Calculateur de composition en acides amines

La composition n’est pas une propriété du comportement d’un peptide. C’est un inventaire, et sa valeur vient de ce qu’elle est la matière dont tous les autres descripteurs d’une page de peptide sont faits. Une hydropathie moyenne divise une somme pondérée par le nombre de résidus. Un coefficient d’extinction est une somme pondérée sur les tryptophanes, les tyrosines et les paires de cystine. Un poids moléculaire est une somme de masses de résidus. Dans chacun de ces cas, le compte de cette page est soit le diviseur, soit l’un des termes de la somme, donc une erreur de composition ne reste pas locale. Elle se propage à tous les nombres calculés après elle.

Faire le compte avant toute autre chose est donc une discipline plutôt qu’une formalité, parce que c’est le nombre le moins coûteux à vérifier de la page et le plus largement réutilisé. Un faux de transcription se manifeste presque toujours ici. Une substitution d’un résidu par un autre laisse la longueur intacte tout en augmentant un compte et en diminuant un autre, ce qu’un contrôle de longueur ne peut pas voir et qu’un tableau de composition rend évident. Une suppression change bien la longueur, donc la longueur la détecte en premier, mais la composition ensuite identifie quel compte est court et de combien, ce qui suffit en général à localiser la position.

Les pourcentages de cette page sont des fractions molaires écrites en pourcentage. Ce ne sont pas des fractions massiques, et les deux divergent résidu par résidu d’un écart qui peut être grand. La conversion n’est pas une affaire de mettre tout le tableau à une autre échelle. Chaque pourcentage doit être multiplié par la masse tabulée du résidu auquel il appartient, les résultats sommés, puis le total ramené à l’unité. Cette étape pondérée est exactement ce que fait le calculateur de poids moléculaire moyen , si bien que les deux pages ensemble donnent une composition molaire et la masse que porte chacune de ses parties.

Une chaîne GWWY montre l’écart nettement. Trois des quatre positions sont des résidus aromatiques, donc chacune vaut 75 pour cent de la chaîne en compte, et chacune porte une masse de résidu bien supérieure à la moyenne d’un peptide. Ces trois positions représentent donc une part de la masse sensiblement plus grande que 75 pour cent. Rien n’est incohérent : les deux nombres répondent à deux questions différentes, et qui veut la répartition en masses doit convertir plutôt que supposer. Toute estimation qui part de comptes se déplace d’une quantité différente selon celui des deux d’où elle est partie.

Les vingt résidus sont répartis en exactement une classe chacun, ce qui rend les pourcentages par classe faciles à calculer et malaisés à combiner. Le calculateur d’aromaticité et les pages de fraction hydrophobe, polaire et chargée lisent tous la même classification et ne diffèrent que par les classes qu’ils somment. Le prix à payer est qu’un seul résidu peut répondre à plus d’une de ces questions à la fois. La tyrosine est aromatique parce que son système cyclique absorbe la lumière ultraviolette, polaire parce que son hydroxyle phénolique forme des liaisons hydrogène avec l’eau, et non polaire sur la majeure partie de sa surface. Une classification, trois questions défendables, trois réponses qui se recouvrent.

Il vaut mieux traiter une classe comme un énoncé sur la connectivité que comme un énoncé sur le comportement, parce que c’est bien ce qu’elle est. La cystéine est classée polaire parce qu’un thiol libre forme des liaisons hydrogène, et une cystéine qui a formé un disulfure n’a plus aucun groupe de ce type. L’histidine est classée basique parce qu’elle peut capter un proton, et à un pH nettement supérieur à son propre pKa elle est majoritairement déprotonée et majoritairement neutre. Aucune des deux étiquettes n’est fausse, et aucune n’est d’un grand usage dès que l’environnement n’est pas celui pour lequel la classification a été construite, ce qui est une bonne raison de passer au calculateur de charge nette quand la question porte sur la charge et non sur l’appartenance.

Une manœuvre tentante consiste à inverser cette page : prendre un poids moléculaire et demander quelle composition l’a produit. Cela échoue pour deux raisons indépendantes, dont chacune suffirait à elle seule. La leucine et l’isoleucine portent des masses de résidu tabulées identiques, aussi bien sur l’échelle moyenne que sur l’échelle monoisotopique, si bien que même une masse parfaite laisse un choix indépassable entre elles. Par ailleurs, un ensemble de résidus donné s’écrit dans n’importe quel ordre, et l’ordre ne laisse aucune trace dans une masse. La masse ne fixe ni quels résidus sont présents ni où ils se trouvent.

L’ estimateur de masse vers séquence rend cette ambiguïté visible au lieu de la masquer, et il ne nommera pas de composition à votre place. La composition n’est fiable que dans le sens direct : vous avez la séquence, et la question est de savoir de quoi elle est faite. À partir de là, le poids moléculaire à partir d’une séquence explique comment les comptes et les masses de résidus se combinent, le calculateur de formule moléculaire prolonge la même composition en comptes d’éléments en retirant une eau par liaison peptidique, et le calculateur de coefficient d’extinction utilise trois comptes de résidus plus un compte de liaisons que vous devez fournir vous-même.