Calculadora de masa de modificacion

Cada desplazamiento de masa de esta página se deriva de la misma manera: se escriben los átomos que la reacción añade o quita y el delta sale solo. La acetilación coloca un grupo acetilo de dos carbonos donde había un hidrógeno, lo que añade dos carbonos, dos hidrógenos y un oxígeno y da 42.010565 Da en la convención monoisotópica. La amidación sustituye un hidroxilo terminal por una amina, quitando un oxígeno y un hidrógeno mientras añade un nitrógeno y dos hidrógenos, para una pérdida neta de 0.984016 Da. La oxidación es la adición de un solo oxígeno y nada más, así que su delta es exactamente la masa de un átomo de oxígeno. El mismo balance se desarrolla con fuentes en la guía sobre peso molecular y cálculos con péptidos .

Las dos restantes son una sustitución en direcciones opuestas. La fosforilación añade un grupo fosfato, que como adición monoisotópica de un hidrógeno, un fósforo y tres oxígenos es 79.966331 Da. La desamidación convierte la cadena lateral de una asparagina o una glutamina en el ácido correspondiente sustituyendo una amida por un hidroxilo, lo que añade un oxígeno mientras quita un nitrógeno y dos hidrógenos y da 0.984016 Da. Ese es exactamente el negativo del delta de la amidación, y el emparejamiento recuerda algo útil: una sustitución casi neutra en masa tiene la misma probabilidad de subir ligeramente una masa que de bajarla.

Calcular los deltas de esta manera en vez de buscarlos es la parte que generaliza. El catálogo de esta página tiene cinco entradas y UniMod tiene cientos, así que cualquier cosa fuera de esas cinco hay que derivarla de la misma forma, y el balance de átomos es el único método que funciona sin tabla de consulta. Un desplazamiento que no sea evidentemente ninguno de estos cinco también saldrá escribiendo por completo los reactivos y los productos. También es por eso que la calculadora de fórmula molecular es una compañera útil: el mismo delta expresado como diferencia de fórmulas confirma qué átomos deberían moverse.

La propagación es una multiplicación, y por eso aquí existe un campo de recuento. Una acetilación son 42.010565 Da y dos son 84.02113, así que un péptido que lleva la misma modificación en más de un sitio es una masa base más ese producto. La multiplicación solo es correcta cuando todos los sitios llevan lo mismo, y eso merece enunciarse con claridad porque un péptido con una acetilación y una fosforilación no son dos sitios de una sola modificación y no se puede expresar como un delta y un recuento. También es por eso que el desplazamiento aplicado se informa junto al resultado, para que el tamaño de la química siga siendo visible en lugar de quedar enterrado dentro de un total.

El tamaño del desplazamiento respecto de la base importa más de lo que parece a primera vista. Cuarenta y dos daltons son un 11.3 por ciento de una cadena de 373 Da y menos de un dos por ciento de una de 2300 Da, así que la misma química es una perturbación mucho mayor en un péptido corto que en uno largo, y una tolerancia expresada como porcentaje significa por tanto algo distinto en los dos casos. Una coincidencia informada dentro de la tolerancia es una prueba más débil en una cadena corta que la misma tolerancia en una larga, y esa es una buena razón para preferir una tolerancia absoluta cuando se compara una masa modificada con un valor medido. La calculadora de verificación de peso molecular informa de la diferencia absoluta y de la relativa exactamente por esto.

Todas las cifras citadas aquí se toman de UniMod con su número de accesión asociado, y UniMod trabaja con masas monoisotópicas. Esa es la convención correcta para identificar una modificación contra un espectro y la incorrecta para mezclarla con una masa media. El delta de masa media de la acetilación, calculado a partir de los pesos atómicos medios, es de unos 42.037 y no 42.010565, así que sumar la cifra monoisotópica a una base media deja el total unos 0.03 Da por encima de donde la química realmente lo pone. Es poco, pero mayor que los cuatro decimales que muestra cualquiera de las dos calculadoras.

Hay una excepción instructiva a esa preocupación. La amidación parece segura en cualquiera de las dos convenciones, porque intercambia un oxígeno por un nitrógeno y los dos elementos tienen casi la misma masa, así que la diferencia neta se queda por debajo de un dalton en ambos casos. El patrón es general: cuanto más cerca esté una modificación de ser neutra en masa, menos importa la convención, y cuanto más desplace la masa, más importa. Cuando se busca una cifra internamente coherente hasta el último dígito, tome la base de la calculadora de masa monoisotópica y no de la calculadora de peso molecular medio , y manténgase en esa convención a través de cada desplazamiento.

La forma más útil de ejecutar este cálculo es al revés, y la página lo permite sin decirlo. Cuando una especificación cita una masa modificada y la masa sin modificar se conoce por la secuencia, restar una de la otra da el delta que la especificación implica. Cinco residuos de alanina tienen una masa media de 373.4093, y una especificación que cita 415.42 implica un desplazamiento de 42.0107, que es una acetilación dentro del redondeo de la cifra citada. La identificación se confirma entonces ejecutando la acetilación hacia delante y comparando, que es una medición que la calculadora de diferencias de masas hace directamente.

El límite honesto de todo esto es el alcance. El catálogo de aquí son cinco modificaciones y la base de datos UniMod contiene cientos, así que cualquier cosa fuera de la lista hay que buscarla en UniMod y aplicarla a mano, y esta página no dará esa respuesta. Tampoco comprueba la química: si la secuencia contiene una lisina que podría llevar un grupo acetilo, o una tirosina que podría fosforilarse, es una pregunta aparte sobre la molécula, y un desplazamiento aplicado a una base que no tiene sitio para él es una aritmética que no significa nada. Los dos extremos de la cadena se tratan por separado, donde la calculadora de modificación terminal trata la acetilación, la amidación y ambas vías de ciclización como estados independientes.