Calculadora de peso molecular medio

Comece pelos monómeros e a regra torna-se óbvia. Uma cadeia de n resíduos começa como n aminoácidos livres, e uni-los numa cadeia linear faz exatamente n menos uma ligações peptídicas, porque uma cadeia com n membros tem n menos uma ligações. Cada ligação condensa um grupo carboxilo com um grupo amina e liberta uma água. Portanto n monómeros perderam n menos uma águas, e o peptídeo acabado contém exatamente mais um equivalente de água em hidrogénio e oxigénio do que a soma das suas massas de resíduos.

As massas de resíduos tabeladas para os vinte aminoácidos padrão não são portanto massas de aminoácidos livres. A cada uma já lhe foi subtraído 18.01528, uma vez por resíduo, portanto somar n massas de resíduos removeu implicitamente n águas. A molécula acabada só perdeu n menos uma, por isso acrescentar uma água de volta faz com que as duas contagens coincidam. Chegue ao mesmo resultado a partir de uma tabela de massas de aminoácidos livres e o que faz é subtrair n menos uma águas uma vez e parar, que é um percurso genuinamente independente para a mesma figura e vale a pena saber correr como verificação.

Vale a pena quantificar a dimensão do erro que esta regra evita, porque não é uma questão de arredondamento. Um peptídeo de vinte e um resíduos tem vinte ligações, por isso acrescentar uma água por resíduo em vez de uma por cadeia infla a resposta em vinte águas, o que dá 360.3 Da numa molécula de aproximadamente 2300 Da. Isso é perto de dezasseis por cento, uma percentagem grande o suficiente para parecer um composto diferente em vez de um deslize, e pequena o suficiente para sobreviver a uma verificação descuidada da ordem de grandeza. Um limite barato apanha-o de qualquer maneira: divida a soma dos resíduos pelo comprimento, e a média tem de cair entre o resíduo mais leve, 57.05, e o mais pesado, 186.21.

Cada elemento num peptídeo é uma mistura de isótopos e não um átomo único. O carbono é sobretudo carbono 12, mas uma pequena fração de qualquer amostra é carbono 13, o azoto 14 vem acompanhado de um pouco de azoto 15, e assim sucessivamente para cada elemento presente. A convenção média substitui cada elemento por uma única média ponderada pela abundância sobre os seus isótopos, e essas abundâncias estão tabeladas e são revistas periodicamente pelo organismo que mantém os pesos atómicos. O resultado é a massa da mistura, e é por isso que ele pertence a uma divisão e não a um espectro.

É essa distinção que faz da média o divisor correto. Se pesar 5 mg de um peptídeo, pesou uma amostra distribuída por muitos isotopólogos em proporções naturais, portanto dividir essa massa pelo peso molecular médio conta as moléculas corretamente. Dividir antes pela massa monoisotópica dá uma contagem baixa exatamente na fração que o desvio isotópico representa. As duas convenções são postas uma contra a outra em massa monoisotópica face à massa média , e a calculadora de massa monoisotópica calcula a outra. É também por isso que a figura média atravessa inalterada todos os cálculos a jusante deste site, e por isso que um valor publicado com uma casa decimal pode ser verificado contra uma massa derivada sem primeiro ser ajustado por isótopos.

O desvio não é uma quantidade fixa por resíduo, o que importa se o objetivo é prever uma comparação com antecedência. Coloque cada peso atómico médio ao lado da sua massa monoisotópica e as diferenças por átomo saem em cerca de 0.011 Da para o carbono, 0.004 para o azoto, 0.004 para o oxigénio, 0.0002 para o hidrogénio e 0.09 para o enxofre. O carbono domina simplesmente porque há muito dele, portanto uma cadeia com 120 carbonos carrega cerca de 1.3 Da de desvio só por si, e um resíduo de metionina carrega tanto desvio como quase quatro resíduos de alanina.

O resultado descreve um peptídeo livre com uma cadeia não modificada e extremidades livres, e é exato para essa descrição. O material real muitas vezes não é isso. Um peptídeo trifluoroacetato traz um contraião, um peptídeo acetato traz um diferente, um monohidratado traz água ligada, e cada um deles desloca a massa do conteúdo do frasco para longe do valor de base livre que a sequência produz. Um fornecedor que cita um peso molecular para uma forma salina citei a massa do sal em vez de a do peptídeo, e ambos os números são internamente corretos.

O enriquecimento isotópico é o caso que nenhuma das duas convenções trata. Um peptídeo feito a partir de blocos de construção marcados com carbono 13 ou azoto 15 tem uma massa cuja composição isotópica tem de ser declarada explicitamente, porque ambas as tabelas assumem a abundância natural. Para material marcado, a massa vem do esquema de marcação e não de qualquer uma destas calculadoras, e nenhuma sequência a pode fornecer. O solvente ligado e os contraiões comportam-se do mesmo modo, no sentido de que são factos sobre a amostra e não sobre a molécula. Quando algum deles se aplica, o procedimento honesto é declarar que forma a figura descreve e depois aplicar separadamente o desvio correspondente, em vez de esperar que um único número derivado cubra todas as apresentações do mesmo peptídeo.

As quatro casas decimais do resultado são reprodutibilidade aritmética e não precisão de medição. Uma especificação citada com uma casa decimal resolve 0.05 Da, e uma balança é ainda mais grosseira. Arredonde a massa derivada ao que a fonte pode sustentar antes de comparar as duas, que é para isso que existe a calculadora de verificação da massa molar , e quando uma diferença grande precisa de uma explicação química em vez de uma de arredondamento, a calculadora de massa de modificação é o sítio para testar desvios candidatos. Comparar uma massa derivada com uma figura publicada arredondada só tem sentido depois de ambas terem sido reduzidas ao mesmo número de algarismos significativos, e essa redução é um juízo sobre a fonte e não sobre o cálculo.

Quase tudo o que se faz com um frasco começa por aplicar esta figura. A partir de uma massa em miligramas, dividir por ela em gramas por mole é o primeiro passo para uma contagem de moles, uma molaridade ou um coeficiente de extinção molar, e a calculadora de massa para moles faz essa divisão enquanto a calculadora de molaridade acrescenta o passo do volume por cima. Trabalhar por essa ordem, primeiro a sequência e depois os moles, significa que o único número procurado é usado de forma consistente em vez de ser reescrito de memória em cada etapa. O passo da molaridade precisa depois de um volume, e o volume é a entrada que mais vezes é mal escrita, por isso vale a pena estabelecer os dois hábitos separadamente: derivar a massa molar uma vez e depois tratá-la como constante para todos os cálculos posteriores que precisem dela.

É também a figura contra a qual se testa uma especificação, e a dimensão de uma discordância é mais informativa do que o seu sinal por si só. Uma diferença de algumas décimas de dalton numa cadeia curta é a convenção isotópica. Uma diferença de dezenas de dalton é química que uma tabela de modificações dá por explicada. Uma diferença na casa das centenas significa que as duas entradas descrevem moléculas diferentes, ou que uma delas está simplesmente errada. A calculadora de fórmula molecular chega a uma massa contando átomos em vez de somar resíduos tabelados, o que faz dela uma verificação da soma de resíduos e não uma repetição dela, e o tratamento mais extenso da mesma aritmética está em peso molecular a partir de uma sequência .