Calculadora de composicao de aminoacidos

A composição não é uma propriedade do comportamento de um peptídeo. É um inventário, e o seu valor vem de ser o material de que todos os outros descritores de uma página de peptídeo são feitos. Uma hidropatia média divide uma soma ponderada pelo número de resíduos. Um coeficiente de extinção é uma soma ponderada de triptófanos, tirosinas e pares de cistina. Um peso molecular é uma soma de massas de resíduos. Em cada um deles a contagem desta página é ou o divisor ou uma das parcelas, portanto um erro na composição não fica local. Propaga-se a todos os números calculados depois dele.

Fazer a contagem antes de qualquer outra coisa é portanto uma disciplina e não uma formalidade, porque é o número mais barato de verificar na página e o mais largamente reutilizado. Um deslize de transcrição aparece quase sempre aqui. Uma substituição de um resíduo por outro deixa o comprimento intacto enquanto aumenta uma contagem e diminui outra, coisa que uma verificação do comprimento não vê e que uma tabela de composição torna óbvia. Uma deleção altera de facto o comprimento, portanto o comprimento apanha-a primeiro, mas a composição identifica depois qual é a contagem que fica em falta e por quanto, o que costuma bastar para localizar a posição.

As percentagens desta página são frações molares escritas como percentagens. Não são frações mássicas, e as duas discordam resíduo a resíduo por uma quantidade que pode ser grande. Converter não é uma questão de escalar a tabela inteira. Cada percentagem tem de ser multiplicada pela massa tabelada do resíduo a que pertence, os resultados somados, e o total dividido. Esse passo ponderado é exatamente o que faz a calculadora de peso molecular médio , portanto as duas páginas dão em conjunto uma composição molar e a massa que cada parte dela transporta.

Uma cadeia de GWWY mostra a distância com clareza. Três das quatro posições são resíduos aromáticos, portanto cada uma é 75 por cento da cadeia por contagem, e cada uma transporta uma massa de resíduo bem acima da média de um peptídeo. Essas três posições respondem portanto por uma parte da massa visivelmente maior do que 75 por cento. Não há aqui nada de inconsistente: os dois números respondem a duas perguntas diferentes, e quem quer a repartição da massa tem de converter em vez de assumir. Qualquer estimativa que parta de contagens desloca-se por uma quantidade diferente consoante aquela de que partiu.

Os vinte resíduos são distribuídos por exatamente uma classe cada, o que torna as percentagens por classe fáceis de calcular e difíceis de combinar. A calculadora de aromaticidade e as páginas de fração hidrofóbica, polar e carregada leem todas a mesma classificação e diferem apenas em quais classes somam. O custo é que um único resíduo pode responder a mais do que uma dessas perguntas ao mesmo tempo. A tirosina é aromática porque o seu sistema de anéis absorve luz ultravioleta, polar porque o seu hidroxilo fenólico forma ligações de hidrogénio com a água, e apolar na maior parte da sua superfície. Uma classificação, três perguntas defensáveis, três respostas sobrepostas.

Vale a pena tratar uma classe como uma afirmação sobre conectividade e não sobre comportamento, porque é isso que ela é. A cisteína está listada como polar porque um tiol livre forma ligações de hidrogénio, e uma cisteína que formou uma ponte de dissulfido já não tem esse grupo. A histidina está listada como básica porque pode aceitar um protão, e a um pH bem acima do seu próprio pKa está maioritariamente desprotonada e maioritariamente neutra. Nenhum dos rótulos está errado, e nenhum é de grande utilidade assim que o ambiente deixou de ser aquele para o qual a classificação foi construída, o que é uma boa razão para recorrer à calculadora de carga líquida quando a pergunta é sobre carga e não sobre pertença.

Um movimento tentador é inverter esta página: partir de um peso molecular e perguntar que composição o produziu. Isso falha por duas razões independentes, e cada uma delas por si só é fatal. A leucina e a isoleucina têm massas de resíduo tabeladas idênticas tanto na escala média como na monoisotópica, portanto mesmo uma massa perfeita deixa uma escolha indeterminável entre elas. À parte isso, um qualquer multiconjunto de resíduos pode ser escrito por qualquer ordem, e a ordem não deixa rasto numa massa. A massa não fixa nem quais resíduos estão presentes nem onde estão.

O estimador de massa para sequência torna essa ambiguidade visível em vez de a esconder, e não lhe vai dar um nome de composição. A composição é fiável apenas no sentido direto: tem-se a sequência, e a pergunta é do que ela é feita. A partir daí, o peso molecular a partir de uma sequência cobre como as contagens e as massas de resíduos se combinam, a calculadora de fórmula molecular leva a mesma composição adiante até às contagens de elementos retirando uma água por cada ligação peptídica, e a calculadora de coeficiente de extinção usa três contagens de resíduos mais uma contagem de ligações que terá de fornecer.