টার্মিনাল পরিবর্তন ক্যালকুলেটর

একটি সরল পেপটাইডের ঠিক দুটি রাসায়নিকভাবে ভিন্ন প্রান্ত আছে, আর প্রতিটিতে এমন একটি কার্যকরী গ্রুপ আছে যা অণুর অন্য কোথাও দেখা যায় না: N-প্রান্তে একটি মুক্ত অ্যামিন আর C-প্রান্তে একটি মুক্ত কার্বক্সিল। প্রতিটি স্বাধীনভাবে ক্যাপ করা যায়, আর দুই অবস্থান একে অপরের কাছাকাছি না হওয়ায় সরণগুলো নিজেরাই যোগ হয় এর মধ্যে কোনো প্রতিক্রিয়া ছাড়াই। এটিই কারণ এই পাতা দুটি নির্বাচক নেয় আর মোটের সঙ্গে দুটি ডেল্টা ফেরত দেয়, একটি মিলিয়ে দেওয়া বিকল্প নয়। কোনো ক্ষেত্রেই এক প্রান্ত ক্যাপ করলে অন্যটিতে পরিবর্তন বাধ্যতামূলক হয় না, আর ঠিক এটিই কারণ দুটি নির্বাচক পরস্পর বিরুদ্ধ কিছু বেছে নেওয়ার জোড়া নয়, স্বাধীন।

প্রান্তগুলোকে আলাদা করে নেওয়ার আরেকটি কারণ হলো একটি টার্মিনাল পরিবর্তন শুধু ভর নয়, মৌল গঠনও বদলায়। একটি চক্রীকৃত N-প্রান্ত সংকেত থেকে পরমাণু সরায়, আর একটি অ্যামাইডকৃত C-প্রান্তও তাই করে, তাই খালি অনুক্রম থেকে হিসাব করা আণবিক সংকেত যেই কোনো এক প্রান্ত ক্যাপ হয়, মেলা বন্ধ করে দেয়। আণবিক সংকেত ক্যালকুলেটর সানন্দে পরিবর্তনহীন শৃঙ্খলের সংকেত বানিয়ে দেবে, আর সেই সংকেতটি পদার্থের জন্য এমনভাবে ভুল হয়ে যায় যা শুধু ভর দিয়ে বোঝা যায় না, কারণ অনেক ভিন্ন সংকেত একই ভর ভাগ করতে পারে আর কোনো সংকেত অর্ধেক সঠিক হতে পারে না।

N-প্রান্তের চক্রীকরণই সেই ক্ষেত্র যা বিস্তারিত করা উচিত, কারণ এটি রাসায়নিকভাবে পরিচিত আর এর ভরের প্রভাব লুকানোর মতো ছোট। গ্লুটামিন দিয়ে শুরু একটি শৃঙ্খল অ্যামোনিয়া হারিয়ে চক্রীকৃত হয়, যা মনোআইসোটপিক রীতিতে 17.026549 Da। গ্লুটামেট দিয়ে শুরু একটি শৃঙ্খল বদলে জল হারিয়ে চক্রীকৃত হয়, যা 18.010565 Da। দুটি ভিন্ন শুরুর অবশিষ্টাংশ একই নামাঙ্কিত উৎপাদ আর দুটি ভিন্ন ভর দেয়, আর এদের মধ্যে যে 0.984016 Da পার্থক্য তার হুবহু একই অক্সিজেন বনাম অ্যামিনের পার্থক্য যা অ্যামিডেশনকেও ডিঅ্যামিডেশন থেকে আলাদা করে। কোনো ক্ষেত্রেই সেই প্রান্তে মুক্ত অ্যামিন থাকে না, তাই দুটি পথ একই বিক্রিয়াশীল গ্রুপ ব্যবহার করে অথচ ভর এমন পরিমাণে সরায় যেগুলো এক ডাল্টনের কম পার্থক্য করে।

সতেরো বা আঠারো ডাল্টন যেকোনো দৈর্ঘ্যের পেপটাইডের একটি ছোট ভগ্নাংশ, আর গোল করা একটি বিবরণের সহনশীলতার ভেতরে থাকার মতো ছোট। যে সরবরাহকারী এক দশমিক ঘরে আণবিক ভর উদ্ধৃত করেন তার সমাধানের ক্ষমতা 0.05 Da, তাই একটি চক্রীকৃত প্রান্ত সেই সংখ্যায় কোনো অসামঞ্জস্যই হিসেবে দেখা যায় না। এটি যা বদলায় তা তবু আসল: N-প্রান্তের মুক্ত অ্যামিন ব্যবহৃত হয়ে যায়, যা অণুর বিক্রিয়াশীল গ্রুপে একটি পার্থক্য, শুধু ভরে নয়, আর খালি অনুক্রম থেকে কোনো হিসাবই সেটি ফেরত আনে না। মূল ভর যে যোগ থেকে আসে তা আণবিক ভর ও পেপটাইড গণনা -তে বসানো আছে।

অ্যামিডেশন একটি টার্মিনাল কার্বক্সিলের জায়গায় একটি অ্যামাইড বসায়, যা এক অক্সিজেন আর এক হাইড্রোজেন সরিয়ে এক নাইট্রোজেন আর দুই হাইড্রোজেন যোগ করে, ফলে মোট 0.984016 Da হারায়। উপরের কাজ করা উদাহরণে ব্যবহৃত 390 Da শৃঙ্খলে এটি এক শতাংশের চার ভাগ, আর কয়েক হাজার ডাল্টনের পেপটাইডে স্পষ্টই এক শতাংশের দশ ভাগের কম। এত ছোট সরণ কম নিভুলতায় উদ্ধৃত যেকোনো বিবরণের চোখে অদৃশ্য, আর চোখে ভর তুলনা করে এমন কারও কাছেও। N-প্রান্তের বিকল্পটি সাধারণত দুটির মধ্যে অনেক বড় ধাপে বড়, তাই দুই প্রান্তেই ক্যাপ করা একটি পেপটাইডে মোটের ওপর প্রাধান্য থাকে পাইরোগ্লুটামাইল অবস্থার আর অ্যামিডেশন তার ভেতরে লুকিয়ে থাকে।

মোটেই দুই প্রান্ত পড়ার মতো হয়ে ওঠে। পাঁচটি অ্যালানিন অবশিষ্টাংশ নিন, যার পরিবর্তনহীন গড় ভর 373.4093, আর একটি চক্রীকৃত গ্লুটামিন N-প্রান্তের সঙ্গে একটি অ্যামাইডকৃত C-প্রান্ত প্রয়োগ করুন। দুটি ডেল্টা ভরকে নামিয়ে 355.3987 করে। বদলে চক্রীকরণের জন্য গ্লুটামেটের পথ বেছে নিলে একই শৃঙ্খল 354.4147-এ আসে, ঠিক 0.984016 কম। দুটি সংখ্যা পাশাপাশি দেখলে স্পষ্ট হয় যে এদের কোনোটির কাছাকাছি একটি বিবরণ ভিন্ন পেপটাইড নয়, একটি প্রান্তের অবস্থা বর্ণনা করছে, আর মোলার ভর যাচাই ক্যালকুলেটর যেকোনো ফারাক শতাংশ হিসেবে জানায় যাতে এক নজরে দুটি আলাদা করা যায়।

এই পাতার কিছুই প্রতিষ্ঠা করে না যে কোনো প্রকৃত পদার্থ এর অবস্থাগুলোর কোনোটি বহন করে। একটি পণ্য অ্যাসিটাইলেট, অ্যামাইডেট না চক্রীকৃত, তা নমুনার একটি বৈশিষ্ট্য, আর সেটি আসতে হবে তাকে বর্ণনা করা নথি থেকে বা একটি পরিমাপ থেকে, কখনোই কোনো হিসাব থেকে নয়। এই পাতা যা দেয় তা হলো প্রতিটি বিকল্প যে ভর বোঝায়, যাতে প্রশ্নটি জানা সাপেক্ষে একটি উদ্ধৃত সংখ্যা বোধগম্য হয়, আর যাতে একটি অসামঞ্জস্য কোনো ব্যাখ্যা ছাড়া নয়, কয়েকটি নামাঙ্কিত প্রার্থী ব্যাখ্যা নিয়ে আসে। হিসাব করা ভর আর প্রতিষ্ঠিত তথ্যের পার্থক্যই সেইটি যা ধরে রাখা উচিত যখন একটি বিবরণ আর একটি অনুক্রম একসঙ্গে পড়া হয়।

নকশা থেকে আরও দুটি সীমা আসে। মূল ভরটি হাতে টাইপ করা হয়, তাই তাতে ভুল আইসোটপ রীতি থাকতে পারে, আর যেহেতু এখানকার প্রতিটি ডেল্টা মনোআইসোটপিক, মনোআইসোটপিক ভর ক্যালকুলেটর সামঞ্জস্যপূর্ণ শুরুর বিন্দু আর গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর একটি আনুমান দেয়। আর ক্যালকুলেটরকে অনুক্রম দেওয়া হয় না, তাই এটি যাচাইই করতে পারে না যে প্রথম অবশিষ্টাংশ গ্লুটামিন বা গ্লুটামেট কি না, যা দুটি চক্রীকরণ বিকল্পেরই একমাত্র পূর্বশর্ত। শৃঙ্খলের ভেতরের পরিবর্তন পরিবর্তন ভর ক্যালকুলেটরের বিষয়, আর যেখানে একটি উদ্ধৃত ভরকে আবার গঠনে বদলাতে হয়, সেখানে অনুক্রম থেকে নয়, ভর থেকে শুরু করা হাতিয়ার হলো ভর থেকে অনুক্রম অনুমানকারী ।