Calculateur de verification de masse molaire

Cette page met face à face deux nombres produits par des chemins entièrement différents. Le chiffre dérivé est une somme pondérée sur une table de résidus tabulée, appliquée à une séquence qui a été tapée. Le chiffre fourni vient d’un dossier de synthèse, d’une fiche de catalogue ou d’un certificat d’analyse, et il porte la convention, l’arrondi et la forme chimique qu’en a choisi son auteur. Parce que l’arithmétique est indépendante, l’accord est une corroboration réelle et non une tautologie, et le désaccord est diagnostique : il établit qu’au moins l’une des deux descriptions est fausse, sans dire laquelle.

Cette asymétrie est l’objet de l’outil. La séquence fixe la valeur dérivée exactement, dans les termes de la convention employée, et aucune quantité de soin dans le chiffre fourni ne peut la déplacer. Le côté dérivé est donc la référence et le côté fourni est l’affirmation mise à l’épreuve. Lorsqu’ils diffèrent, la question utile n’est pas de savoir si le calculateur a raison, mais ce qu’il faudrait ajouter à la molécule ou lui retirer pour déplacer la valeur dérivée jusqu’à la valeur fournie, ce qui est une question de chimie et non d’arithmétique. Le calculateur de poids moléculaire moyen est d’où vient le côté de référence si la séquence elle-même doit être recalculée.

Trois effets produisent un écart de quelques dixièmes de dalton, et aucun n’indique un problème. Le premier est l’arrondi dans le chiffre fourni : une valeur citée à une décimale peut se situer à un demi-dixième de la valeur réelle de part et d’autre, si bien que tout ce qui va jusqu’à 0.05 Da est de l’arithmétique et non de la chimie. Le deuxième est la convention isotopique, et c’est celui que l’on manque, parce que le nombre est libellé poids moléculaire et ne laisse aucun indice de l’existence d’une autre convention. Cette page dérive une masse moyenne, si bien qu’une spécification citée en masse monoisotopique montrera toujours un petit écart, et le combler signifie comparer avec le calculateur de masse monoisotopique plutôt qu’ajuster le chiffre à la main.

Le troisième est la table des résidus elle-même. Les masses atomiques moyennes sont révisées périodiquement et plus d’une table est en circulation, si bien que deux personnes soignées travaillant depuis des sources publiées différentes peuvent différer à la deuxième décimale sans qu’aucune des deux ait tort. Prenez la chaîne à quatre résidus utilisée dans l’exemple résolu plus haut, dont la masse moyenne dérivée est 390.35008. Une spécification citant 390.4 diffère de cette valeur de 0.04992, soit 0.013 pour cent, et se situe confortablement dans ce que le seul arrondi explique. La même chaîne citée comme 390.14 diffère de 0.21, et cet écart-là est la convention isotopique plutôt que l’arrondi. Les deux méritent d’être distingués, car un seul d’entre eux est une erreur de votre part.

Au-delà d’environ un dalton, l’écart cesse d’être une convention et commence à être une affirmation sur la molécule, et le signe rétrécit rapidement les possibilités. Un chiffre fourni supérieur au chiffre dérivé signifie que quelque chose est présent que la séquence ne contient pas : un capuchon, une modification dans la chaîne, un contre-ion ou un sel, un espaceur, ou un conjugué. Un chiffre fourni inférieur signifie que quelque chose a été perdu : un résidu omis de la séquence qui a été tapée, un terminus cyclisé, ou une forme citée comme base libre alors que la matière est un sel. L’ampleur restreint ensuite davantage, parce que les modifications courantes ont des masses distinctes.

Les masses qui valent la peine de reconnaître d’un coup d’œil sont celles que porte ce site. Environ 15.995 est l’ajout d’un seul oxygène. Environ 17.03 et environ 18.01 sont les deux voies vers un terminus pyroglutamyl, et elles diffèrent l’une de l’autre d’environ 0.98. Environ 42.01 est une acétylation et environ 79.97 une phosphorylation. Un écart qui correspond à l’une d’elles à son arrondi près est un indice fort plutôt qu’une preuve, et le calculateur de masse de modification et le calculateur de modification terminale montreront exactement ce que chacune implique pour une masse de base donnée.

Un écart proche d’une masse de résidu pointe entièrement ailleurs. Les masses de résidus vont d’environ 57 pour la glycine à environ 186 pour le tryptophane, si bien qu’une différence de cet ordre est la signature d’un résidu manquant ou en trop plutôt que d’une modification, et que la première chose à vérifier est la séquence et non la chimie. Quel que soit le sens de la comparaison, le calculateur de différence de masse quantifie un écart entre deux nombres quelconques une fois le couple choisi, et un écart exprimé en pourcentage de la valeur dérivée plutôt que de la valeur fournie garde la comparaison sur le même footing à chaque fois.

Un faible pourcentage établit la cohérence entre deux descriptions, et très peu de chose d’autre. Il ne vérifie pas l’identité, car une molécule de la bonne masse mais de la mauvaise séquence, de la mauvaise stéréochimie ou porteuse d’une modification au mauvais endroit correspondra parfaitement. Il n’établit pas la pureté, qui est une mesure distincte avec sa propre incertitude, si bien qu’une correspondance de masse ne dit rien d’un titre. Il ne lève pas non plus une ambiguïté de la source, puisque cette page n’a pas accès au document dont vient le chiffre fourni et ne peut pas vous dire si ce chiffre a été mesuré, calculé ou conventionnel.

Un sens d’inférence est hors de portée ici, entièrement. Lorsque le chiffre fourni est correct et que la séquence est inconnue ou seulement connue en partie, la question utile va dans l’autre sens : quelle composition produirait cette masse. L’ estimateur de masse vers séquence part d’une masse et rétrécit les possibilités, et il assume honnêtement de renvoyer une estimation et non une identification. Là où deux chemins indépendants donnent le même nombre, c’est l’énoncé le plus fort que ce genre d’arithmétique permet, et là où ils ne le font pas, le désaccord est le résultat et non l’échec.