মনোআইসোটোপিক ভর ক্যালকুলেটর

ভর স্পেকট্রোমিটার দাঁড়িপাল্লার মতো ভর মাপে না। এটি আয়নকে ত্বরান্বিত করে, একটি ক্ষেত্রে বাঁকিয়ে এবং তারা কোথায় এসে পৌঁছায় তা নথিভুক্ত করে, যা ভর চার্জ অনুপাত ঠিক করে আর কিছু নয়। আয়নীভূত একটি পেপটাইড একটি একক পিক হিসেবে আসে না। এটি এক বা দুই ডাল্টন ব্যবধানে পিকের একটি গুচ্ছ হিসেবে আসে, কারণ পৃথক অণুগুলোতে কার্বন, নাইট্রোজেন, হাইড্রোজেন বা সালফারের কোন আইসোটপ আছে তা আলাদা। সেই গুচ্ছের সবচেয়ে প্রাচুর্য সদস্যটি হলো প্রতিটি মৌলের সবচেয়ে প্রাচুর্য আইসোটপ দিয়ে তৈরি এটি, আর সফটওয়্যার যে পিকটিকে মনোআইসোটপিক বলে চিহ্নিত করে সেটিও এটি, আর যে পিকের সঙ্গে হিসাব করা একটি মান তুলনা করা হয় সেটিও।

এতে তুলনাটি হয় একটি নিরপেক্ষ অণুর বদলে একটি আয়নের সঙ্গে, আর এটিই সংখ্যাটি সবসময় মেলে না বলার দ্বিতীয় কারণ। একবার প্রোটোনযুক্ত একটি পেপটাইড তার নিরপেক্ষ মনোআইসোটপিক ভরের প্রায় 1.007 Da উপরে দেখা যায়, আর একটি সোডিয়াম অ্যাডাক্ট প্রায় 22.99 Da উপরে। দুবার প্রোটোনযুক্ত পেপটাইড তার ভরের অর্ধেকের সঙ্গে এক যোগ করা অবস্থানে দেখা যায়, তাই ভর চার্জ অনুপাত হিসেবে উদ্ধৃত সংখ্যা এখানকার ফলাফল থেকে ভিন্ন পরিমাণ। এর কোনো অ্যাডাক্টই উপেক্ষা করার মতো ছোট নয়, আর দুটিই গড় বনাম মনোআইসোটপিক সেই ফারাককে ছাপিয়ে দেয় যেটি বেশি বিভ্রান্তি ঘটায়।

আইসোটপ আবরণও ব্যাখ্যা করে কেন একটি পিক খুব কমই পুরো গল্প হয়। পারপর পিকের ব্যবধান ঠিক করে উপস্থিত প্রতিটি মৌলের সবচেয়ে প্রাচুর্য আইসোটপ আর তার পরের সবচেয়ে প্রাচুর্য আইসোটপের মধ্যে ভরের পার্থক্য, তাই কার্বনে ভরা একটি পেপটাইড সালফারে ভরা একটির চেয়ে ভিন্ন ব্যবধান দেখায়। এর কোনোটিই হিসাব করা মানকে প্রভাবিত করে না, যেটি একটি একক আইসোটপ সংস্করণের জন্য একটি একক সংখ্যা, তবে বাস্তবে এটি প্রভাবিত করে পরিমাপ করা একটি পিক এটি থেকে কত দূরে থাকতে পারে। দুটি রীতির দীর্ঘ বিবরণ মনোআইসোটপিক ভর বনাম গড় আণবিক ভর নির্দেশিকা -এ আছে।

মনোআইসোটপিক রীতি প্রতি মৌলে একটি আইসোটপ ব্যবহার করে বলে গড় ভর থেকে পার্থক্য আর কিছু নয়, কেবল সেই ভারী আইসোটপগুলোর ওজনযুক্ত অবদান যা মনোআইসোটপিক রীতি উপেক্ষা করে। তাই এটি একটি সর্বজনীন ধ্রুবপরিমাণ নয়, বরং অণুর গঠনের একটি বৈশিষ্ট্য, আর এটি কার্বনের সংখ্যার সঙ্গে বাড়ে আর সালফার থাকলে লাফায়। এটি গুরুত্বপূর্ণ কারণ এর মানে দুটি রীতির মধ্যে ফারাক অনুক্রম থেকে অনুমান করা যায়, কেবল পর্যবেক্ষণ নয়, তাই ভুল রীতিতে উদ্ধৃত সংখ্যা অনেক সময় কেবল তার আকার দেখেই চেনা যায়।

চারটি অ্যালানিন আর দুটি মেথিওনিন নিন, মোট ছয়টি অবশিষ্টাংশ। অবশিষ্টাংশের যোগে একটি গড় জল যোগ করলে 564.7157, আর একই ছয়টি অবশিষ্টাংশ মনোআইসোটপিক রীতিতে 564.2400 দেয়, ফারাক 0.4757 Da। এখন তৈরি পেপটাইডের পরমাণুগুলো তার সংকেত থেকে গুনুন: 22টি কার্বন, 40টি হাইড্রোজেন, 6টি নাইট্রোজেন, 7টি অক্সিজেন আর 2টি সালফার। এই সংখ্যাগুলোকে প্রতি মৌলের সরণ দিয়ে গুণ করলে প্রায় 0.477 Da পাওয়া যায়, যা পরিমাপ করা ফারাকের সঙ্গে দুই সহস্রাংশ ডাল্টনের মধ্যে মেলে, আর এর কোনোটি থেকেই অন্যটি বের করা হয়নি। দুটোর পেছনের যোগ আণবিক ভর ও পেপটাইড গণনা -তে বসানো আছে।

ব্যবহারিক ফল হলো দৈর্ঘ্যের সঙ্গে ফারাক বাড়ে আর শতাংশ প্রায় নড়েই না। দশ অবশিষ্টাংশের গ্লিসিন শৃঙ্খলের গড় ভর 588.5343 আর মনোআইসোটপিক ভর 588.2252, তাই পরম ফারাক 0.3091 Da, আর বড় সংখ্যার শতাংশ হিসেবে প্রকাশ করলে 0.053 শতাংশ। তিনগুণ লম্বা শৃঙ্খল ডাল্টনে প্রায় তিনগুণ ফারাক বহন করে আর ভগ্নাংশ হিসেবে প্রায় একই ফারাক, কারণ পেপটাইডের ভর তার কার্বনের সংখ্যার হারেই বাড়ে। তাই দুটি লম্বা শৃঙ্খল তুলনা করার সময় পরম পার্থক্যই লক্ষ্য করা উচিত, আর কম নিভুলতায় উদ্ধৃত কোনো বিবরণের ক্ষেত্রে শতাংশ।

প্রলোভনটি হলো হাতে যে ভর পাওয়া যায় তাই ব্যবহার করা, আর দুটির পার্থক্য এক শতাংশেরও অনেক কম, যা বেছে নেওয়াকে তুচ্ছ মনে করায়। এটি তুচ্ছ নয়, কারণ দুটি সংখ্যা ভিন্ন প্রশ্নের উত্তর দেয়। গড় আণবিক ভর হলো মিশ্রণের ভর যা একটি নমুনা আসলেই তৈরি করে, তাই ওজন করা ভরকে এতে ভাগ করলে অণুগুলো ঠিকভাবে গোনা হয়। মনোআইসোটপিক ভর হলো একটি নির্দিষ্ট আইসোটপ সংস্করণের ভর, আর ওজন করা ভরকে এতে ভাগ করলে প্রতিবার, কোনো সতর্কবার্তা ছাড়াই, আইসোটপ সরণের অনুপাতে কম একটি পরিমাণ ফেরত আসে।

উপরের গ্লিসিন শৃঙ্খলের ক্ষেত্রে এই ঘাটতি প্রায় দশ হাজারের পাঁচ ভাগ। এটি ছোট, আর ঠিক তাই এটি টিকে থাকে। মনোআইসোটপিক হর থেকে করা প্রতিটি মোল গণনা, প্রতিটি মোলারিটি আর প্রতিটি বিলুপ্তি গুণাঙ্ক একই আপেক্ষিক ভুল বহন করে, আর ভুলের আকার ভরের আকার নয়, শৃঙ্খলের দৈর্ঘ্যের সঙ্গে চলে, তাই অঙ্গ দেখে এটি চোখে পড়ার কথা নয়। কোনো বিবরণ গড় আণবিক ভর উদ্ধৃত করলে মূল সংখ্যা এই পাতা থেকে নয়, গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর থেকে নিন, আর পরিমাপ করা পিকের সঙ্গে তুলনা হলে উল্টোটা প্রযোজ্য।

মনোআইসোটপিক ভরের কাজে লাগানোর সঠিক রূপ হলো রসায়নের ভিত্তি হিসেবে, শেষ বিন্দু হিসেবে নয়। এই সাইটের প্রতিটি পরিবর্তন সরণ উদ্ধৃত হয় UniMod থেকে নেওয়া একটি মনোআইসোটপিক ডেল্টা হিসেবে, তার অ্যাক্সেশন নম্বর সহ, আর পরিবর্তন ভর ক্যালকুলেটর তার একটি একটি মূল ভরের সঙ্গে যোগ করে। মনোআইসোটপিক সংখ্যা থেকে শুরু করলেই গণনা নিজের ভেতরে সামঞ্জস্যপূর্ণ থাকে, কারণ গড় একটি মূলের সঙ্গে একটি মনোআইসোটপিক ডেল্টা যোগ করলে এমন একটি সংখ্যা পাওয়া যায় যা কোনো রীতিরই নয় আর কিছুর সঙ্গে মেলে না। দুটি রীতি অবশিষ্টাংশের গণনার সঙ্গেও একসঙ্গে চলে, কারণ একটি অবশিষ্টাংশ যোগ বা সরানো যেকোনো রীতিতে একই সারণিভুক্ত পরিমাণে ভর সরায়, তাই দৈর্ঘ্যই এখানকার একমাত্র ফলাফল যা কোন রীতি বেছে নেওয়ার ওপর নির্ভর করে না।

একই শৃঙ্খলার দুই প্রান্তে, যেখানে টার্মিনাল পরিবর্তন ক্যালকুলেটর অ্যাসিটাইলেশন, অ্যামিডেশন আর দুটি চক্রীকরণ পথকে স্বাধীন অবস্থা হিসেবে দেখে। পরমাণুর গণনা মূল ভরের ওপর একটি দ্বিতীয় মতামত দেয়, কারণ মনোআইসোটপিক ভর আর আণবিক সংকেত দুটি ভিন্ন গণনা যেগুলোর একটির সঙ্গে অন্যটি মেলে, আর আণবিক সংকেত ক্যালকুলেটর ঠিক সেটিই তৈরি করে। আর উদ্ধৃত সংখ্যা মেলতে চাইলে না, মোলার ভর যাচাই ক্যালকুলেটর গোল করার অমিল আর রসায়নের আসল পার্থক্যকে আলাদা করে। এই তুলনা কোনো সরণ প্রয়োগ করার পরে নয়, আগে করা উচিত, কারণ এক ডাল্টন করে ভুল মূল ভর পরের প্রতিটি সংখ্যাকেই অন্তত ততটুকু ভুল রাখে।