平均分子量计算器

从单体出发，这条规则就变得显然。一条由 n 个残基组成的链起始于 n 个游离氨基酸，把它们连成一条线性链恰好形成 n 减 1 个肽键，因为 n 个成员的链有 n 减 1 个连接。每个键让一个羧基与一个氨基缩合，释放出一个水。所以 n 个单体失去了 n 减 1 个水，而成品多肽所含的氢和氧，恰好比它的残基质量之和多出整整一个水的量。

因此，为二十种标准氨基酸列出的残基质量并不是游离氨基酸的质量。每一个都已经减去了 18.01528，每个残基各减一次，所以把 n 个残基质量加起来，其实已经隐含地去掉了 n 个水。成品分子只失去了 n 减 1 个，所以恰好加回一个水，两边的计数就对上了。改用一张游离氨基酸质量表来得到同一个答案，你只减一次 n 减 1 个水就停下，那是一条真正独立的通往同一个数字的路径，值得能把它当作核对跑一遍。

这条规则所避免的误差有多大，值得算一算，因为它不是取整上的事。二十一残基的多肽有二十个肽键，所以按每个残基加一个水而不是按整条链加一个水，会把答案抬高二十个水，在一个约 2300 Da 的分子上就是 360.3 Da。这接近百分之十六，大到足以看起来像另一种化合物而不是一次笔误，又小到足以躲过一次对数量级的粗略检查。一个便宜的界值在两种情况下都能抓住它：把残基之和除以长度，得到的均值必须落在最轻残基的 57.05 与最重残基的 186.21 之间。

多肽里的每一种元素都是同位素的混合物，而不是单一原子。碳绝大多数是碳 12，但任何样品中都有小部分是碳 13；氮 14 总带着一点氮 15，存在的每一种元素都是如此。平均约定把每种元素替换成它在各同位素上的单一丰度加权均值，而这些丰度由维护原子量的机构列表公布并定期修订。所得结果是这个混合物的质量，这就是为什么它该出现在一次除法里，而不是出现在一张谱图上。

正是这个区别使平均值成为正确的除数。称取 5 mg 多肽，你称的是一份按自然比例分布在许多同位素异构体上的样品，所以用这个质量除以平均分子量，数出来的分子数是对的。改用单同位素质量来除，得到的计数会恰好低出同位素偏移所代表的那个比例。这两种约定在 单同位素质量与平均分子量对照指南 里被摆在一起对照，而 单同位素质量计算器 算的是另一个。这也解释了为什么平均值在本站每一个下游计算中原封不动地传下去，以及为什么一个报到一位小数的已发表数值可以直接与推导质量核对，而不必先按同位素加以调整。

这个偏移并不是每个残基固定的一个数值，而如果你的目的是事先预测一次比较，这一点就很要紧。把每一种平均原子量与它的单同位素质量并排放好，每个原子的差值大致是碳 0.011 Da、氮 0.004、氧 0.004、氢 0.0002、硫 0.09。碳占主导仅仅是因为它的数量太多，所以一条含 120 个碳原子的链本身就带着约 1.3 Da 的偏移，而一个蛋氨酸残基所带的偏移差不多等于四个丙氨酸残基。

这个结果描述的是一条链未修饰、两端游离的游离肽，对这个描述而言它是精确的。真实物料经常不是这样。三氟乙酸肽带一个反离子，乙酸肽带的是另一个，一水合物带着结合水，而每一种都会把瓶中内容物的质量从序列算出的游离碱数值上推开。供应商为一个盐型报出分子量时，报的是盐的质量而不是多肽的质量，而这两个数字各自内部都是自洽的。

同位素富集是两种约定都无法处理的情形。用碳 13 或氮 15 标记的原料合成的多肽，其质量所对应的同位素组成必须明确写出，因为两张表都假定天然丰度。对标记物料来说，质量来自标记方案，而不是来自这里的任何一个计算器，序列也提供不了它。结合的溶剂和反离子也是一样，因为它们是关于样品的事实，而不是关于分子的事实。只要其中任何一项适用，诚实的做法就是先说明这个数字描述的是哪一种形式，再单独套用相应的偏移，而不是指望一个推导出来的数字覆盖同一条多肽的所有呈现形式。

结果上的四位小数是算术上的可复现性，不是测量的精度。一个报到一位小数的规格只能分辨 0.05 Da，天平还要粗得多。在比较两个数字之前，把推导质量取整到来源所能支持的程度， 摩尔质量交叉核对计算器 正是为此存在的；而当一个很大的差距需要一个化学解释而不是一个取整解释时， 修饰质量计算器 是试验候选偏移的地方。把推导质量与一个取整过的已发表数值相比较，只有在两者都被化到相同的有效数字位数之后才有意义，而这种化简是对来源的判断，不是对计算的判断。

对一支瓶所做的几乎每一件事，都从套用这个数字开始。从一个以毫克表示的质量出发，除以以克每摩尔表示的它，就是走向摩尔数、摩尔浓度或摩尔消光系数的第一步， 质量转摩尔计算器 完成这次除法，而 摩尔浓度计算器 在它之上再加上体积那一步。按这个顺序做，先序列、后摩尔，意味着查到的那个数字被一致地使用，而不是在每一阶段都凭记忆重抄一遍。摩尔浓度那一步接着需要一个体积，而体积是最常被填错的输入，所以值得把这两个习惯分开建立：先把摩尔质量推导一次，然后在后面每一个需要它的计算里都把它当作常数。

它也是拿来检验一份规格的数字，而一处不一致的大小比它的正负号本身更有信息量。短链上几分之一道尔顿的差距是同位素约定造成的。几十道尔顿的差距是修饰表能够解释的化学。几百量级的差距则意味着两条记录描述的是不同的分子，或者其中一条干脆是错的。 分子式计算器 通过数原子而不是累加表中的残基来得到质量，因此它是对残基之和的一次核对，而不是把残基之和换个说法再说一遍，而同一套算术更长的论述在 由序列求分子量 里。