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Peptide Calculator

摩尔质量核对计算器

将提供的分子量与序列本身推算出的质量进行比较,给出绝对差值和百分比差值。教育参考,不构成医疗或剂量建议。

分子与质量

计算器输入项

仅限单字母氨基酸代码 (A-Y)。空格和换行会被忽略。

这是一个数学与实验室参考工具。它不进行诊断、治疗或剂量推荐,也不构成医疗建议。

一个交叉核对计算器只回答一个问题:规格上印的摩尔质量,与你从序列算出的摩尔质量一致吗?它从序列推导质量,与你提供的数值比较,并报出绝对差与百分比差。

供应商规格或目录条目的可靠程度,取决于它的来源。这就是那个拿它与序列对照的工具,而一处有意义的差异通常是一个末端修饰、一种盐型,或者一个不同的残基。

它是一个核实步骤,不是一次换算。两个数字本来就在同一个单位里。

两条路相互吻合为什么值得一提

本页把两个由完全不同的路径产生的数字摆在一起对照。推导值是对一张残基表加权求和之后套在一条输入的序列上,而提供的那个数值来自合成记录、目录条目或者质量分析报告,它带着其作者所选的约定、取整方式和化学形式。由于算术是独立的,一致才是真正的相互印证而不是同义反复,而不一致具有诊断意义:它确立了两种描述里至少有一种是错的,尽管它并不说是哪一种。

这种不对称正是这个工具的意义所在。序列在所用约定之内精确地固定了推导值,而所提供的数值无论多么仔细都无法移动它。所以推导的一侧是基准,提供的一侧是受检验的主张。当两者不同时,有用的问题不是这个计算器对不对,而是必须往分子上加什么或者从分子上拿走什么,才能把推导值推到所提供的那一个上,那是一个关于化学而不是关于算术的问题。如果序列本身需要重新算, 平均分子量计算器 就是基准那一侧的来源。

预期之内而且很小的那些差异

有三种效应会造成几分之一道尔顿的差距,而它们都不表示出了问题。第一种是所提供数值里的取整:一个报到一位小数的值可能在真值两侧各差半个十分位,所以任何不超过 0.05 Da 的量都是算术而不是化学。第二种是同位素约定,而它正是人们会漏掉的那一个,因为这个数字标着分子量,完全没有提示还存在另一种约定。本页推导的是平均质量,所以一份以单同位素形式报出的规格总会显出一个小差距,要把它对上就意味着与 单同位素质量计算器 去比较,而不是手工调整那个数值。

第三种是残基表本身。平均原子量会被定期修订,而且流通中的不止一张表,所以两个谨慎的人依据不同的已发表来源工作时,可以在第二位小数上出现差别,而两人谁也没错。取上面例题所用的那条四残基链,它的推导平均质量是 390.35008。一份报出 390.4 的规格与它相差 0.04992,也就是 0.013 percent,完全落在单靠取整就能解释的范围之内。同一条链若报成 390.14,则相差 0.21,而这个差距来自同位素约定而不是取整。两者值得分清,因为其中只有一种是你自己的错误。

按大小和正负号来读一处很大的差异

超过大约一道尔顿之后,这个差距就不再是约定问题,而开始成为关于分子的主张,而正负号会迅速缩小可能的范围。所提供的数值高于推导值,意味着存在某种序列里没有的东西:一个帽基、一处链内修饰、一个反离子或盐、一个间隔基,或者一个偶联物。所提供的数值偏低,意味着有东西被丢掉了:一个被漏在输入序列之外的残基、一个环化的末端,或者在物料是盐的情况下按游离碱报出的形式。幅度随后会进一步收窄范围,因为常见修饰各自的质量是不同的。

值得一眼认出的质量,是本站收录的那几个。约 15.995 是加上一个氧。约 17.03 和约 18.01 是通往焦谷氨酰末端的两条路径,它们彼此相差约 0.98。约 42.01 是乙酰化,约 79.97 是磷酸化。一个在取整范围内与其中某个吻合的差距是强烈的提示而不是证明,而 修饰质量计算器 和 末端修饰计算器 会确切地显示每一个对一个给定基数质量意味着什么。

接近单个残基质量的差距则完全指向别的地方。残基质量从甘氨酸的约 57 到色氨酸的约 186,所以那种大小的差别是一个缺失或多余的残基的标志,而不是某处修饰的标志,而首先该检查的是序列而不是化学。无论比较朝哪个方向走, 质量差计算器 都能在选定那一对数字之后量化任何两个数之间的差距,而把差距报成相对于推导值而不是相对于所提供值的百分比,能让每次比较都站在同一立足点上。

吻合能证明什么、不能证明什么

一个很小的百分比确立的是两种描述之间的一致性,除此之外几乎什么都不确立。它不核实同一性,因为一个质量正确而序列、立体化学或者修饰位置错误的分子,会匹配得完美无缺。它不确立纯度,纯度是另一次带有自身不确定度的测量,所以质量相符对含量测定什么都不说明。它也不能解决来源里的歧义,因为本页接触不到所提供数值出自的那份文件,无法告诉你那个数值是测来的、算来的还是约定的。

一个推断方向在这里完全够不着。当所提供的数值是正确的,而序列未知或只有部分已知时,有用的问题朝相反方向:什么样的组成能产生这个质量。 质量推测序列估算器 从一个质量出发并收窄可能性,而且它诚实地返回一个估算而不是一次同一性认定。当两条独立的路径给出同一个数字时,那已经是这类算术所能支持的最强陈述;而当它们不给出时,不一致才是发现,而不是失败。

本计算器的工作原理

由序列推导的那个数值来自平均分子量计算器,也就是残基之和加一个水。所提供的数值照单全收。之后这次比较就是两次减法和一次除法。

百分比差是相对于由序列推导出的数值表示的,也就是序列所固定、且不存在争议的那个数字。

公式

  • difference = supplied MW - sequence derived MW

    效果上带正负号。所提供的数值高于序列所预测的,指向一处加入的修饰或者一种盐。

  • difference % = (difference / sequence derived MW) x 100

    相对于由序列推导出的数值,也就是单由序列就决定的那个数值。

完整算例

拿一份 1522.7 g/mol 的规格与一条序列对照

仅为算例。所选数字是为了便于核对运算过程,并不代表剂量、方案或任何建议。

已知

序列,四个残基
AGDE
提供的摩尔质量
1522.7 g/mol
  1. 从序列推导质量
    代入
    71.0788 + 57.0519 + 115.0886 + 129.1155 + 18.01528
    结果
    390.35008 g/mol
  2. 相减
    代入
    1522.7 - 390.35008
    结果
    +1132.35 g/mol
  3. 表示为推导值的百分比
    代入
    (1132.35 / 390.35008) x 100
    结果
    290.06%

这说明了什么

这样大的差异不是取整问题。它意味着规格和序列描述的是不同的分子,而其中有一个是错的。计算器报出差距;判断哪一个正确,是去查来源的事。

理解各项输入

氨基酸序列
单字母序列,用来推导出那个独立的质量数值。
提供的分子量 (g/mol)
来自规格、目录条目或质量分析报告的摩尔质量,单位 g/mol。
注意: 要注意一份按平均分子量报出的规格和一份按单同位素质量报出的规格之间的区别。两者每个残基相差几百分之一道尔顿,而对一条短链来说,这个百分比差大到会让那两个数字看起来像是对化合物本身有分歧,而不是约定不同。

理解各项输出

序列推导分子量
由序列算出的平均分子量,单位 g/mol。
绝对差值
带正负号的差,提供的减去推导的,单位 g/mol。
百分比差异
差值表示为推导值的百分比。一个小百分比与取整或一种盐型相符;一个大百分比意味着两者描述的是不同的分子。

常见错误

  • 把一份单同位素规格与一个平均推导值相比较,或者反过来。仅此一项就会造成每个残基大约 0.05 percent 的差异。
  • 把一处小差异当成纯度的证明。摩尔质量相符对纯度什么都不说明,纯度是另一次测量。
  • 忽略一处大约 16 Da 的差异。它接近一次氧化,而它可能是分子上真实存在的一处修饰,而不是规格里的错误。

重要局限

  • 它比较两个数字。它无法告诉你哪一个是正确的。
  • 它接触不到原始规格,所以无法核对供应商用那个数字指的是什么。
  • 相符并不核实同一性。质谱或者一次序列测定才是确认同一性的东西。

常见问题

What does the molar mass cross-check calculator do?

It compares a molar mass you supply, for example from a certificate of analysis, against the molar mass the calculator derives from the sequence itself, and reports the absolute and percent difference.

Why would I use the molar mass cross-check calculator?

It is a sanity check: if a supplier's stated molecular weight and the sequence derived average mass disagree by more than a small margin, that can indicate a sequence entry error, a different salt form, or a labelling discrepancy worth investigating.

How do I use the molar mass cross-check calculator?

Enter the peptide sequence and the supplied molecular weight you want to check. The calculator shows the sequence derived molecular weight, the absolute difference, and the percent difference.

What formula computes the sequence derived mass in the cross-check calculator?

The same average molecular weight formula used by the average molecular weight calculator: sum of average residue masses plus one water molecule.

What counts as a large discrepancy on the molar mass cross-check calculator?

The calculator does not set a pass or fail threshold; it reports the numbers so you can judge them against your own tolerance, since expected variance depends on salt content, counterions, and rounding in the supplied value.

What if the supplied molecular weight is zero or negative on the cross-check calculator?

It is rejected as invalid; a molar mass must be a positive number.

What if my sequence is invalid on the molar mass cross-check calculator?

The calculator reports the sequence error, invalid characters or too short, before it can compute a cross-check, since it needs a valid sequence derived mass to compare against.

Is the molar mass cross-check calculator free?

Yes. The molar mass cross check calculator runs entirely in your browser.