औसत आणविक भार कैलकुलेटर

एक अनुक्रम में हर अवशेष का औसत द्रव्यमान जोड़कर और दोनों मुक्त सिरों के लिए एक जल अणु जोड़कर पेप्टाइड का औसत आणविक भार देता है। शैक्षिक संदर्भ, चिकित्सा या खुराक सलाह नहीं।

आणविक और द्रव्यमान

यह एक गणितीय और प्रयोगशाला संदर्भ उपकरण है। यह निदान, उपचार या खुराक की सिफारिश नहीं करता, और यह चिकित्सा सलाह नहीं है।

पेप्टाइड का द्रव्यमान केवल उसके अनुक्रम से निकाला जा सकता है, बिना कुछ भी तौले। औसत आणविक भार कैलकुलेटर ठीक यही करता है: आप एक-अक्षर अमीनो अम्ल कोड टाइप करते हैं और यह शृंखला के हर अवशेष का प्रचलित औसत द्रव्यमान जोड़ देता है, फिर दोनों मुक्त सिरों के लिए एक जल अणु वापस जोड़ देता है।

यही वह संख्या है जो अधिकांश आपूर्तिकर्ता वायल के लेबल पर छापते हैं, जो आप विश्लेषण प्रमाणपत्र पर देखेंगे, और जिसकी आपको ज़रूरत है जब आप जानना चाहते हैं कि एक वायल में कितने मोल हैं। यह अणु का स्वयं का गुण है, इसलिए तनुकरण के साथ नहीं बदलता।

औसत शब्द महत्वपूर्ण है। आवर्त सारणी का हर तत्व एक निश्चित प्राकृतिक अनुपात में आइसोटोपों के मिश्रण के रूप में मौजूद होता है, और औसत आणविक भार हर तत्व का प्राकृतिक प्रचलन-भारित औसत द्रव्यमान लेता है। उदासीन, मूल अवस्था के अणु के लिए यही परिपाटी है। एक दूसरी परिपाटी, मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान, वह है जो द्रव्यमान स्पेक्ट्रोमीटर बताता है, और इस साइट पर उसके लिए एक अलग कैलकुलेटर है।

अवशेष तालिका में एक जल पहले ही घटा हुआ है

मोनोमर से शुरुआत कीजिए और नियम स्पष्ट हो जाता है। n अवशेषों वाली शृंखला n मुक्त अमीनो अम्लों से शुरू होती है, और उन्हें रेखीय शृंखला में जोड़ने पर ठीक n घट 1 पेप्टाइड बंध बनते हैं, क्योंकि n सदस्यों वाली शृंखला में कड़ियाँ n घट 1 ही होती हैं। हर बंध एक कार्बोक्सिल समूह को एक अमीन समूह के साथ संघनित करता है और एक जल छोड़ता है। इसलिए n मोनोमरों ने n घट 1 जल खोए हैं, और तैयार पेप्टाइड में उसके अवशेष द्रव्यमानों के योग की तुलना में ठीक एक जल के बराबर अतिरिक्त हाइड्रोजन और ऑक्सीजन होती है।

इसलिए बीस मानक अमीनो अम्लों के लिए तालिकाबद्ध अवशेष द्रव्यमान मुक्त अमीनो अम्ल द्रव्यमान नहीं हैं। हर एक से 18.01528 पहले ही घटा लिया जाता है, प्रति अवशेष एक बार, इसलिए n अवशेष द्रव्यमानों को जोड़ने में अनजाने में n जल हट जाते हैं। तैयार अणु ने केवल n घट 1 खोए हैं, इसलिए एक जल वापस जोड़ने से दोनों गिनती एक हो जाती है। उसी आँकड़े तक मुक्त अमीनो अम्ल द्रव्यमानों की तालिका से पहुँचकर आप एक बार n घट 1 जल घटाकर रुक जाते हैं, जो उसी आँकड़े तक एक वास्तव में स्वतंत्र रास्ता है और जाँच के रूप में चलाने योग्य होना उचित है।

इस नियम जो रोकता है उसकी त्रुटि का आकार नापना उचित है, क्योंकि यह कोई पूर्णांकन की बात नहीं है। इक्कीस अवशेषों वाले पेप्टाइड में बीस बंध होते हैं, इसलिए शृंखला के बजाय प्रति अवशेष एक जल जोड़ने से उत्तार बीस जलों से बढ़ जाता है, जो लगभग 2300 Da के अणु पर 360.3 Da है। यह लगभग सोलह प्रतिशत है, जो चूक जैसा दिखने से कहीं बड़ा है, और परिमाण के सहज जाँच से बचने लायक भी छोटा। एक सस्ती सीमा दोनों तरह पकड़ लेती है: अवशेष योग को लंबाई से भाग दीजिए, और औसत हल्के से सबसे भारी अवशेष के 57.05 और सबसे भारी के 186.21 के बीच आना चाहिए।

औसत शब्द किस पर औसत ले रहा है

पेप्टाइड में हर तत्व एक अकेले परमाणु के बजाय आइसोटोपों का मिश्रण है। कार्बन ज़्यादातर कार्बन 12 है, पर किसी भी नमूने का एक छोटा भाग कार्बन 13 होता है, नाइट्रोजन 14 के साथ थोड़ा नाइट्रोजन 15 भी होता है, और यही क्रम हर मौजूद तत्व के लिए चलता है। औसत परिपाटी हर तत्व को उसके आइसोटोपों पर एकल प्रचलन-भारित औसत से बदल देती है, और ये प्रचलन तालिकाबद्ध होते हैं और परमाणु भार बनाए रखने वाला निकाय समय-समय पर उन्हें संशोधित करता है। परिणाम मिश्रण का द्रव्यमान है, और इसीलिए यह भाग में आता है, स्पेक्ट्रम में नहीं।

यही भेद है जो औसत को सही भाजक बनाता है। किसी पेप्टाइड के 5 mg तौलिए और आपने प्राकृतिक अनुपातों में बहुत से समद्रव्यमानियों में बँटे नमूने को तौला है, इसलिए उस द्रव्यमान को औसत आणविक भार से भागने पर अणुओं की गिनती सही आती है। इसके बजाय मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान से भागिए, तो गिनती उतने ही अंश से कम आती है जितना आइसोटोपिक विचलन दर्शाता है। ये दो परिपाटियाँ मोनोआइसोटोपिक बनाम औसत पर मार्गदर्शिका में आमने-सामने रखी गई हैं, और दूसरी को मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान कैलकुलेटर निकालता है। यही कारण भी है कि औसत आँकड़ा इस साइट की हर आगे की गणना में बिना बदले जाता है, और यह भी कि एक दशमलव तक बताया गया प्रकाशित मान निकाले गए द्रव्यमान के विरुद्ध आइसोटोप के लिए पहले सुधारे बिना जाँचा जा सकता है।

यह विचलन प्रति अवशेष एक निश्चित राशि नहीं है, और यह तब मायने रखता है जब उद्देश्य किसी तुलना का पहले से अनुमान लगाना हो। हर औसत परमाणु भार को उसके मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान के बगल में रखिए, और प्रति परमाणु अंतर लगभग 0.011 Da कार्बन के लिए, 0.004 नाइट्रोजन के लिए, 0.004 ऑक्सीजन के लिए, 0.0002 हाइड्रोजन के लिए और 0.09 सल्फर के लिए निकलते हैं। कार्बन का दबदबा केवल इसलिए है कि वह बहुत अधिक मात्रा में होता है, इसलिए 120 कार्बन वाली शृंखला अपने दम खाते लगभग 1.3 Da विचलन लिए होती है, और एक मेथियोनीन अवशेष उतना ही विचलन लिए होता है जितना लगभग चार एलनिन अवशेष।

कहाँ निकाला गया आँकड़ा वास्तविक पदार्थ का वर्णन छोड़ देता है

परिणाम एक मुक्त पेप्टाइड का वर्णन करता है जिसकी शृंखला असंशोधित है और सिरे मुक्त हैं, और उस वर्णन के लिए यह सटीक है। वास्तविक पदार्थ अक्सर ऐसा नहीं होता। पेप्टाइड ट्राइफ्लुओरोएसीटेट में एक प्रतिआयन होता है, पेप्टाइड एसीटेट में दूसरा, मोनोहाइड्रेट में बंधा हुआ जल होता है, और इनमें से हर एक वायल की सामग्री का द्रव्यमान उस मुक्त क्षार मान से दूर खिसका देता है जो अनुक्रम देता है। जो आपूर्तिकर्ता किसी लवण रूप के लिए आणविक भार बताता है उसने लवण का द्रव्यमान बताया है, पेप्टाइड का नहीं, और दोनों संख्याएँ भीतर से सही-सालाम हैं।

आइसोटोप समृद्धि वह मामला है जिसे कोई भी परिपाटी नहीं सँभालती। कार्बन 13 या नाइट्रोजन 15 से चिह्नित बिल्डिंग ब्लॉक से बना पेप्टाइड ऐसा द्रव्यमान रखता है जिसका आइसोटोपिक संघटन स्पष्ट रूप से बताना पड़ता है, क्योंकि दोनों तालिकाएँ प्राकृतिक प्रचलन मान लेती हैं। चिह्नित पदार्थ के लिए द्रव्यमान यहाँ के दोनों में से किसी कैलकुलेटर से नहीं, चिह्नन योजना से आता है, और कोई अनुक्रम उसे नहीं दे सकता। बंधा हुआ विलायक और प्रतिआयन भी उसी अर्थ में ऐसा ही व्यवहार करते हैं, क्योंकि वे नमूने के तथ्य हैं, अणु के नहीं। जहाँ इनमें से कोई भी लागू हो, वहाँ ईमानदार तरीका यह है कि बताया जाए कि आँकड़ा किस रूप का वर्णन करता है और फिर संगत विचलन अलग से लगाया जाए, इसके बजाय एक निकला हुआ आँकड़ा उसी पेप्टाइड के हर रूप को ढकने की अपेक्षा करना।

परिणाम में दिखाई गई चार दशमलव स्थान अंकगणित की पुनरावृत्ति हैं, मापन की परिशुद्धता नहीं। एक दशमलव तक बताया गया विनिर्देश 0.05 Da तक निपटाता है, और तुला उससे भी मोटी है। दोनों की तुलना से पहले निकाला गया द्रव्यमान उसी हद तक पूर्णांकित कीजिए जितनी स्रोत संभाल सकता है, यही काम मोलर द्रव्यमान जाँच कैलकुलेटर के लिए है, और जहाँ बड़े अंतर को पूर्णांकन के बजाय रासायनिक कारण चाहिए, वहाँ संभावित विचलन जाँचने की जगह संशोधन द्रव्यमान कैलकुलेटर है। निकाले गए द्रव्यमान की पूर्णांकित प्रकाशित संख्या से तुलना तभी अर्थपूर्ण है जब दोनों को एक ही सार्थक अंकों की संख्या तक घटा लिया गया हो, और यह घटाना गणना के बजाय स्रोत के बारे में एक निर्णय है।

संख्या को वहाँ तक ले जाना जहाँ आपको सचमुच ज़रूरत है

किसी वायल के साथ किया जाने वाला लगभग हर काम इसी आँकड़े को लगाकर शुरू होता है। मिलीग्राम में द्रव्यमान से ग्राम प्रति मोल में इसी से भाग लगाना मोल की गिनती, मोलरिटी या मोलर विलोपन गुणांक की ओर पहला कदम है, और द्रव्यमान से मोल कैलकुलेटर यही भाग करता है जबकि मोलरिटी कैलकुलेटर उस पर आयतन का कदम जोड़ देता है। इसी क्रम से चलना, पहले अनुक्रम और बाद में मोल, यह मतलब है कि देखा गया एकल आँकड़ा हर चरण पर याद से दोबारा टाइप किए बिना सुसंगत रूप से इस्तेमाल होता है। मोलरिटी का कदम फिर आयतन माँगता है, और आयतन ही वह इनपुट है जो सबसे अधिक बार गलत टाइप होता है, इसलिए दोनों आदतें अलग-अलग बनाना उचित है: मोलर द्रव्यमान एक बार निकालिए, फिर उसे हर उस बाद की गणना के लिए एक स्थिरांक मानिए जिसे उसकी ज़रूरत हो।

यह वही आँकड़ा है जिसके विरुद्ध कोई विनिर्देश जाँचा जाता है, और असहमति का आकार केवल उसके चिह्न से कहीं अधिक जानकारी देता है। छोटी शृंखला पर डाल्टन के कुछ दशमलव का अंतर आइसोटोप परिपाटी है। दसों डाल्टन का अंतर वह रसायन है जिसे संशोधन तालिका समझा लेती है। सैकड़ों का अंतर यह बताता है कि दोनों प्रविष्टियाँ अलग-अलग अणुओं का वर्णन करती हैं, या कि उनमें से एक सीधे ग़लत है। आणविक सूत्र कैलकुलेटर तालिकाबद्ध अवशेष जोड़ने के बजाय परमाणुओं को गिनकर द्रव्यमान तक पहुँचता है, जिससे यह अवशेष योग की जाँच बनता है, उसका दोबारा कथन नहीं, और इसी अंकगणित का विस्तृत अनुच्छेद अनुक्रम से पेप्टाइड का आणविक भार कैसे निकालें में है।

यह कैलकुलेटर कैसे काम करता है

विधि एकल योग है, और इकलौती सूक्ष्म बात जल है। मानक अमीनो अम्ल तालिकाएँ आमतौर पर दो अलग प्रकार के द्रव्यमान बताती हैं। मुक्त अमीनो अम्ल द्रव्यमान में वह जल शामिल होता है जो अणु एकल के रूप में लेकर चलता है। अवशेष द्रव्यमान वही संख्या है जिसमें से एक जल पहले ही हटा लिया गया है, क्योंकि पेप्टाइड बंध बनते समय जो जल निकलता है वह अब अणु का हिस्सा नहीं रहता।

n अवशेषों वाली शृंखला n घट 1 पेप्टाइड बंधों से जुड़ी होती है, और हर बंध एक जल हटाता है। इसलिए कुल हटाया गया जल n घट 1 है। यदि आप अवशेष द्रव्यमानों से शुरुआत करते हैं, तो जल प्रति अवशेष एक बार पहले ही घटा लिया जा चुका है, और आपने तैयार पेप्टाइड के लिए उसे एक बार ज़्यादा घटा लिया है। ठीक एक जल वापस जोड़ने से तैयार अणु बहाल हो जाता है।

यही पूरी गणना है। औसत अवशेष द्रव्यमान जोड़िए, एक बार 18.01528 Da जोड़िए, और आपके पास मुक्त पेप्टाइड का औसत आणविक भार है, यानी वही रूप जो लायोफिलाइज़्ड वायल से निकलता है।

सूत्र

average MW = sum of average residue masses + 18.01528

average MW

मुक्त पेप्टाइड का औसत आणविक भार, डाल्टन में

residue mass

मुक्त अमीनो अम्ल द्रव्यमान घटा 18.01528, जैसा तालिका में दर्शाया गया है

18.01528

एक जल अणु का द्रव्यमान, औसत परमाणु भारों से

ठीक एक जल, पूरी शृंखला के लिए, शृंखला जितनी भी लंबी हो।

हल किया गया उदाहरण

चार अवशेष वाले पेप्टाइड AGDE का औसत आणविक भार

यह एक उदाहरण मात्र है। आंकड़े इस तरह चुने गए हैं कि गणना जांची जा सके। यह खुराक, प्रोटोकॉल या सिफारिश नहीं है।

दिया गया

अनुक्रम, चार अवशेष: AGDE
Ala (A) औसत अवशेष द्रव्यमान: 71.0788 Da
Gly (G) औसत अवशेष द्रव्यमान: 57.0519 Da
Asp (D) औसत अवशेष द्रव्यमान: 115.0886 Da
Glu (E) औसत अवशेष द्रव्यमान: 129.1155 Da

अवशेष द्रव्यमान जोड़िए

प्रतिस्थापन

71.0788 + 57.0519 + 115.0886 + 129.1155

परिणाम

372.3348 Da
मुक्त सिरों के लिए एक जल जोड़िए

प्रतिस्थापन

372.3348 + 18.01528

परिणाम

390.35008 Da

यह क्या दर्शाता है

परिणाम लगभग 390.35 Da है, यानी 390.35 g/mol, क्योंकि एक डाल्टन और एक ग्राम प्रति मोल संख्यात्मक रूप से एक ही हैं। यही तुल्यता कारण है कि वही संख्या लेबल पर द्रव्यमान की तरह भी और मोल गणना में मोलर द्रव्यमान की तरह भी काम करती है।

इनपुट समझें

अमीनो एसिड अनुक्रम: पेप्टाइड शृंखला, प्रचलित बीस एक-अक्षर अमीनो अम्ल कोडों से लिखी हुई, बिना रिक्त स्थान, बिना डैश और बिना क्रमांकन के। केवल बड़े अक्षर।; ध्यान दें: Ala या GLY जैसे तीन-अक्षर कोड अस्वीकार कर दिए जाते हैं, वैसे ही कुछ आपूर्तिकर्ता जो छोटे अक्षर वाले रूप इस्तेमाल करते हैं भी। रिक्त स्थान और नई पंक्तियाँ भी अस्वीकार हो जाती हैं, जो ईमेल से चिपकाते समय आसानी से आ जाते हैं।

परिणाम समझें

औसत आणविक भार: डाल्टन में औसत आणविक भार। संख्यात्मक रूप से ग्राम प्रति मोल के बराबर, इसलिए वही संख्या बिना किसी और सुधार के मोल में बदल जाती है।
अनुक्रम लंबाई (अवशेष): शृंखला में अवशेषों की संख्या। यह न द्रव्यमान है और न खुराक। यह यहाँ इसलिए छापा जाता है क्योंकि लंबाई के बिना द्रव्यमान की सहज जाँच कठिन होती है।

इकाइयां समझें

Da (dalton): द्रव्यमान की एक इकाई, जो कार्बन 12 परमाणु के द्रव्यमान का एक बारहवाँ भाग है। इस तरह परिभाषित कि एक मोल 390.35 g/mol हो।
g/mol: मोलर द्रव्यमान। डाल्टन मान के संख्यात्मक रूप से बराबर, इसलिए इकाई लिख लेने के बाद दोनों परस्पर बदले जा सकते हैं।
Residue: वह अमीनो अम्ल जिसने पेप्टाइड बंध बनाते समय एक जल अणु खोया है। मुक्त अमीनो अम्ल से अलग।

सामान्य गलतियां

शृंखला के बजाय प्रति अवशेष एक जल जोड़ना। इससे दस अवशेष वाले पेप्टाइड में नौ अतिरिक्त जल जुड़ जाते हैं, जो 162 Da की शुद्ध त्रुटि है।
मोनोमर बताने वाली तालिका से मुक्त अमीनो अम्ल द्रव्यमान लेना और फिर उस पर जल जोड़ना। जल तालिका में पहले से शामिल है।
औसत आणविक भार को वह संख्या मानना जो द्रव्यमान स्पेक्ट्रोमीटर दिखाएगा। प्रति अवशेष अंतर छोटा है, पर यही इस साइट के दो कैलकुलेटरों के बीच का अंतर है।
ऐसे अनुक्रम के लिए परिणाम की आशा करना जिसमें D अमीनो अम्ल या PEG जैसा मानक अवशेष न हो। इनके लिए अलग से संशोधन द्रव्यमान लगाना पड़ता है, और यही काम संशोधन द्रव्यमान कैलकुलेटर का है।

महत्वपूर्ण सीमाएं

परिणाम मानता है कि शृंखला असंशोधित है और N तथा C टर्मिनस मुक्त हैं। एसिटिलेशन, एमिडेशन, पाइरोग्लूटामेट निर्माण और ग्लाइकोसाइलेशन सब वास्तविक द्रव्यमान बदल देते हैं, और इनमें से कोई भी शामिल नहीं है।
आइसोटोप समृद्धि, लवण रूप और प्रतिआयन मॉडल नहीं किए गए हैं। पेप्टाइड ट्राइफ्लुओरोएसीटेट लवण का लायोफिलाइज़्ड वायल ठीक मुक्त क्षार का द्रव्यमान नहीं तौलता।
यह द्रव्यमान है। यह सक्रियता, शक्ति, शुद्धता या सुरक्षा के बारे में कुछ नहीं कहता, और यह खुराक का आँकड़ा नहीं है।

स्रोत

अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न

What does the average molecular weight calculator compute?

It sums the average residue mass of every amino acid in the sequence you enter, plus one water molecule (18.01528 Da) for the two free termini, giving the peptide's average molecular weight in daltons.

How do I use the average molecular weight calculator?

Enter the peptide sequence using standard one letter amino acid codes, for example ACDEFGHIK. The calculator parses the sequence and returns the average mass and the residue count.

What method does the average molecular weight calculator use?

It follows the standard peptide mass convention from ExPASy PeptideMass and mass spectrometry tools generally: residue masses already have water removed for the peptide bond, so exactly one water is added back for the whole chain.

What units does the average molecular weight calculator return?

The average mass is in daltons (Da), equivalent to g/mol. The length result is a plain residue count.

What happens if I enter an invalid sequence into the average molecular weight calculator?

Characters outside the 20 standard one letter amino acid codes are rejected, and the calculator reports that the sequence contains invalid characters rather than silently ignoring them.

Is average mass the same as monoisotopic mass?

No. Average mass uses each element's natural isotopic abundance weighted average atomic mass; monoisotopic mass, a separate calculator on this site, uses only the most abundant isotope of each element. They differ by a few tenths of a dalton per residue and diverge more as the peptide gets longer.

Is the average molecular weight calculator free to use?

Yes. It runs entirely in your browser and sends no data to a server.

Why does a single amino acid still return a mass on the average molecular weight calculator?

A single residue plus one water is a valid, if minimal, peptide (a free amino acid), so the calculator accepts sequences as short as one residue.

कैलकुलेटर इनपुट

परिणाम