संशोधन द्रव्यमान कैलकुलेटर

इस पृष्ठ का हर द्रव्यमान विचलन एक ही तरीके से निकाला जाता है: लिखिए कि अभिक्रिया कौन से परमाणु जोड़ती या हटाती है, और डेल्टा अपने आप बन जाता है। एसिटिलेशन जहाँ एक हाइड्रोजन था वहाँ दो कार्बन वाला एसिटिल समूह रखता है, जो दो कार्बन, दो हाइड्रोजन और एक ऑक्सीजन जोड़ता है और मोनोआइसोटोपिक परिपाटी पर 42.010565 Da देता है। एमिडेशन अंतिम हाइड्रॉक्सिल को अमीन से बदल देता है, जिससे एक ऑक्सीजन और एक हाइड्रोजन जाता है और एक नाइट्रोजन तथा दो हाइड्रोजन आते हैं, शुद्ध रूप से 0.984016 Da की हानि। ऑक्सीकरण एक एकल ऑक्सीजन का जोड़ है और इससे कुछ और नहीं, इसलिए उसका डेल्टा ठीक एक ऑक्सीजन परमाणु का द्रव्यमान है। यही संतुलन स्रोतों सहित पेप्टाइड की गणनाओं में आणविक भार का क्या मतलब है में उभरकर आता है।

बाकी दो एक ही प्रतिस्थापन की दो विपरीत दिशाएँ हैं। फॉस्फोरिलेशन एक फॉस्फेट समूह जोड़ता है, जो एक हाइड्रोजन, एक फॉस्फोरस और तीन ऑक्सीजन के रूप में मोनोआइसोटोपिक जोड़ 79.966331 Da है। डिएमिडेशन एस्पाराजिन या ग्लूटामिन की बाजू शृंखला को एमाइड को हाइड्रॉक्सिल से बदलकर संगत अम्ल बना देता है, जिसमें एक ऑक्सीजन जुड़ती है और एक नाइट्रोजन तथा दो हाइड्रोजन हटते हैं, जिससे 0.984016 Da आता है। यह एमिडेशन डेल्टा का ठीक ऋणात्मक है, और यह जोड़ा उपयोगी याद दिलाता है कि द्रव्यमान के लिहाज़ से नगण्य के निकट का प्रतिस्थापन द्रव्यमान को उतना ही संभावित रूप से ऊपर की ओर खिसकाता है जितना नीचे की ओर।

डेल्टा इस तरह निकालना सामान्य बनता है, उन्हें देखना नहीं। इस पृष्ठ की सूची में पाँच प्रविष्टियाँ हैं और UniMod में सैकड़ों, इसलिए पाँच से बाहर की हर चीज़ इसी तरह निकालनी पड़ती है, और बिना तालिका देखे काम करने वाली एकमात्र विधि परमाणु संतुलन है। जो विचलन इनमें से स्पष्ट रूप से कोई नहीं है, वह भी अभिकारकों और उत्पादों को पूरा लिखने से निकल आएगा। यही कारण है कि आणविक सूत्र कैलकुलेटर उपयोगी साथी है: वही डेल्टा सूत्र के अंतर के रूप में व्यक्त करना बताता है कि कौन से परमाणुओं को हिलना चाहिए।

यह फैलाव एक गुणा है, और इसीलिए यहाँ एक गिनती वाला फ़ील्ड है। एक एसिटिलेशन 42.010565 Da है और दो 84.02113, इसलिए जिस पेप्टाइड पर एक से अधिक स्थानों पर यही संशोधन हो, वह आधार द्रव्यमान उस गुणनफल के योग है। यह गुणा तभी सही है जब हर स्थान पर वही चीज़ हो, और यह साफ़ कहना उचित है क्योंकि एक एसिटिलेशन और एक फॉस्फोरिलेशन वाला पेप्टाइड एकल संशोधन के दो स्थान नहीं है और इसे एक डेल्टा और एक गिनती से व्यक्त नहीं किया जा सकता। यही कारण है कि लगाया गया विचलन परिणाम के साथ-साथ भी बताया जाता है, ताकि रसायन का आकार दबा न रहे, बल्कि दिखता रहे।

आधार के सापेक्ष विचलन का आकार पहले जितना लगता है उससे अधिक मायने रखता है। बयालीस डाल्टन 373 Da शृंखला का 11.3 प्रतिशत है और 2300 Da वाली का दो प्रतिशत से भी कम, इसलिए वही रसायन छोटे पेप्टाइड पर बहुत बड़ा विक्षोभ है और लंबे पर बहुत छोटा, इसलिए प्रतिशत के रूप में बताया गया सहनशीलता दोनों स्थितियों में अलग बात कहता है। छोटी शृंखला पर सहनशीलता के भीतर बताया गया मिलान लंबी शृंखला पर उसी सहनशीलता से कमज़ोर प्रमाण है, और यही कारण है कि संशोधित द्रव्यमान की तुलना मापे गए मान से होने पर निरपेक्ष सहनशीलता पसंद कीजिए। मोलर द्रव्यमान जाँच कैलकुलेटर ठीक इसीलिए निरपेक्ष और सापेक्ष दोनों अंतर बताता है।

यहाँ बताया गया हर आँकड़ा UniMod से उसके प्रवेश संख्या सहित लिया गया है, और UniMod मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमानों में काम करता है। स्पेक्ट्रम में संशोधन पहचानने के लिए यही सही परिपाटी है और औसत द्रव्यमान के साथ मिलाने के लिए ग़लत। एसिटिलेशन का औसत द्रव्यमान विचलन, औसत परमाणु भारों से निकाला गया, लगभग 42.010565 के बजाय 42.037 है, इसलिए मोनोआइसोटोपिक आँकड़ा औसत आधार में जोड़ने से कुल लगभग 0.03 Da ऊपर रह जाता है जहाँ रसायन वास्तव में उसे रखता है। छोटा, पर दोनों में से किसी कैलकुलेटर के दिखाए गए चार दशमलव स्थानों से बड़ा।

इस चिंता का एक शिक्षाप्रद अपवाद है। एमिडेशन दोनों परिपाटियों में सुरक्षित दिखता है, क्योंकि यह एक ऑक्सीजन को एक नाइट्रोजन से बदलता है और दोनों तत्वों का द्रव्यमान लगभग बराबर है, इसलिए शुद्ध राशि दोनों तरह एक डाल्टन से कम रहती है। यह क्रम सामान्य है: जितना कोई संशोधन द्रव्यमान के लिहाज़ से नगण्य के निकट है, परिपाटी उतना ही कम मायने रखती है, और जितना वह द्रव्यमान को अधिक खिसकाता है, उतना ही अधिक। जब अंतिम अंक तक आंतरिक रूप से सुसंगत आँकड़ा चाहिए, तो आधार मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान कैलकुलेटर से लीजिए, औसत आणविक भार कैलकुलेटर के बजाय, और हर विचलन तक उसी परिपाटी में बने रहिए।

इस गणना को चलाने का सबसे उपयोगी तरीका उल्टी दिशा है, और यह पृष्ठ बिना कहे उसे सँभालता है। जब कोई विनिर्देश संशोधित द्रव्यमान बताता है और असंशोधित द्रव्यमान अनुक्रम से ज्ञात है, तो एक को दूसरे से घटाने पर वह डेल्टा निकलता है जो विनिर्देश अनजाने से कहता है। पाँच एलनिन अवशेषों का औसत द्रव्यमान 373.4093 है, और 415.42 बताने वाला विनिर्देश 42.0107 का विचलन अनजाने से कहता है, जो बताए गए आँकड़े के पूर्णांकन के भीतर एक एसिटिलेशन है। पहचान की पुष्टि फिर एसिटिलेशन को आगे चलाकर मिलान करने से होती है, जो एक माप है जो द्रव्यमान अंतर कैलकुलेटर सीधे करता है।

इन सब पर ईमानदार सीमा परिसर है। यहाँ की सूची पाँच संशोधनों की है और UniMod डेटाबेस में सैकड़ों हैं, इसलिए सूची से बाहर की हर चीज़ UniMod में देखकर हाथ से लगानी पड़ती है, और यह पृष्ठ वह उत्तर नहीं देगा। यह रसायन भी जाँचता नहीं: क्या अनुक्रम में ऐसा लाइसिन है जो एसिटिल समूह ले सकता हो, या ऐसा टायरोसिन जो फॉस्फोरिलित हो सकता हो, यह अणु के बारे में एक अलग सवाल है, और ऐसे आधार पर लगाया गया विचलन ऐसा अंकगणित है जिसका कोई अर्थ नहीं। शृंखला के दोनों सिरे अलग से देखे जाते हैं, जहाँ टर्मिनल संशोधन कैलकुलेटर एसिटिलेशन, एमिडेशन और साइक्लीकरण के दोनों रास्तों को स्वतंत्र अवस्थाओं के रूप में देखता है।