टर्मिनल संशोधन कैलकुलेटर

रेखीय पेप्टाइड के ठीक दो रसायनिक रूप से अलग सिरे होते हैं, और हर एक पर ऐसा क्रियात्मक समूह होता है जो अणु में कहीं और नहीं दिखता: N-टर्मिनस पर एक मुक्त अमीन और C-टर्मिनस पर एक मुक्त कार्बोक्सिल। हर एक स्वतंत्र रूप से कैप हो सकता है, और चूँकि दोनों स्थान एक-दूसरे से दूर हैं, विचलन बिना किसी अंतरक्रिया के जुड़ जाते हैं। इसीलिए यह पृष्ठ दो चयन लेता है और एकल संयुक्त विकल्प देने के बजाय कुल के साथ-साथ दो डेल्टा लौटाता है। ऐसा कोई मामला नहीं है जिसमें एक सिरा कैप करने पर दूसरे में बदलाव अनिवार्य हो, और यही कारण है कि दो चयन स्वतंत्र हैं, परस्पर विरोधी विकल्पों का जोड़ा नहीं।

सिरों को अलग रखने का दूसरा कारण यह है कि टर्मिनल संशोधन तत्व संघटन बदलता है, केवल द्रव्यमान नहीं। साइकिलीकृत N-टर्मिनस सूत्र से परमाणु हटाता है, और एमिडेट C-टर्मिनस भी यही करता है, इसलिए खाली अनुक्रम से निकाला गया आणविक सूत्र मिलना बंद कर देता है जैसे ही कोई एक सिरा कैप हो। आणविक सूत्र कैलकुलेटर असंशोधित शृंखला के लिए खुशी से सूत्र दे देगा, और वह सूत्र फिर सामग्री के लिए ग़लत हो जाता है, जिसे केवल द्रव्यमान उजागर नहीं करता, क्योंकि बहुत से अलग सूत्र एक ही द्रव्यमान साझा कर सकते हैं जबकि कोई सूत्र आधा सही नहीं हो सकता।

N-टर्मिनस का साइक्लीकरण वह मामला है जिस पर विचार करने लायक है, क्योंकि यह रसायनिक रूप से दिलचस्प है और क्योंकि इसका द्रव्यमान प्रभाव छिपने जितना छोटा है। ग्लूटामिन से शुरू होने वाली शृंखला अमोनिया खोकर साइकिलीकृत होती है, जो मोनोआइसोटोपिक परिपाटी पर 17.026549 Da है। ग्लूटामेट से शुरू होने वाली शृंखला इसके बजाय जल खोकर साइकिलीकृत होती है, जो 18.010565 Da है। दो अलग शुरुआती अवशेष एक ही नामित उत्पाद और दो अलग द्रव्यमान देते हैं, और इन्हें अलग करने वाला 0.984016 Da ठीक वही ऑक्सीजन बनाम अमीन का अंतर है जो एमिडेशन को डिएमिडेशन से अलग करता है। दोनों में से कोई भी हानि उस सिरे पर मुक्त अमीन नहीं छोड़ती, इसलिए दोनों रास्ते वही क्रियात्मक समूह खपाते हैं जबकि द्रव्यमान ऐसी राशियों से बदलते हैं जो एक डाल्टन से भी कम भिन्न हैं।

सत्रह या अठारह डाल्टन किसी भी लंबाई के पेप्टाइड का बहुत छोटा भाग है, और पूर्णांकित विनिर्देश की सहनशीलता के भीतर रहने जितना छोटा। एक दशमलव तक आणविक भार बताने वाले आपूर्तिकर्ता के पास 0.05 Da का विभेदन होता है, इसलिए साइकिलीकृत सिरा उस आँकड़े में असंगति के रूप में दिखता ही नहीं। जो यह बदलता है वह वास्तव में फिर भी वास्तविक है: N-टर्मिनस का मुक्त अमीन खप जाता है, जो अणु के क्रियात्मक समूहों में एक अंतर है, केवल द्रव्यमान में नहीं, और खाली अनुक्रम से कोई गणना इसे दोबारा नहीं बनाती। आधार द्रव्यमान जिस योग से आता है वह पेप्टाइड की गणनाओं में आणविक भार का क्या मतलब है में रखा है।

एमिडेशन अंतिम कार्बोक्सिल को एमाइड से बदल देता है, जिससे एक ऑक्सीजन और एक हाइड्रोजन हटता है और एक नाइट्रोजन तथा दो हाइड्रोजन आते हैं, शुद्ध रूप से 0.984016 Da की हानि। ऊपर के हल किए गए उदाहरण में इस्तेमाल की गई 390 Da शृंखला पर यह एक प्रतिशत का चौथाई है, और कई हज़ार डाल्टन वाले पेप्टाइड पर यह एक प्रतिशत के दसवें भाग से भी कम है। इतना छोटा विचलन कम सटीकता में बताए गए किसी विनिर्देश को और आँख से द्रव्यमान की तुलना करने वाले किसी को भी दिखाई नहीं देता। N-टर्मिनल विकल्प आमतौर पर इनमें से बहुत बड़ा होता है, इसलिए दोनों सिरों से कैप वाले पेप्टाइड पर यह पाइरोग्लूटामाइल अवस्था कुल पर हावी होती है जबकि एमिडेशन उसके भीतर छिपा रहता है।

कुल वह जगह है जहाँ दोनों सिरे पढ़ने योग्य बन जाते हैं। पाँच एलनिन अवशेष लीजिए, जिनका असंशोधित औसत द्रव्यमान 373.4093 है, और एक साइकिलीकृत ग्लूटामिन N-टर्मिनस के साथ एक एमिडेट C-टर्मिनस लगाइए। दोनों विचलन द्रव्यमान को 355.3987 तक ले जाते हैं। साइक्लीकरण के लिए इसके बजाय ग्लूटामेट रास्ता चुनिए तो वही शृंखला 354.4147 पर आती है, ठीक 0.984016 नीचे। दोनों आँकड़ों को साथ-साथ देखने से साफ़ होता है कि इनमें से किसी के पास बैठने वाला विनिर्देश कोई अलग पेप्टाइड नहीं, सिरे की एक अवस्था बताता है, और मोलर द्रव्यमान जाँच कैलकुलेटर दोनों में से किसी भी अंतर को प्रतिशत के रूप में बताता है ताकि दोनों को एक नज़र में अलग किया जा सके।

इस पृष्ठ की कुछ भी यह स्थापित नहीं करती कि कोई दी गई सामग्री इनमें से कोई अवस्था लिए है या नहीं। कोई उत्पाद एसिटिलेट, एमिडेट या साइकिलीकृत है यह नमूने का गुण है, और वह उसके वर्णन करने वाले दस्तावेज़ से या किसी माप से आना चाहिए, कभी किसी गणना से नहीं। यह पृष्ठ वह द्रव्यमान देता है जो हर विकल्प अनजाने से कहता है, ताकि सवाल जान लेने पर एक बताया गया आँकड़ा समझा आ सके, और ताकि असंगति के साथ नामित उम्मीदवार कारणों का एक छोटा समूह आए, न कि बिल्कुल कोई नहीं। जब कोई विनिर्देश और कोई अनुक्रम साथ पढ़े जाते हैं, तब गणना किए गए द्रव्यमान और स्थापित तथ्य के बीच का भेद यही अटकाना है।

इस बनावट से दो और सीमाएँ निकलती हैं। आधार द्रव्यमान हाथ से टाइप किया जाता है, इसलिए उसमें ग़लत आइसोटोप परिपाटी हो सकती है, और चूँकि यहाँ का हर डेल्टा मोनोआइसोटोपिक है, मोनोआइसोटोपिक द्रव्यमान कैलकुलेटर सुसंगत शुरुआती बिंदु है जबकि औसत आणविक भार कैलकुलेटर एक अनुमान देता है। और कैलकुलेटर को अनुक्रम नहीं दिया गया, इसलिए यह जाँच नहीं सकता कि पहला अवशेष ग्लूटामिन या ग्लूटामेट है भी या नहीं, जो वही एक शर्त है जो दोनों साइक्लीकरण विकल्पों को अर्थपूर्ण बनाती है। शृंखला के भीतर के संशोधन संशोधन द्रव्यमान कैलकुलेटर के अधीन हैं, और जहाँ किसी बताए गए द्रव्यमान को वापस संघटन में बदलना हो, वहाँ द्रव्यमान से अनुक्रम अनुमानक वह उपकरण है जो अनुक्रम के बजाय द्रव्यमान से शुरू करता है।