Calcolatore di modifica terminale

Un peptide lineare ha esattamente due estremità chimicamente distinte, e ciascuna porta un gruppo funzionale che non compare altrove nella molecola: un’ammina libera all’estremità N e un carbossile libero all’estremità C. Ognuna può essere bloccata indipendentemente, e poiché i due siti sono lontanissimi fra loro gli spostamenti si sommano senza interazione. Perciò questa pagina accetta due selettori e restituisce due delta accanto al totale, invece di offrire una sola opzione combinata. Non esiste alcun caso in cui bloccare un’estremità obblighi a una modifica dall’altra, ed è esattamente per questo che i due selettori sono indipendenti e non una coppia di scelte mutuamente esclusive.

La seconda ragione per trattare le estremità per conto proprio è che una modifica terminale cambia la composizione elementare e non solo la massa. Un’estremità N ciclicata toglie atomi dalla formula, e lo stesso fa un’estremità C amidata, quindi una formula molecolare calcolata da una sequenza nuda smette di corrispondere appena una delle due estremità viene bloccata. Il calcolatore della formula molecolare produrrà volentieri una formula per la catena non modificata, e quella formula è poi sbagliata per il materiale in un modo che la sola massa non rivela, perché molte formule diverse possono condividere una massa mentre nessuna formula può essere mezza giusta.

La ciclicizzazione dell’estremità N è il caso che vale la pena svolgere, perché è chimicamente interessante e perché il suo effetto sulla massa è piccolo abbastanza da nascondersi. Una catena che comincia con glutammina ciclicizza perdendo ammoniaca, che è 17.026549 Da sulla convenzione monoisotopica. Una catena che comincia con glutammato ciclicizza perdendo acqua, che è 18.010565 Da. Due residui iniziali diversi danno lo stesso prodotto nominato e due masse diverse, e i 0.984016 Da che li separano sono esattamente la differenza ossigeno contro ammina che separa anche l’amidazione dalla deamidazione. Nessuna delle due perdite lascia un’ammina libera a quell’estremità, quindi entrambe le vie consumano lo stesso gruppo reattivo spostando la massa di quantità che differiscono di meno di un dalton.

Diciassette o diciotto dalton sono una piccola frazione di un peptide di qualsiasi lunghezza, e abbastanza piccoli da stare entro la tolleranza di una specifica arrotondata. Un fornitore che cita un peso molecolare a una cifra decimale ha una risoluzione di 0.05 Da, quindi un’estremità ciclicata non compare affatto come discordanza in quella cifra. Ciò che cambia è reale a prescindere: l’ammina libera dell’estremità N è consumata, che è una differenza nei gruppi reattivi della molecola e non soltanto nella sua massa, e nessun calcolo da una sequenza nuda la riproduce. La somma da cui proviene la massa base è esposta in guida sul peso molecolare e sui calcoli dei peptidi .

L’amidazione sostituisce un carbossile terminale con un’ammide, togliendo un ossigeno e un idrogeno e aggiungendo un azoto e due idrogeni, per una perdita netta di 0.984016 Da. Sulla catena da 390 Da usata nell’esempio sopra questo è un quarto di punto percentuale, e su un peptide di diverse migliaia di dalton è ben meno di un decimo di punto percentuale. Uno spostamento così piccolo è invisibile a qualunque specifica citata a bassa precisione, ed è egualmente invisibile a chi confronta masse a occhio. L’opzione N-terminale è di solito la più grande delle due di molto, quindi su un peptide con entrambe le estremità bloccate è lo stato piroglutammilico a dominare il totale mentre l’amidazione si nasconde dentro.

Il totale è il posto in cui le due estremità diventano leggibili. Si prendano cinque residui di alanina, la cui massa media non modificata è 373.4093, e si applichi un’estremità N ciclicata da glutammina insieme a un’estremità C amidata. I due delta portano la massa a 355.3987. Si scelga invece la via del glutammato per la ciclicizzazione e la stessa catena arriva a 354.4147, esattamente 0.984016 più bassa. Vedere le due cifre una accanto all’altra rende chiaro che una specifica vicina a una delle due sta descrivendo uno stato terminale e non un peptide diverso, e il calcolatore di controllo della massa molare riporta ciascun divario come percentuale così che i due si distinguano a colpo d’occhio.

Nulla di questa pagina stabilisce che un dato materiale porti uno qualsiasi di questi stati. Se un prodotto è acetilato, amidato o ciclicato è una proprietà del campione, e deve venire dalla documentazione che lo descrive o da una misura, mai da un calcolo. Ciò che questa pagina fornisce è la massa che ciascuna opzione implica, così che una cifra citata diventi interpretabile una volta nota la domanda, e così che una discordanza venga con un piccolo insieme di spiegazioni candidate nominate invece che con nessuna. La distinzione fra una massa calcolata e un fatto accertato è quella da tenere presente quando si leggono insieme una specifica e una sequenza.

Seguono altri due limiti che discendono dalla progettazione. La massa base è digitata a mano, quindi può portare la convenzione isotopica sbagliata, e poiché ogni delta qui è monoisotopico il calcolatore della massa monoisotopica è il punto di partenza coerente mentre il calcolatore del peso molecolare medio dà un’approssimazione. E al calcolatore non viene data la sequenza, quindi non può verificare che il primo residuo sia glutammina o glutammato, che è la precondizione unica che rende significativa una qualsiasi delle due opzioni di ciclicizzazione. Le modifiche nella catena appartengono al calcolatore della massa di modifica , e dove una massa citata deve essere riconvertita in una composizione, il stimatore da massa a sequenza è lo strumento che parte da una massa e non da una sequenza.