অ্যামিনো অ্যাসিড গঠন ক্যালকুলেটর

গঠন পেপটাইডের আচরণের কোনো বৈশিষ্ট্য নয়। এটি একটি তালিকা, আর এর মূল্য আসে এটি থেকেই, কারণ পেপটাইডের পাতার প্রতিটি অন্য বর্ণনা এই উপাদান দিয়ে তৈরি। গড় হাইড্রোপ্যাথি একটি ওজনযুক্ত যোগকে অবশিষ্টাংশের সংখ্যা দিয়ে ভাগ করে। বিলুপ্তি সহগ হলো ট্রিপ্টোফ্যান, টাইরোসিন আর সিস্টিন জোড়ার ওপর একটি ওজনযুক্ত যোগ। আণবিক ভর হলো অবশিষ্টাংশের ভরের যোগ। এদের প্রতিটিতেই এই পাতার গণনাটি হয় হর, হয় যোগের একটি পদ, তাই গঠনে ভুল স্থানীয় থাকে না। এরপর গণনা করা প্রতিটি সংখ্যায় সেটি ছড়িয়ে পড়ে।

তাই অন্য সবকিছুর আগে গণনাটি করা একটি অনুশাসন, কেবল আনুষ্ঠান নয়, কারণ এটিই পাতার সবচেয়ে সস্তায় যাচাইযোগ্য সংখ্যা আর সবচেয়ে বেশি ব্যবহৃত। অনুলিপিতে ভুল হলে সেটি প্রায় সবসময় এখানেই ধরা পড়ে। একটি অবশিষ্টাংশের বদলে আরেকটি বসানো দৈর্ঘ্যকে অপরিবর্তিত রেখে দেয়, আর একটি গণনা বাড়ায় ও আরেকটি কমায়, যা দৈর্ঘ্যের যাচাই দেখতে পারে না, আর গঠনের ছক চোখে ফেলে দেয়। একটি অবশিষ্টাংশ বাদ পড়লে দৈর্ঘ্য বদলে যায় ঠিকই, তাই সেটি প্রথমে দৈর্ঘ্য ধরে ফেলে, কিন্তু গঠন তখন কোন গণনা কত কম এবং কতটুকু কম, সেটি চিহ্নিত করে, আর সাধারণত ততটুকুই অবস্থানটি খুঁজে বের করার জন্য যথেষ্ট।

এই পাতার শতাংশগুলো আসলে শতাংশ হিসেবে লেখা মোল ভগ্নাংশ। এরা ভর ভগ্নাংশ নয়, আর দুটি প্রতিটি অবশিষ্টাংশে ভিন্ন হয় এমন পরিমাণে, যা বড়ও হতে পারে। রূপান্তর করা মানে পুরো ছকটিকে একটি গুণক দিয়ে বড় বা ছোট করা নয়। প্রতিটি শতাংশকে যে অবশিষ্টাংশের অন্তর্ভুক্ত তার সারণিতে দেওয়া ভর দিয়ে গুণ করতে হয়, ফলগুলো যোগ করতে হয়, আর মোট দিয়ে ভাগ করতে হয়। ওই ওজনযুক্ত ধাপটিই গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর করে, তাই দুটি পাতা একসঙ্গে একটি মোল গঠন আর তার প্রতিটি অংশ যে ভর বহন করে, দুটোই দেয়।

GWWY শৃঙ্খলটি এই ব্যবধানটি পরিষ্কার দেখায়। চারটি অবস্থানের মধ্যে তিনটি অ্যারোমেটিক অবশিষ্টাংশ, তাই গণনায় প্রতিটি শৃঙ্খলের 75 শতাংশ, আর প্রতিটির অবশিষ্টাংশ ভর একটি পেপটাইডের গড়ের চেয়ে উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি। তাই ওই তিনটি অবস্থান 75 শতাংশের চেয়ে লক্ষণীয় বড় ভরের অংশ আঁকে। এখানে কোনো অসঙ্গতি নেই: দুটি সংখ্যা দুটি ভিন্ন প্রশ্নের উত্তর, আর যে পাঠক ভরের বিভাজন চান তাকে অনুমান না করে রূপান্তর করতে হয়। গণনা থেকে শুরু করা যে কোনো অনুমান, দুটির কোনটি থেকে শুরু করা হলো তার ওপর নির্ভর করে ভিন্ন পরিমাণে নড়ে।

বিশটি অবশিষ্টাংশকে প্রতিটিকে ঠিক একটি শ্রেণিতে ঢোকানো হয়, আর এটিই শ্রেণির শতাংশগুলো সহজে গোনা যায় বলে জটিল করে দেয়। অ্যারোমেটিসিটি ক্যালকুলেটর আর হাইড্রোফোবিক, পোলার ও চার্জযুক্ত ভগ্নাংশের পাতাগুলো একই শ্রেণীবিভাগ পড়ে, পার্থক্য কেবল কোন শ্রেণিগুলো যোগ করা হচ্ছে তার মধ্যে। খরচ হলো একটিমাত্র অবশিষ্টাংশ একসঙ্গে একাধিক প্রশ্নের উত্তর দিতে পারে। টাইরোসিনের বলয় ব্যবস্থা অতিবেগুলি আলো শোষণ করে বলে অ্যারোমেটিক, তার ফিনল হাইড্রক্সিল জলের সঙ্গে হাইড্রোজেন বন্ধন করে বলে পোলার, আর তার বেশিরভাগ পৃষ্ঠতলে নন-পোলার। একটি শ্রেণীবিভাগ, তিনটি যুক্তিসঙ্গত প্রশ্ন, তিনটি পরস্পর-ওপর-বাড়ানো উত্তর।

একটি শ্রেণিকে আচরণের বর্ণনা নয়, সংযোগের বর্ণনা হিসেবে দেখা ভালো, কারণ সেটি সেটিই। সিস্টিনকে পোলার হিসেবে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে কারণ একটি মুক্ত থায়ল হাইড্রোজেন বন্ধন করে, আর যে সিস্টিন ডিসালফাইড গড়ে ফেলেছে তার কাছে এমন গ্রুপ আর থাকে না। হিস্টিডিনকে বেসিক হিসেবে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে কারণ সে একটি প্রোটন গ্রহণ করতে পারে, আর নিজের pKa-র চেয়ে অনেক উঁচু pH-তে সে বেশিরভাগ প্রোটোনবিহীন আর বেশিরভাগ নিরপেক্ষ। কোনো লেবেল ভুল নয়, আর পরিবেশটি যখন সেই পরিবেশ নয় যার জন্য শ্রেণীবিভাগটি তৈরি, তখন কোনো লেবেলই খুব কাজে লাগে না। তাই প্রশ্নটি চার্জ নিয়ে হলে, শ্রেণিতে থাকা নিয়ে হলে নয়, নেট চার্জ ক্যালকুলেটর নেওয়ার একটি ভালো কারণ।

একটি কোলাকর পদক্ষেপ হলো এই পাতাকে উল্টোদিকে নেওয়া: একটি আণবিক ভর নিয়ে জিজ্ঞেস করা কোন গঠন তা তৈরি করেছে। দুটি স্বাধীন কারণে সেটি ব্যর্থ হয়, আর একটিই যথেষ্ট মারাত্মক। লিউসিন আর আইসোলিউসিনের সারণিতে দেওয়া অবশিষ্টাংশ ভর গড় আর মনোআইসোটোপিক দুই স্কেলেই হুবহু এক, তাই একেবারে নিখুঁত ভর পেলেও দুজনের মধ্যে একটি অটুট বেছে নিতে হয়। আলাদাভাবে, যেকোনো নির্দিষ্ট অবশিষ্টাংশের সংগ্রহকে যেকোনো ক্রমে লেখা যায়, আর ক্রম ভরে কোনো চিহ্ন রাখে না। ভর কোনটি অবশিষ্টাংশ আছে তা-ও ঠিক করে না, তারা কোথায় বসবে তা-ও নয়।

ভর থেকে অনুক্রম অনুমানকারী এই অস্পষ্টতা লুকানোর বদলে তা দৃশ্যমান করে, আর আপনাকে কোনো গঠনের নাম বলে দেবে না। গঠন কেবল সামনের দিকে নির্ভরযোগ্য: আপনার অনুক্রম আছে, আর প্রশ্নটি সে কী দিয়ে তৈরি। এরপর সিকোয়েন্স থেকে পেপটাইডের আণবিক ভর নির্ণয় ব্যাখ্যা করে গণনা আর অবশিষ্টাংশের ভর কীভাবে জোড়া লাগে, আণবিক সংকেত ক্যালকুলেটর প্রতিটি পেপটাইড বন্ধনের জন্য একটি জল বাদ দিয়ে একই গঠনকে মৌল গণনায় নিয়ে যায়, আর বিলুপ্তি সহগ ক্যালকুলেটর তিনটি অবশিষ্টাংশের গণনা ব্যবহার করে, সঙ্গে একটি বন্ধনের গণনা যা আপনাকেই দিতে হবে।