质量推测序列估算器

把一个质量反推成序列，是一个欠定的问题，而本页在做任何别的事情之前，值得先把这一点讲直：一个质量只是一个数字。一个序列是一串选择，每个残基一个选择。与任何一个特定实测质量相符的序列数量极其庞大，而再多的算术也不能把前者变成后者。因此本页返回的是对长度的估计，而不是一个候选分子；而一个长度所主张的东西，远比它待在一列数字里时显得的要弱。

这种歧义有两个彼此独立的来源，把它们分开会让整个问题更容易推理。第一个是顺序。同一多重集的每一种重排都有相同的质量，因为质量是一个和，而一个和不在乎各项以什么次序到达。所以即使组成以某种方式被完全钉死，序列本身仍然是不定的，而算术上再多的仔细也不会改变这一点。一条由十种不同残基组成的十残基链，共享同一个质量的排列超过三百万种，这还没把组成本身提出疑问。

第二个是组成。不同的残基多重集可以加到同一个质量上，而并不是同一个多重集，所以质量也不能把组成钉死。这两种歧义是相乘而不只是相加，因此可能性的空间不只是大，而是超出了任何单次质量测量所能告诉你的东西的界限。每一个看起来收窄了它的方法，都是加进了你提供的东西，或者在做猜测。这就是为什么任何数据库给出的匹配清单，都是质量没有排除掉的东西的清单，而不是它确立了的东西的清单；而这个区别通常被输出排列的样子弄模糊了。

这个估计完全建立在一个数字上：二十个平均残基质量的平均值，约为 118.9，而它不属于任何一条真实的多肽。减掉一条链所加的那一个水分子，再把余数除以那个平均值，就得到一个落在正确邻域里的长度。于是整个方法都建立在一个假定上，即组成是无偏的；而这正是真实多肽最常破坏的假定，因为其中许多是被有意富集了一两种残基的。估计本身没有任何东西能察觉它自己的失效，因为一条几乎全由甘氨酸构成的链和一条残基组成典型的链，会返回同一个长度，而它们实际的重量相差接近三倍。

它坏到什么程度，在两端比在中间更清楚。甘氨酸是最轻的残基，约 57.05，精氨酸是最重的，约 156.19，比值接近三。取目标 1000 Da，减去水分子再除以最重的残基，那么可能重到这个数目的最短链是六个残基。改除以最轻的那个，最长的是十七个。一个实测质量与从六到十七之间的任何长度都相容，而八这个估计落在该范围之内，却在其中得不到任何区分。

仅仅从一个数字就得到接近三倍的可能链长范围，这是问题本身的性质，而不是这个估计的缺陷，没有任何报告约定能改变它。 肽长度计算器 和 平均分子量计算器 这一对，才是真正把序列与长度连起来的工具，顺序如上；而 质量差计算器 适用于问题关乎加到一条链上或从一条链上失去的材料，而不是从一条链上读出的长度。把同一对页面朝相反方向运行，则是完全确定的，而正是这种不对称让本页成为一个假设的产生器，而不是一个问题的解答。

歧义中有一部分比一般情形锋利得多，因为某些残基组合是精确地而不只是近似地共享同一个质量。亮氨酸和异亮氨酸是标准例子：两者的残基质量都是 113.08406，所以任何可达精度下的质量测量都无法把它们分开。两个甘氨酸是 114.04292，而天冬酰胺是 114.04293；丙氨酸加甘氨酸是 128.05857，而谷氨酰胺是 128.05858。这些是质量本身里的恒等，而不是更好的设备就能解决的取整巧合。任何含有亮氨酸的序列都有一个等质量的孪生序列，其中每一个亮氨酸都被换成异亮氨酸，它的单同位素质量与平均质量都完全相同。

这是关于这个问题为什么无法只从一个质量解决的最锋利的一种表述。一次毫无误差的精确质量测量，准确到仪器能报出的位数，仍然留下整族整族彼此无法分辨的序列。 单同位素质量计算器 会把它能给的那个精确数值给到它所能给的最大精度，而歧义仍然原样留在那里。更准确的仪器收窄容差、缩短清单，却从来没有把它减到只剩一项。能弥合这个差距的是另一种测量，而不是同一种测量更高的分辨率。

对任何正在读一份候选清单的人，后果是直接的。这样一份清单的顺序不是可能性排序，而第一项也不是答案。把一次质量吻合当成鉴定，意味着接受第一个对得上的东西，而这恰恰就是一个猜想的定义，只是装扮成了结果。人们之所以很容易这样做，正是因为一份长长的清单看起来像证据，而输出的任何一行都不会说不是这样；实际上那个顺序反映的是检索是怎么搭起来的，而不是关于样品的任何事情。

那么一个质量有什么用？它能排除东西，而且便宜、立即。一条给定长度的链不可能具有落在其残基所能产生范围之外的质量，而一个远高于目标的质量会立刻与本页所给出的那段长度以下的任何估计相矛盾。它还能支持一个关于大小的假设，而这就是本页被造来做的事。除此以外它只是一个约束，而一个约束只有在其中加进某个独立的东西之后才成为证据。这是一件真正有用的工作，尽管听起来很有限，因为对大小抱着一个错误的预期，是比较容易犯下的错误之一，也是下游发现起来代价比较高的错误之一。

确立同一性需要第二个、独立的观测：一次酶解的碎片图谱，一个来自不同电离方式或不同衍生化的第二个质量，与已经确证过的标准品相比的保留时间，或者一次直接的序列测定。其中任何一项都能把一个质量变成真正的证据，而本站不做其中任何一项，本页也不做。当序列已经在你手上，你想知道自己该说它有多重时， 由序列求分子量指南 把那套算术朝真正确定的方向运行，而 单同位素质量与平均分子量对照指南 解释该先填哪一种约定。