por um hidroxilo, acrescentando um oxigénio enquanto retira um azoto e dois hidrogénios, o que dá 0.984016 Da. Esse é exatamente o simétrico do delta da amidação, e o par é um lembrete útil de que uma substituição próxima da neutralidade em massa é tão capaz de fazer subir uma massa um pouco como de a fazer descer.

Calcular os deltas assim em vez de os procurar é a parte que generaliza. O catálogo desta página tem cinco entradas e o UniMod tem centenas, portanto tudo o que estiver fora das cinco tem de ser derivado da mesma maneira, e o balanço de átomos é o único método que funciona sem uma tabela de consulta. Um desvio que não seja obviamente nenhum destas cinco sai na mesma coisa de escrever os reagentes e os produtos por extenso. É também por isso que a calculadora de fórmula molecular é uma boa companhia: o mesmo delta expresso como diferença de fórmulas confirma quais são os átomos que devem mudar de lugar.

A propagação é uma multiplicação, e é por isso que existe aqui um campo de contagem. Uma acetilação são 42.010565 Da e duas são 84.02113, portanto um peptídeo que transporta a mesma modificação em mais do que um sítio é uma massa base mais esse produto. A multiplicação só é correta quando todos os sítios transportam a mesma coisa, o que vale a pena declarar claramente, porque um peptídeo com uma acetilação e uma fosforilação não são dois sítios de uma única modificação e não pode ser expresso como um delta e uma contagem. É também por isso que o desvio aplicado é comunicado ao lado do resultado, para que a dimensão da química se mantenha visível em vez de ficar enterrada dentro de um total.

A dimensão do desvio em relação à base importa mais do que à primeira vista parece. Quarenta e dois dalton são 11.3 por cento de uma cadeia de 373 Da e menos de dois por cento de uma de 2300 Da, portanto a mesma química é uma perturbação muito maior num peptídeo curto do que num longo, e uma tolerância expressa em percentagem significa portanto coisas diferentes nos dois casos. Uma coincidência comunicada dentro da tolerância é evidência mais fraca numa cadeia curta do que a mesma tolerância numa cadeia longa, o que é uma boa razão para preferir uma tolerância absoluta quando se compara uma massa modificada com um valor medido. A calculadora de verificação da massa molar comunica a diferença absoluta e a relativa exatamente por isso.

Todas as figuras citadas aqui são retiradas do UniMod com o respetivo número de acesso anexado, e o UniMod trabalha em massas monoisotópicas. Essa é a convenção certa para identificar uma modificação contra um espectro e a errada para misturar com uma massa média. O delta de massa média para a acetilação, calculado a partir de pesos atómicos médios, é cerca de 42.037 e não 42.010565, portanto acrescentar a figura monoisotópica a uma base média deixa o total cerca de 0.03 Da acima de onde a química o põe. Pequeno, mas maior do que as quatro casas decimais que qualquer das calculadoras mostra.

Há uma exceção instrutiva a essa preocupação. A amidação parece segura em qualquer das convenções, porque troca um oxigénio por um azoto e os dois elementos têm quase a mesma massa, portanto o líquido fica abaixo de um dalton de qualquer maneira. O padrão é geral: quanto mais perto da neutralidade em massa uma modificação estiver, menos a convenção importa, e quanto mais longe mover a massa, mais ela importa. Quando se quer uma figura internamente coerente até ao último algarismo, retire a base da calculadora de massa monoisotópica e não da calculadora de peso molecular médio , e mantenha-se nessa convenção ao longo de todos os desvios.

A maneira mais útil de correr este cálculo é ao contrário, e a página suporta isso sem dizer. Quando uma especificação cita uma massa modificada e a massa não modificada é conhecida a partir da sequência, subtrair uma da outra dá o delta que a especificação implica. Cinco resíduos de alanina têm uma massa média de 373.4093, e uma especificação que cite 415.42 implica um desvio de 42.0107, o que é uma acetilação dentro do arredondamento da figura citada. A identificação é depois confirmada correndo a acetilação para a frente e comparando, que é uma medição que a calculadora de diferença de massas faz diretamente.

O limite honesto de tudo isto é o âmbito. O catálogo aqui são cinco modificações e a base de dados UniMod contém centenas, portanto tudo o que estiver fora da lista tem de ser procurado no UniMod e aplicado à mão, e esta página não produzirá essa resposta. Também não verifica a química: saber se a sequência contém uma lisina que pudesse transportar um grupo acetilo, ou uma tirosina que pudesse ser fosforilada, é uma pergunta separada sobre a molécula, e um desvio aplicado a uma base sem sítio para ele é aritmética que não significa nada. As duas pontas da cadeia são tratadas à parte, onde a calculadora de modificação terminal trata a acetilação, a amidação e ambas as vias de ciclização como estados independentes.