Calculateur de masse de modification

Chaque décalage de masse de cette page est dérivé de la même façon : écrivez les atomes que la réaction ajoute ou retire, et le delta suit. L’acétylation place un groupe acétyle à deux carbones là où se trouvait un hydrogène, ce qui ajoute deux carbones, deux hydrogènes et un oxygène et donne 42.010565 Da en convention monoisotopique. L’amidation remplace un hydroxyle terminal par une amine, retirant un oxygène et un hydrogène tout en ajoutant un azote et deux hydrogènes, pour une perte nette de 0.984016 Da. L’oxydation est l’ajout d’un seul oxygène et rien d’autre, si bien que son delta est exactement la masse d’un atome d’oxygène. Le même bilan est déroulé avec ses sources dans le guide sur le poids moléculaire et les calculs de peptides .

Les deux autres sont un seul remplacement en sens opposés. La phosphorylation ajoute un groupe phosphate, ce qui comme ajout monoisotopique d’un hydrogène, d’un phosphore et de trois oxygènes vaut 79.966331 Da. La désamidation transforme une chaîne latérale d’asparagine ou de glutamine en l’acide correspondant en remplaçant un amide par un hydroxyle, ajoutant un oxygène tout en retirant un azote et deux hydrogènes, ce qui donne 0.984016 Da. C’est l’exact opposé du delta d’amidation, et cet appariement est un rappel utile qu’un remplacement proche de la neutralité en masse peut tout aussi bien faire monter légèrement une masse que la faire baisser.

Calculer les deltas de cette façon plutôt que d’aller les chercher est ce qui se généralise. Le catalogue de cette page compte cinq entrées et UniMod en a des centaines, si bien que tout ce qui sort des cinq doit être dérivé de la même manière, et que le bilan d’atomes est la seule méthode qui fonctionne sans table de référence. Un décalage qui n’est manifestement aucun de ces cinq-là sortira quand même de l’écriture complète des réactifs et des produits. C’est aussi pourquoi le calculateur de formule moléculaire est un compagnon utile : le même delta exprimé comme différence de formules confirme quels atomes sont censés bouger.

La propagation est une multiplication, et c’est pourquoi un champ de compte existe ici. Une acétylation vaut 42.010565 Da et deux valent 84.02113, si bien qu’un peptide portant la même modification sur plusieurs sites est une masse de base plus ce produit. La multiplication n’est correcte que si chaque site porte la même chose, ce qui mérite d’être énoncé franchement parce qu’un peptide avec une acétylation et une phosphorylation n’est pas deux sites d’une modification unique et ne peut pas s’exprimer par un delta et un compte. C’est aussi pourquoi le décalage appliqué est rapporté à côté du résultat, afin que l’ampleur de la chimie reste visible au lieu d’être enfouie dans un total.

L’ampleur du décalage par rapport à la base compte plus qu’elle ne paraît d’abord. Quarante-deux daltons font 11.3 pour cent d’une chaîne de 373 Da et moins de deux pour cent d’une chaîne de 2300 Da, si bien que la même chimie est une perturbation bien plus grande sur un peptide court que sur un peptide long, et qu’une tolérance exprimée en pourcentage signifie donc autre chose dans les deux cas. Une correspondance annoncée à l’intérieur d’une tolérance est une preuve plus faible sur une chaîne courte que la même tolérance sur une chaîne longue, ce qui est une bonne raison de préférer une tolérance absolue lorsqu’une masse modifiée est confrontée à une valeur mesurée. Le calculateur de vérification de la masse molaire rapporte l’écart absolu et l’écart relatif précisément pour cette raison.

Chaque chiffre cité ici est issu de UniMod avec son numéro d’accès, et UniMod travaille en masses monoisotopiques. C’est la bonne convention pour identifier une modification par rapport à un spectre, et la mauvaise à mélanger avec une masse moyenne. Le delta de masse moyen pour l’acétylation, calculé à partir des masses atomiques moyennes, est d’environ 42.037 plutôt que 42.010565, si bien qu’ajouter le chiffre monoisotopique à une base moyenne laisse le total environ 0.03 Da au-dessus de l’endroit où la chimie le place réellement. C’est faible, mais plus grand que les quatre décimales qu’affiche l’un ou l’autre calculateur.

Il existe une exception instructive à ce souci. L’amidation paraît sûre dans l’une ou l’autre convention, parce qu’elle échange un oxygène contre un azote et que les deux éléments ont presque la même masse, si bien que le net reste sous un dalton dans les deux cas. Le schéma est général : plus une modification est proche de la neutralité en masse, moins la convention compte, et plus elle déplace la masse, plus elle compte. Quand on veut un chiffre cohérent jusqu’au dernier chiffre, prenez la base dans le calculateur de masse monoisotopique plutôt que dans le calculateur de poids moléculaire moyen , et restez dans cette convention à travers tous les décalages.

La manière la plus utile de mener ce calcul est à l’envers, et cette page le permet sans le dire. Lorsqu’une spécification cite une masse modifiée et que la masse non modifiée est connue par la séquence, soustraire l’une de l’autre donne le delta que la spécification implique. Cinq résidus alanine ont une masse moyenne de 373.4093, et une spécification citant 415.42 implique un décalage de 42.0107, ce qui est une acétylation à l’arrondi près du chiffre cité. L’identification est ensuite confirmée en appliquant l’acétylation dans le sens direct et en comparant, ce que le calculateur de différence de masse fait directement.

La limite honnête de tout cela est l’étendue. Le catalogue d’ici compte cinq modifications et la base de données UniMod en contient des centaines, si bien que tout ce qui n’est pas dans la liste doit être cherché dans UniMod et appliqué à la main, et cette page ne produira pas cette réponse. Elle ne vérifie pas non plus la chimie : savoir si la séquence contient une lysine qui pourrait porter un groupe acétyle, ou une tyrosine qui pourrait être phosphorylée, est une autre question sur la molécule, et un décalage appliqué à une base à laquelle aucun site ne correspond est une arithmétique qui ne signifie rien. Les deux extrémités de la chaîne sont traitées séparément, là où le calculateur de modification terminale traite l’acétylation, l’amidation et les deux voies de cyclisation comme des états indépendants.