分子式计算器

分子式与分子量回答两个不同的问题，而本站用同一张残基表把两者都算出来。分子式问的是有多少个原子，这是整数清点，没有任何需要近似的成分。分子量问的是这堆东西有多重，这是对表中数值的一次加权求和。两者都不由对方导出，所以当它们一致时是在互相印证，而当它们不一致时，是找出了一处故障，而不是同一场计算换了一种记法再说一遍。两条路都不经过对方，而这正是这一对工具值得存在的唯一理由。

这也是为什么分子式对某些问题是对的答案，对另一些则毫无用处。组成分析用燃烧法测定碳、氢、氮和硫，把测得的百分比与由分子式算出的理论百分比相比，所以分子式是这次比较的输入，而不是一个副产物。同位素标记方案需要知道有多少个氮原子可供标记。质量既提供不了这两样，也同样无法由它们得到，因为在天平所能分辨的精度上，许多不同的分子式共享同一个质量。

在实践中这个区别很容易丢掉，因为两个答案通常是一起被要的，而在赶时间时任何一个都可以顶替另一个。 质量转摩尔计算器 需要一个摩尔质量，而摩尔质量来自残基表而不是来自分子式，所以读者就算已经数清了原子，还差一步。两条路都跑一遍再作比较不是白费的力气，因为正是这次比较能抓住长序列里一个打错的残基。两个答案还以有用的方向互相约束：一个所蕴含的质量与推导值相差很远的分子式，不会因为改动一位数字就被救回来，而长链上的一处小差异通常可以。

Hill 顺序把碳放在第一位，氢放在第二位，其余每一种元素按元素符号的字母顺序排，对多肽来说就是氮、氧、然后硫。它看上去像排版，确实是排版，但这是一份带任务的排版：它是一条排序规则，让两个分子式可以一眼比较。按 Hill 顺序写出时，两个结构可以逐元素对照，而不需要知道其中任何一个的名字。按其他任何顺序写，读者就得先排序。这条顺序还让缺失的元素容易被发现，因为符号序列中该出现而没有出现的那一段空缺是显眼的，而下标数错却不会。

这里印出的五种元素，就是二十种标准残基所能贡献的全部，所以本页产生的一条多肽分子式只可能含有碳、氢、氮、氧和硫。计数为零的省略不印，计数为一的只写一个裸符号而不写下标。由此得到一个有用的推论：一个不含硫的分子式是对序列的陈述，而不是遗漏，它意味着这条链既不含半胱氨酸也不含蛋氨酸。同样的逻辑适用于另外四个计数，每一个都由实际存在的残基固定，不能脱离它们单独变动。

知道了每个残基的贡献之后，读出一个分子式里缺了什么就容易多了。 氨基酸组成计算器 按类型清点残基，这和清点原子是两个不同的问题，而 肽长度计算器 给出水的算术所依赖的残基数。当分子式与残基数对同一条序列说法不一致时，故障在序列里，而不在任何一场计算里。这两个计数都来自产生分子式的同一个输入串，所以一处不一致是让你把那个串重读一遍的提示，而不是怀疑算术的理由。

分子式最有力的用法，是把它当作对质量的一次独立重建，因为这里的算术方向正好相反。取五个丙氨酸残基。五个游离丙氨酸是 C15H35N5O10，它们之间的四个键去掉四个水，得到 C15H27N5O6。把这些计数乘以标准平均原子量，碳 180.165、氢 27.214、氮 70.034、氧 95.996，总和是 373.409。残基那条路给出 373.40928，在两条路各自能承载的限度上是同一个数字。那次重建里没有任何一项取自残基表，而这正是要跑它的全部理由。

当两次重建不一致时，分子式这一侧往往信息量更大，因为它点得出是哪种元素没算上。一个比质量所蕴含的多一个氧和两个氢的分子式，指向的是另一种键连接方式或者一处未申报的修饰，而不是表格里的一次笔误。 平均分子量计算器 走残基那条路， 单同位素质量计算器 在另一种同位素约定下走同一条路，所以分子式与质量之间的不一致会把故障收窄到序列，或者收窄到一段没有被建模的化学。

真实物料所带的若干东西，永远不会出现在由序列导出的分子式里。两个半胱氨酸之间的二硫键去掉两个氢原子，在平均约定下是 2.016 Da，在单同位素约定下是 2.01565，而这套计算里没有任何环节会去掉它们。结合的溶剂、三氟乙酸反离子，以及冻干瓶里的任何辅料，同样都不在其中。这些都不是算术错误，它们是序列没有编码的事实。一个恰好含有两个半胱氨酸的串，并不说明它们是否相连，所以同一条序列会给出两个分子式和两个质量，取决于某件分子式本身无法表达的事情。

末端状态是另一处缺失，而且它引起的意外比反离子更频繁。环化的 N 端和酰胺化的 C 端改变的不只是质量，还有原子计数，所以由一条裸序列算出的分子式，只要有任何一端被封顶就对不上了。 修饰质量计算器 带着常见链内修饰的质量偏移，而 摩尔质量交叉核对计算器 让你判断正在追查的那个差异是化学还是错误，整个练习背后的求和写在 分子量与多肽计算指南 里。