Calculadora de verificacao do peso molecular

Esta página põe frente a frente dois números produzidos por percursos inteiramente diferentes. A figura derivada é uma soma ponderada sobre uma tabela de resíduos, aplicada a uma sequência que foi escrita à mão. A figura fornecida veio de um registo de síntese, de uma entrada de catálogo ou de um certificado de análise, e traz a convenção, o arredondamento e a forma química que o seu autor escolheu. Como a aritmética é independente, a concordância é uma corroboração genuína e não uma tautologia, e a discordância é diagnóstica: estabelece que pelo menos uma das duas descrições está errada, ainda que não diga qual.

É essa assimetria que é o ponto da ferramenta. A sequência fixa o valor derivado exatamente, dentro da convenção em uso, e nem o máximo de cuidado na figura fornecida o consegue mover. Portanto o lado derivado é a referência e o lado fornecido é a afirmação em teste. Quando diferem, a pergunta útil não é se a calculadora tem razão, mas o que teria de ser acrescentado à molécula ou retirado dela para deslocar o valor derivado para o fornecido, que é uma pergunta sobre química e não sobre aritmética. A calculadora de peso molecular médio é de onde vem o lado de referência, se a própria sequência precisar de ser recalculada.

Três efeitos produzem uma diferença de algumas décimas de dalton, e nenhum deles indica um problema. O primeiro é o arredondamento na figura fornecida: um valor citado com uma casa decimal pode estar meio décimo de cada lado da verdade, portanto tudo o que for até 0.05 Da é aritmética e não química. O segundo é a convenção isotópica, e é o que as pessoas não veem, porque o número está rotulado como peso molecular e não dá nenhuma pista de que existe outra convenção. Esta página deriva uma massa média, portanto uma especificação citada como monoisotópica mostra sempre uma pequena diferença, e fechá-la significa comparar com a calculadora de massa monoisotópica em vez de ajustar a figura à mão.

O terceiro é a própria tabela de resíduos. Os pesos atómicos médios são revistos periodicamente e circula mais do que uma tabela, portanto duas pessoas cuidadosas que trabalhem a partir de fontes publicadas diferentes podem discordar na segunda casa decimal sem que nenhuma delas esteja errada. Tome a cadeia de quatro resíduos usada no exemplo trabalhado acima, cuja massa média derivada é 390.35008. Uma especificação que cite 390.4 difere disso em 0.04992, o que é 0.013 por cento e está bem dentro do que só o arredondamento explica. A mesma cadeia citada como 390.14 difere em 0.21, e essa diferença é a convenção isotópica e não arredondamento. Vale a pena distinguir as duas coisas, porque só uma delas é um erro seu.

Acima de aproximadamente um dalton a diferença deixa de ser uma convenção e passa a ser uma afirmação sobre a molécula, e o sinal estreita depressa as possibilidades. Uma figura fornecida mais alta do que a derivada significa que está presente algo que a sequência não contém: uma modificação terminal, uma modificação na cadeia, um contraião ou sal, um espaçador, ou um conjugado. Uma figura fornecida mais baixa significa que algo se perdeu: um resíduo omitido da sequência que foi escrita, uma extremidade ciclizada, ou uma forma citada como base livre quando o material é um sal. A magnitude estreita ainda mais, porque as modificações comuns têm massas distintas.

As massas que vale a pena reconhecer de imediato são as que este site traz. Cerca de 15.995 é a adição de um oxigénio. Cerca de 17.03 e cerca de 18.01 são as duas vias para uma extremidade pirroglutamilo, e diferem uma da outra em cerca de 0.98. Cerca de 42.01 é uma acetilação e cerca de 79.97 uma fosforilação. Uma diferença que corresponda a uma delas dentro do seu arredondamento é um forte indício e não uma prova, e a calculadora de massa de modificação e a calculadora de modificação terminal mostram exatamente o que cada uma implica para uma dada massa base.

Uma diferença próxima da massa de um único resíduo aponta para outro sítio inteiramente. As massas de resíduos vão de cerca de 57 para a glicina até cerca de 186 para o triptofano, portanto uma diferença dessa dimensão é a assinatura de um resíduo em falta ou a mais e não de uma modificação, e a primeira coisa a verificar é a sequência e não a química. Qualquer que seja o sentido da comparação, a calculadora de diferença de massas quantifica uma diferença entre quaisquer dois números assim que o par estiver escolhido, e uma diferença citada como percentagem do valor derivado e não do fornecido mantém a comparação na mesma base de todas as vezes.

Uma percentagem pequena estabelece consistência entre duas descrições e muito pouco mais. Não verifica a identidade, porque uma molécula com a massa certa mas a sequência errada, a esteroquímica errada ou uma modificação no sítio errado combina perfeitamente. Não estabelece a pureza, que é uma medição separada com a sua própria incerteza, portanto uma coincidência de massa não diz nada sobre o teor. Tampouco resolve uma ambiguidade na fonte, já que esta página não tem acesso ao documento de onde veio a figura fornecida e não lhe pode dizer se essa figura foi medida, calculada ou convencional.

Um sentido de inferência está completamente fora do alcance aqui. Quando a figura fornecida está certa e a sequência é desconhecida ou só conhecida em parte, a pergunta útil corre no sentido oposto: que composição produziria esta massa. O estimador de massa para sequência parte de uma massa e estreita as possibilidades, e é honesto ao devolver uma estimativa e não uma identificação. Onde dois percursos independentes dão o mesmo número, isso é a afirmação mais forte que este tipo de aritmética suporta, e onde não dão, a discordância é o achado e não o fracasso.