পরিবর্তন ভর ক্যালকুলেটর

এই পাতার প্রতিটি ভরের সরণ একইভাবে বের করা হয়: বিক্রিয়া যে পরমাণু যোগ বা সরায় সেগুলো লিখুন, ডেল্টা নিজে থেকেই বের হয়। অ্যাসিটাইলেশন যেখানে একটি হাইড্রোজেন ছিল সেখানে দুই কার্বনের একটি অ্যাসিটাইল গ্রুপ বসায়, যা দুই কার্বন, দুই হাইড্রোজেন আর এক অক্সিজেন যোগ করে আর মনোআইসোটপিক রীতিতে 42.010565 Da দেয়। অ্যামিডেশন একটি টার্মিনাল হাইড্রক্সিলের জায়গায় একটি অ্যামিন বসায়, এক অক্সিজেন আর এক হাইড্রোজেন সরিয়ে একটি নাইট্রোজেন আর দুই হাইড্রোজেন যোগ করে, ফলে মোট 0.984016 Da হারায়। অক্সিডেশন হলো একটিমাত্র অক্সিজেনের সংযোজন আর আর কিছু নয়, তাই তার ডেল্টা হুবহু একটি অক্সিজেন পরমাণুর ভর। একই সমতা উৎসসহ আণবিক ভর ও পেপটাইড গণনা -তে করা হয়েছে।

বাকি দুটি একই প্রতিস্থাপন বিপরীত দিকে। ফসফোরিলেশন একটি ফসফেট গ্রুপ যোগ করে, যা এক হাইড্রোজেন, এক ফসফরাস আর তিন অক্সিজেনের মনোআইসোটপিক সংযোজন হিসেবে 79.966331 Da। ডিঅ্যামিডেশন অ্যাসপারটেজিন বা গ্লুটামিনের সাইড চেইনকে সংশ্লিষ্ট অ্যাসিডে বদলে একটি অ্যামাইডের জায়গায় হাইড্রক্সিল বসিয়ে, এক অক্সিজেন যোগ করে আর এক নাইট্রোজেন ও দুই হাইড্রোজেন সরিয়ে 0.984016 Da দেয়। এটি অ্যামিডেশনের ডেল্টার ঠিক ঋণাত্মক রূপ, আর এই জোড়া একটি কার্যকর মনে করিয়ে দেয় যে ভরের কাছাকাছি নিরপেক্ষ একটি প্রতিস্থাপন ভরকে যত সামান্য ওপরে তোলে, তত সামান্য নিচেও নামাতে পারে।

ডেল্টা বের করার বদলে খুঁজে বের করা এই অংশটিই যা সাধারণভাবে কাজে লাগে। এই পাতার ক্যাটালগে পাঁচটি এন্ট্রি আর UniMod-এ শত শত, তাই এই পাঁচটির বাইরের যেকোনোটি একইভাবে বের করতে হয়, আর পরমাণুর সমতাই একমাত্র পদ্ধতি যা কোনো সারণি ছাড়া কাজ করে। এই পাঁচটির সহজেই কোনোটির মতো না দেখায় এমন একটি সরণও বিক্রিয়ক আর উৎপাদ সম্পূর্ণ লিখলে বের হয়ে আসে। এটিই কারণ আণবিক সংকেত ক্যালকুলেটর একটি কাজের সঙ্গী: সংকেতের পার্থক্য হিসেবে প্রকাশ করা একই ডেল্টা নিশ্চিত করে কোন পরমাণুগুলো সরা উচিত।

ছড়িয়ে পড়াটি একটি গুণ, আর এই কারণেই এখানে একটি সংখ্যার ঘর আছে। একটি অ্যাসিটাইলেশন 42.010565 Da আর দুটি 84.02113, তাই একাধিক অবস্থানে একই পরিবর্তন বহনকারী একটি পেপটাইড হলো মূল ভর আর সেই গুণফল। গুণটি কেবল তখনই সঠিক যখন প্রতিটি অবস্থানে একই জিনিস থাকে, যা স্পষ্ট করে বলা উচিত কারণ একটি অ্যাসিটাইলেশন আর একটি ফসফোরিলেশনসহ একটি পেপটাইড একটি পরিবর্তনের দুটি অবস্থান নয় আর একটি ডেল্টা আর একটি সংখ্যা দিয়ে প্রকাশ করা যায় না। এটিই কারণ প্রয়োগ করা সরণ ফলাফলের সঙ্গে পাশাপাশি জানানো হয়, যাতে রসায়নের আকার মোটের ভেতরে লুকিয়ে না থেকে চোখে পড়ে।

মূলের তুলনায় সরণের আকার প্রথমে মনে হওয়ার চেয়ে বেশি গুরুত্বপূর্ণ। বিয়াল্লিশ ডাল্টন একটি 373 Da শৃঙ্খলের 11.3 শতাংশ আর একটি 2300 Da শৃঙ্খলের দুই শতাংশেরও কম, তাই একই রসায়ন ছোট পেপটাইডে অনেক বড় চ্যাতাক বদল, দীর্ঘ পেপটাইডে ততটা নয়, আর শতাংশ হিসেবে প্রকাশিত সহনশীলতা তাই দুটি ক্ষেত্রে ভিন্ন অর্থ বহন করে। সহনশীলতার ভেতরে থেকে মেলে এমন ফলাফল ছোট শৃঙ্খলে বড় শৃঙ্খলে একই সহনশীলতার চেয়ে দুর্বল প্রমাণ, যে কারণে পরিবর্তিত ভরকে পরিমাপ করা মানের সঙ্গে তুলনা করার সময় পরম সহনশীলতা পছন্দ করার একটি ভালো কারণ। ঠিক এই কারণেই মোলার ভর যাচাই ক্যালকুলেটর পরম আর আপেক্ষিক দুটি ফারাকই জানায়।

এখানে উদ্ধৃত প্রতিটি সংখ্যা নেওয়া হয়েছে UniMod থেকে তার অ্যাক্সেশন নম্বর সহ, আর UniMod মনোআইসোটপিক ভরে কাজ করে। একটি স্পেকট্রামের সঙ্গে একটি পরিবর্তন শনাক্ত করার জন্য এটি ঠিক রীতি আর গড় ভরের সঙ্গে মেলাতে এটি ভুল রীতি। গড় আণবিক ভর থেকে হিসাব করলে অ্যাসিটাইলেশনের গড় ভর ডেল্টা 42.010565 নয়, প্রায় 42.037, তাই মনোআইসোটপিক সংখ্যাটি একটি গড় মূলের সঙ্গে যোগ করলে মোট রসায়ন যেখানে রাখে তার চেয়ে প্রায় 0.03 Da বেশি থাকে। ছোট, তবে যে কোনো ক্যালকুলেটর দেখান তার চার দশমিক ঘরের চেয়ে বড়।

সেই উদ্বেগের একটি শিক্ষণীয় ব্যতিক্রম আছে। অ্যামিডেশন দুই রীতিতেই নিরাপদ বলে মনে হয়, কারণ এটি একটি অক্সিজেনের জায়গায় একটি নাইট্রোজেন বসায় আর দুই মৌলের ভর প্রায় এক, তাই মোট যেকোনো ক্ষেত্রে এক ডাল্টনের কম থাকে। রূপটি সাধারণ: পরিবর্তন ভরের কাছ যত নিরপেক্ষ হয়, রীতি তত কম গুরুত্বপূর্ণ হয়, আর ভর যত দূরে সরে যায় তত বেশি গুরুত্বপূর্ণ হয়। শেষ অঙ্ক পর্যন্ত নিজের ভেতরে সামঞ্জস্যপূর্ণ একটি সংখ্যা চাইলে মূলটি নেবেন মনোআইসোটপিক ভর ক্যালকুলেটর থেকে, গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর থেকে নয়, আর প্রতিটি সরণ জুড়ে সেই রীতিতেই থাকুন।

এই হিসাবটি চালানোর সবচেয়ে কাজে লাগানো উপায় হলো উল্টো দিক, আর পাতাটি সেটি সমর্থন করে না বলেই বলে না। যে বিবরণ পরিবর্তিত ভর উদ্ধৃত করে আর অনুক্রম থেকে পরিবর্তনহীন ভর জানা, সেখানে একটি থেকে অন্যটি বিয়োগ করলে বিবরণটি যে ডেল্টা বোঝায় সেটি পাওয়া যায়। পাঁচটি অ্যালানিন অবশিষ্টাংশের গড় ভর 373.4093, আর 415.42 বলে উদ্ধৃত একটি বিবরণ 42.0107 সরণ বোঝায়, যা উদ্ধৃত সংখ্যার গোল করার মধ্যেই একটি অ্যাসিটাইলেশন। এরপর অ্যাসিটাইলেশনটি সামনে চালিয়ে তুলনা করে শনাক্তকরণ নিশ্চিত করা যায়, যা একটি মাপ যা ভর পার্থক্য ক্যালকুলেটর সরাসরি করে।

এই পুরো বিষয়ের সৎ সীমা হলো পরিধি। এখানকার ক্যাটালগে পাঁচটি পরিবর্তন আর UniMod ডেটাবেসে শত শত, তাই তালিকার বাইরের যেকোনোটি UniMod-এ খুঁজে হাতে প্রয়োগ করতে হয়, আর এই পাতা সেই উত্তর দেবে না। এটি রসায়নও যাচাই করে না: অনুক্রমে এমন একটি লাইসিন আছে কি না যা অ্যাসিটাইল গ্রুপ বহন করতে পারে, বা এমন একটি টাইরোসিন আছে কি না যা ফসফোরিলেট হতে পারে, তা অণু সম্পর্কে একটি আলাদা প্রশ্ন, আর যে মূলে এর জন্য কোনো অবস্থান নেই তার ওপর প্রয়োগ করা সরণ এমন হিসাব যার কোনো অর্থ নেই। শৃঙ্খলের দুই প্রান্ত আলাদাভাবে সামলানো হয়, যেখানে টার্মিনাল পরিবর্তন ক্যালকুলেটর অ্যাসিটাইলেশন, অ্যামিডেশন আর দুটি চক্রীকরণ পথকে স্বাধীন অবস্থা হিসেবে দেখে।