Il peso molecolare sembra un passo in più fra l’etichetta di un flacone e tutto ciò che vuoi calcolare. Non è un passo in più. È il numero che collega la massa alle molecole, e senza di esso non puoi confrontare due peptidi, lavorare in unità molari né usare nulla che sia specificato come concentrazione.
Che cos’è quel numero
Il peso molecolare di un peptide è la massa di una molecola, in dalton, ed è numericamente identico ai grammi per mol. Queste due unità sono la stessa grandezza con vestiti diversi, ed è per questo che una massa molare può essere usata dove si aspetta un peso molecolare.
Puoi calcularlo dalla sequenza. Il calcolatore del peso molecolare medio somma la massa media di ogni residuo e aggiunge un’acqua per i due estremi liberi. Un peptide di 31 residui vale circa 3755 g/mol, un peptide di 15 residui circa 1700 g/mol. Il numero cresce con la lunghezza, ed è per questo che conta.
Perché serve
Dalla massa ai moli. I moli sono ciò con cui la chimica confronta. Dividere per il peso molecolare converte una massa in moli, ed è l’unica strada che va dall’etichetta alla molarità. Il calcolatore da massa a moli è una divisione.
Molarità contro concentrazione di massa. Da mg/mL non si può ottenere mM senza di esso, perché il fattore di conversione è il peso molecolare. Il convertitore da massa a molarità è il passo in cui questo emerge.
Coefficienti di estinzione. La legge di Beer-Lambert parte da una concentrazione molare, quindi un peptide misurato per assorbimento ha bisogno del suo peso molecolare per passare dalla massa che hai pesato alla concentrazione che ti serve.
Confrontare prodotti. Il costo per milligrammo non è confrontabile fra peptidi, il costo per micromole sì, e la conversione fra i due è il peso molecolare.
Media contro massa monoisotopica
Due calcolatori di questo sito restituiscono un numero diverso per la stessa sequenza, e la differenza è una convenzione e non un errore.
Il peso molecolare medio usa la massa media di ciascun elemento pesata per l’abbondanza naturale. È ciò che un fornitore stampa su un’etichetta e ciò che tu pesi, quindi usalo ogni volta che il risultato deve corrispondere a una quantità reale.
La massa monoisotopica usa solo l’isotopo più abbondante di ciascun elemento. È ciò che riporta uno spettrometro di massa, quindi usala quando confronti con un picco misurato o con una specificazione riportata come monoisotopica.
Differiscono di circa tre decimi di dalton per residuo, quindi lo scarto è trascurabile per un tripeptide e significativo per uno da trenta residui. Mescolarle non è catastrofico, ma è una reale incoerenza, e il calcolatore della massa monoisotopica esiste perché tu possa essere coerente.
Da dove non viene
Il peso molecolare non è una misura di purezza, identità o potenza. È un bilancio di formula. Non tiene conto della forma che hai davvero: un sale, un controione o un idrato porta massa in più senza portare molecole in più, quindi un campione di sale pesato pesa più del valore della base libera pur contenendo lo stesso numero di molecole.
Se un fornitore indica un peso molecolare che non coincide con il tuo calcolo dalla sequenza, la differenza di solito è una modifica, un sale o un residuo diverso, e il controllo incrociato della massa molare quantifica lo scarto.
Come ottenere il numero
Dalla sequenza: il calcolatore del peso molecolare medio, che è esatto per una catena non modificata con estremi liberi. Da una specificazione: fidati di lei e verificala contro la sequenza. Da un peptide senza sequenza e senza specificazione affidabile: non puoi saperlo, e nessun calcolatore può aiutarti.
Correlati: calcolare il peso molecolare da una sequenza e molarità rispetto alla concentrazione di massa.