গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর

মনোমার থেকে শুরু করলে নিয়মটি স্পষ্ট হয়ে যায়। nটি অবশিষ্টাংশের একটি শৃঙ্খল শুরু হয় nটি মুক্ত অ্যামিনো অ্যাসিড হিসেবে, আর সেগুলোকে একটি সরল শৃঙ্খলে যুক্ত করলে ঠিক n minus 1টি পেপটাইড বন্ধন তৈরি হয়, কারণ nটি সদস্যের একটি শৃঙ্খলে n minus 1টি সংযোগ থাকে। প্রতিটি বন্ধন একটি কার্বক্সিল গ্রুপকে একটি অ্যামিন গ্রুপের সঙ্গে একত্রিত করে একটি জল অবমুক্ত করে। তাই nটি মনোমার n minus 1টি জল হারায়, আর তৈরি পেপটােডে তার অবশিষ্টাংশের ভরের যোগের চেয়ে ঠিক একটি জলের সমান হাইড্রোজেন আর অক্সিজেন থাকে।

তাই বিশটি প্রমাণিত অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশ ভর যেভাবে সারণিতে দেওয়া আছে সেগুলো মুক্ত অ্যামিনো অ্যাসিডের ভর নয়। প্রতিটি থেকে প্রতি অবশিষ্টাংশে একবার করে 18.01528 আগেই বাদ দেওয়া আছে, তাই nটি অবশিষ্টাংশের ভর যোগ করলে নিঃশব্দে nটি জল সরে যায়। তৈরি অণুটি হারিয়েছে মাত্র n minus 1টি, তাই একটি জল ফেরত যোগ করলে দুটি গণনা মেলে। বদলে মুক্ত অ্যামিনো অ্যাসিডের ভরের সারণি থেকে একই উত্তরে পৌঁছাতে চাইলে আপনি একবার n minus 1টি জল বাদ দিয়ে থামেন, যা আসলে সম্পূর্ণ স্বাধীন একটি পথ, আর যাচাই হিসেবে চালানোর অভ্যাস থাকা উচিত।

এই নিয়মটি যে ভুলের আকার ঠেকায় তা মাপা দরকার, কারণ এটি গোল করার বিষয় নয়। একটি একুশ অবশিষ্টাংশের পেপটাইডে বিশটি বন্ধন থাকে, তাই প্রতি শৃঙ্খলে নয়, প্রতি অবশিষ্টাংশে একটি জল যোগ করলে উত্তর বিশটি জলে বেড়ে যায়, যা প্রায় 2300 Da অণুর ওপর 360.3 Da। এটি প্রায় ষোল শতাংশ, যা একটি চুলের ভুলের চেহারা না দেখিয়ে ভিন্ন যৌগের চেহারা দেখানোর মতো বড়, আর আবার আকারের সাধারণ হিসাবে একটি হালকা যাচাই টপকানোর মতো ছোট। যেকোনো ক্ষেত্রে একটি সস্তা সীমা ধরে ফেলে: অবশিষ্টাংশের যোগকে দৈর্ঘ্য দিয়ে ভাগ করুন, আর গড় অবশিষ্টাংশের ভর হালকা অবশিষ্টাংশের 57.05 আর সবচেয়ে ভারী 186.21-এর মধ্যে পড়তে হবে।

পেপটাইডের প্রতিটি মৌল একটি একক পরমাণু নয়, আইসোটপের মিশ্রণ। কার্বন প্রায় সম্পূর্ণ কার্বন 12, তবে যেকোনো নমুনার একটি ছোট অংশ কার্বন 13, নাইট্রোজেন 14-এর সঙ্গে একটু নাইট্রোজেন 15 আসে, আর উপস্থিত প্রতিটি মৌলের ক্ষেত্রে এমনই। গড়ের রীতি প্রতিটি মৌলকে তার আইসোটপগুলোর ওপর একটি প্রাচুর্য-ওজনযুক্ত গড় দিয়ে বদলে দেয়, আর সেই প্রাচুর্যগুলো সারণিতে লেখা থাকে আর আণবিক ভর রক্ষণাবেক্ষণকারী সংস্থা সময়ে সময়ে সংশোধন করে। ফলাফলটি মিশ্রণের ভর, যে কারণেই এটি একটি স্পেকট্রামে নয়, একটি ভাগে পড়ে।

গড়কে সঠিক হর বানিয়ে দেওয়াটাই এই পার্থক্যের কাজ। কোনো পেপটাইডের 5 mg ওজন করলে আপনি প্রাকৃতিক অনুপাতে অনেক আইসোটপ সংস্করণে ছড়িয়ে থাকা একটি নমুনা ওজন করলেন, তাই সেই ভরকে গড় আণবিক ভর দিয়ে ভাগ করলে অণুগুলো ঠিকভাবে গোনা হয়। বদলে মনোআইসোটপিক ভর দিয়ে ভাগ করলে গণনা ঠিক যে অনুপাতেই কম আসে যতটুকু আইসোটপ সরণ বোঝায়। দুটি রীতির তুলনা মনোআইসোটপিক ভর বনাম গড় আণবিক ভর নির্দেশিকা -তে করা হয়েছে, আর মনোআইসোটপিক ভর ক্যালকুলেটর অন্যটি হিসাব করে। এটিই কারণ যে গড় সংখ্যাটি এই সাইটের প্রতিটি পরবর্তী হিসাবে অপরিবর্তিত ছড়ায়, আর এক দশমিক ঘরে উদ্ধৃত প্রকাশিত মানকে আগে আইসোটপের জন্য সমন্বয় না করেই হিসাব করা ভরের সঙ্গে যাচাই করা যায়।

সরণ প্রতি অবশিষ্টাংশে একটি স্থির পরিমাণ নয়, যেটি গুরুত্বপূর্ণ যখন লক্ষ্য হয় আগেই একটি তুলনার অনুমান করা। প্রতিটি গড় আণবিক ভরকে তার মনোআইসোটপিক ভরের পাশে বসালে পর পরমাণুর পার্থক্য বের হয় কার্বনের জন্য প্রায় 0.011 Da, নাইট্রোজেনের জন্য 0.004, অক্সিজেনের জন্য 0.004, হাইড্রোজেনের জন্য 0.0002 আর সালফারের জন্য 0.09। কার্বন আধিপত্য করে শুধু তাই নয় যে এর পরিমাণই অনেক বেশি, তাই 120টি কার্বনের একটি শৃঙ্খল নিজে থেকেই প্রায় 1.3 Da সরণ বহন করে, আর একটি মেথিওনিন অবশিষ্টাংশ প্রায় চারটি অ্যালানিন অবশিষ্টাংশের সমান সরণ বহন করে।

ফলাফলটি এমন একটি মুক্ত পেপটাইড বর্ণনা করে যার শৃঙ্খলে পরিবর্তন নেই আর দুই প্রান্ত মুক্ত, আর সেই বর্ণনার জন্য এটি হুবহু সঠিক। বাস্তব পদার্থ প্রায়ই সেটি নয়। পেপটাইড ট্রাইফ্লুরোঅ্যাসিটেট একটি প্রতিরোধী আয়ন বহন করে, পেপটাইড অ্যাসিটেট আরেকটি বহন করে, এক হাইড্রেটে বাঁধা পানি থাকে, আর এর প্রতিটিই ভায়ালের বিষয়বস্তুর ভরকে অনুক্রম থেকে পাওয়া মুক্ত ক্ষারের মান থেকে সরিয়ে দেয়। যে সরবরাহকারী লবণ রূপের জন্য আণবিক ভর উদ্ধৃত করেন তিনি পেপটাইডের নয়, লবণের ভর উদ্ধৃত করেছেন, আর দুটি সংখ্যাই নিজের ভেতরে সঠিক।

আইসোটপ সমৃদ্ধকরণ সেই ক্ষেত্র যেটি কোনো রীতিই সামলায় না। কার্বন 13 বা নাইট্রোজেন 15 চিহ্নিত বিল্ডিং ব্লক থেকে তৈরি একটি পেপটাইডের ভরের আইসোটপ গঠন স্পষ্ট করে বলা দরকার, কারণ দুটি সারণিই প্রাকৃতিক প্রাচুর্য ধরে। চিহ্নিত পদার্থের ক্ষেত্রে ভর আসে চিহ্নিতকরণের বিন্যাস থেকে, এখানকার দুই ক্যালকুলেটরের কোনোটি থেকে নয়, আর কোনো অনুক্রম তা দিতে পারে না। বাঁধা দ্রাবক আর প্রতিরোধী আয়ন একইভাবে আচরণ করে, অর্থাৎ এরা নমুনার বিষয়, অণুর বিষয় নয়। এদের কোনোটি প্রযোজ্য হলে সৎ পদ্ধতি হলো বলে দেওয়া যে সংখ্যাটি কোন রূপ বর্ণনা করে, তারপর সংশ্লিষ্ট সরণ আলাদা করে প্রয়োগ করা, একই পেপটাইডের প্রতিটি উপস্থাপনকে একটি হিসাব করা সংখ্যা দিয়ে ঢাকার আশা করার বদলে।

ফলাফলের চার দশমিক ঘর হলো গণনার পুনরাবৃত্তিযোগ্যতা, পরিমাপের নিভুলতা নয়। এক দশমিক ঘরে উদ্ধৃত বিবরণ 0.05 Da সমাধান করে, আর দাঁড়িপাল্লা আরও মোটা। দুটি তুলনা করার আগে হিসাব করা ভরটি উৎস যা বহন করতে পারে ততে গোল করুন, যার জন্যই মোলার ভর যাচাই ক্যালকুলেটর আছে, আর যেখানে বড় ফারাকের ব্যাখ্যা গোল করায় নয়, রাসায়নিকভাবে দরকার, সেখানে পরিবর্তন ভর ক্যালকুলেটর সম্ভাব্য সরণ পরখ করার জায়গা। গোল করা প্রকাশিত সংখ্যার সঙ্গে হিসাব করা ভরের তুলনা কেবল তখনই অর্থপূর্ণ যখন দুটোকেই একই সংখ্যা সার্থক অঙ্কে নামানো হয়, আর সেই নামানোটি হিসাবের বিষয়ে নয়, উৎসের বিষয়ে একটি বিচার।

একটি ভায়াল নিয়ে যা কিছুই করা হয় তার প্রায় সবই শুরু হয় এই সংখ্যাটি প্রয়োগ দিয়ে। মিলিগ্রামে দেওয়া একটি ভর থেকে এটিকে গ্রাম প্রতি মোলে ভাগ করা মোলের সংখ্যা, মোলারিটি বা মোলার বিলুপ্তি গুণাঙ্কের দিকে প্রথম ধাপ, আর ভর থেকে মোল ক্যালকুলেটর সেই ভাগটি করে, যেখানে মোলারিটি ক্যালকুলেটর তার ওপর আয়তনের ধাপটি যোগ করে। এই ক্রমে কাজ করা, আগে অনুক্রম আর পরে মোল, মানে যে একটি সংখ্যা একবার বের করা হলো তা প্রতিটি ধাপে মন থেকে নতুন করে না লেখা হয়। মোলারিটির ধাপে তারপর আয়তন লাগে, আর আয়তনই সবচেয়ে বেশি ভুল টাইপ হওয়া ইনপুট, তাই দুটি অভ্যাস আলাদা করে গড়ে তোলা উচিত: মোলার ভর একবার হিসাব করুন, তারপর পরের প্রতিটি হিসাবে সেটিকে ধ্রুবপরিমাণ হিসেবে ধরুন।

এটি সেই সংখ্যাও যার সঙ্গে একটি বিবরণ যাচাই করা হয়, আর অমিলের আকার তার চিহ্নের চেয়ে বেশি তথ্য দেয়। ছোট একটি শৃঙ্খলে কয়েক দশমিক ডাল্টনের ফারাক হলো আইসোটপ রীতি। কয়েক দশ ডাল্টনের ফারাক এমন রসায়ন যা একটি পরিবর্তনের সারণি ব্যাখ্যা করতে পারে। কয়েকশোর ফারাক মানে দুটি এন্ট্রি ভিন্ন অণু বর্ণনা করছে, বা এর একটি সহজ পচা ভুল। আণবিক সংকেত ক্যালকুলেটর সারণিভুক্ত অবশিষ্টাংশ যোগ না করে পরমাণু গোনার মাধ্যমে ভরে পৌঁছায়, যা এটিকে অবশিষ্টাংশের যোগের ওপর একটি যাচাই বানায়, তার পুনরাবৃত্তি নয়, আর একই গণনের দীর্ঘ বিবরণ সিকোয়েন্স থেকে পেপটাইডের আণবিক ভর নির্ণয় -এ আছে।