অ্যারোমেটিসিটি ক্যালকুলেটর

পুরো হিসাবটি তিনটি অক্ষরের গোনা, শৃঙ্খলের দৈর্ঘ্যে ভাগ করা। এটি সোজাসাপটা বলা দরকার, কারণ দুই দশমিক ঘরে ছাপা একটি শতাংশ আসলে যত তথ্য বহন করে তার চেয়ে অনেক বেশি তথ্যবহুল দেখায়। ফিনাইলঅ্যালানিন, ট্রিপটোফ্যান আর টাইরোসিন গোনা হয়, বাকি প্রতিটি অবশিষ্ট উপেক্ষিত হয়, আর গোনাটাকে অবশিষ্টের সংখ্যা দিয়ে ভাগ করে একশো গুণ করা হয়। কোনো ওজন দেওয়া হয় না, তাই একটি ট্রিপটোফ্যান আর একটি ফিনাইলঅ্যালানিন এই শতাংশে প্রত্যেকেই একটি করে অবস্থান যোগ করে, যদিও স্পেকট্রোফোটোমিটারে তাদের আচরণের পার্থক্য এর চেয়ে অনেক বেশি।

যেহেতু হরটি দৈর্ঘ্য, তাই একই প্রতিস্থাপন প্রতিটি ভিন্ন শৃঙ্খলে ভিন্ন রকম একটি সংখ্যা দেয়। একটি অবশিষ্ট আসা বা অদৃশ্যমান হলে চার অবশিষ্টের পেপটাইডের সংখ্যা পঁচিশ শতাংশ বদলায়, আর চল্লিশ অবশিষ্টের পেপটাইডের সংখ্যা দুই আধা শতাংশ বদলায়। এটি পদ্ধতির কোনো অদ্ভুত বৈশিষ্ট্য নয়, দৈর্ঘ্য দিয়ে ভাগ করার অর্থই এটি। সমান দৈর্ঘ্যের দুটি শৃঙ্খল তাদের রচনা যা-ই হোক সবসময় একই পরিবর্তন দেখায়, আর ফলাফল অস্বাভাবিক মনে হলে এটি মনে রাখা উচিত। তাই একটি শতাংশ তুলনাযোগ্য কেবল সেই অন্য শতাংশের সঙ্গে, যা একই দৈর্ঘ্যের ওপর হিসাব করা।

ভাগ করার দৈর্ঘ্যটি আসে পেপটাইড দৈর্ঘ্য ক্যালকুলেটর থেকে, আর দুটো সংখ্যাকেই একই শৃঙ্খলের বর্ণনা করতে হবে। অনুক্রমে একটি অক্ষর হিসেবে লেখা টার্মিনাল ক্যাপ গোনা হয় না, বরং বাতিল করা হয়, তাই এখানকার হর সবসময় অবশিষ্টের সংখ্যা, আর কখনো অবশিষ্টের সংখ্যা এক বেশি নয়। দুই অবশিষ্টের পেপটাইডে এই পার্থক্যটি পুরো উত্তরের এক তৃতীয়াংশ, আর শতাংশকে বিশ্বাস করার আগে দুটোকে পরস্পরের মোলামুলি মিলিয়ে দেখা ভালো, কারণ ভুল করে গোনা দৈর্ঘ্য এমন একটি ভুল শতাংশ তৈরি করে যা শতাংশের ওপর করা কোনো গণিতেই ধরা পড়ে না। অ্যামিনো অ্যাসিড রচনা ক্যালকুলেটর গোনাটি আর ভাগটি একসঙ্গে জানায়, যা দুটোকে পরস্পরের মোলামুলি যাচাই করা সহজ করে।

তিনটি অবশিষ্টকে একসঙ্গে গোনা মানে অতিবেগীভিত্তিক মাপ আসলে যে একমাত্র জিনিসটিকে ব্যবহার করে তা ফেলে দেওয়া। এই সাইট যে সারণিতে দেওয়া গুণাঙ্ক প্রয়োগ করে, তাতে একটি ট্রিপটোফ্যান 5500 যোগ করে, একটি টাইরোসিন 1490 যোগ করে, আর একটি ফিনাইলঅ্যালানিন কার্যত কিছুই যোগ করে না, কারণ তার বৃত্ত 280 ন্যানোমিটারে নয়, দূর অতিবেগীতে শোষণ করে। তাই 75 শতাংশ অ্যারোম্যাটিক একটি শৃঙ্খল জোর দিয়ে শোষণ করতে পারে, আর প্রায় নিশ্চুভও, আর এই শতাংশ আপনাকে কোনটি বলে দেবে না। গঠনগত শ্রেণিবিভাগ আর স্পেকট্রোস্কোপিক শ্রেণিবিভাগ আলাদা ধারণা, আর দুটির মধ্যের ফাঁক থেকেই অস্বাভাবিকতা আসে।

আট অবশিষ্টের দুটি শৃঙ্খল নিন, দুটিই অর্ধেক অ্যারোম্যাটিক। চারটি ট্রিপটোফ্যান 22000 গুণাঙ্ক দেয়, কারণ 4 x 5500। চারটি টাইরোসিন 5960 দেয়, কারণ 4 x 1490। দুই ক্ষেত্রেই শতাংশ পড়া যায় 50 শতাংশ, অথচ গুণাঙ্ক দুটি প্রায় সাড়ে তিনগুণ পার্থক্যে আলাদা, তাই এই দুটি থেকে বের করা যেকোনো সন্দর্ধনাও ঠিক সেই একই অনুপাতে পার্থক্য হবে, শুধু কোন অ্যারোম্যাটিক অবশিষ্টটি ব্যবহার করা হয়েছে তার জন্যই। চারটি ফিনাইলঅ্যালানিনযুক্ত তৃতীয় একটি শৃঙ্খলও 50 শতাংশ দেখাবে, আর তার অবদান প্রায় শূন্যই হবে, যা একই কথার চরম রূপ। তিনটিই অ্যারোম্যাটিক; তার ওপরে জোর দিয়ে শোষণ করে একটিই।

গোনাটি যদি বর্ণনার জন্য নয়, মাপ খোঁজার জন্য লাগে, তাহলে শতাংশ রূপান্তর করার বদলে সরাসরি বিলুপ্তি গুণাঙ্ক ক্যালকুলেটর ব্যবহার করুন। এটি প্রতি অবশিষ্টের ওজন আর ডিসালফাইড পদটি প্রয়োগ করে সেই সংখ্যা দেয়, যা একটি অ্যাবজরবেন্স আর একটি পথ দৈর্ঘ্যের সঙ্গে মেলানো যায়। ভাগকে আবার গুণাঙ্কে ফেরানো মানে দৈর্ঘ্যও আবার বের করতে হবে, যা কোনো লাভ ছাড়া আরেকটি সংখ্যা বহন করার ব্যাপার। বিয়ার ল্যাম্বার্টের কাজের নির্দেশিকা বলে এই গুণাঙ্ক কীভাবে ব্যবহার হয় আর কোথায় গণিত টিকে থাকা ছেড়ে যায়।

একটি শতাংশ অবস্থানের প্রতি অন্ধ, আর অ্যারোম্যাটিক অবশিষ্টের ক্ষেত্রে অবস্থানই সাধারণত আগ্রহের জায়গা। ছয়টির একটানা ভিতরে তিনটি অ্যারোম্যাটিক পার্শ্ব শৃঙ্খল, আর একই তিনটি চল্লিশটি অবস্থানে ছড়িয়ে রাখা তিনটি পার্শ্ব শৃঙ্খল, দুটি ভিন্ন আচরণ করে, কারণ ধারাবাহিক ক্ষেত্রে বৃত্তগুলো পরস্পরের বিপরীতে আর তাদের পাশের বৃত্তের বিপরীতে স্তূপ করতে পারে। দুই ক্ষেত্রেই গোনা এক, তাই এই সংখ্যার ভেতরে কিছুই দুটি পরিস্থিতি আলাদা করে না। যেকোনো গুরুত্বপূর্ণ দৈর্ঘ্যের রৈখিক পেপটাইডের ক্ষেত্রে এটি ধরে নেওয়া উচিত, কারণ এমন কোনো ভাঁজ নেই যা অবশিষ্টগুলোকে একসঙ্গে আনে, আর এমন কোনো ভাঁজও নেই যা তাদের আলাদা রাখে: কোন পরিস্থিতিতে আপনি আছেন তা শুধু অনুক্রমই ঠিক করে।

এর সমানভাবে এটি অন্ধ সেই বিষয়েও যে এই পার্শ্ব শৃঙ্খলগুলো আলোর জন্য উপলব্ধ কি না। ভাঁজ হয়ে যাওয়া একটি গঠনের ভেতরে কেন্দ্রে ঢাকা একটি অ্যারোম্যাটিক অবশিষ্ট তার গোনার চেয়ে অনেক কম অ্যাবজরবেন্সে যোগ করে। ছোট রৈখিক পেপটাইডের কোনো ভাঁজ থাকে না, তাই সমস্যাটি সাধারণত থাকে না, কিন্তু সমচয় একই কাজ করে, কারণ ঝুঁকে থাকা নমুনা আলো ছড়িয়ে দেয় আর অবশিষ্টের গোনায় কোনো বদল না হওয়া সত্ত্বেও উচ্চ পাঠ দেখায়। আরেকটি বিষয়ও লক্ষ করা উচিত, এই অবশিষ্টগুলো হাইড্রোফোবিক শ্রেণির ভেতরে বসে, যে কারণেই এই শতাংশটি হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টের ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর এর সঙ্গে মেলে, পরিপূরক হিসেবে নয়।

একটি একক প্রতিস্থাপনের বর্ধন হলো এক ভাগ দৈর্ঘ্য, তারপর একশো গুণ, আর দীর্ঘ শৃঙ্খলে এটি এত ছোট যে চোখে না-ও পড়তে পারে। ত্রিশ অবশিষ্টের একটি শৃঙ্খলে তিনটি ট্রিপটোফ্যান থাকলে সেটি 10 শতাংশ অ্যারোম্যাটিক জানায়। একটি ট্রিপটোফ্যান সরালে সেটি 6.67 শতাংশ জানায়, যা আসল হিসাবের মতো বড় পতন বোঝায় না, যদি না খেয়াল করেন যে শৃঙ্খলটি অন্য দিক থেকে একই অণু, শুধু একটি অবস্থান বদলানো। শতাংশটি অর্ধেক হয়ে গেল। অণুটি হয়নি। একই গণিত অন্য দিকেও চলে, কারণ দীর্ঘ শৃঙ্খলে একটি ট্রিপটোফ্যান যোগ করলে গোনায় একটি অবশিষ্ট বাড়ে আর শতাংশে ঠিক সেই একই ছোট বর্ধন যোগ হয়।

এই সংখ্যাকে মানের ইঙ্গিত হিসেবে পড়ার ব্যবহারিক ফাঁদ এটিই, কারণ সংখ্যায় বেশিরভাগ পরিবর্তন আসে রসায়ন থেকে নয়, দৈর্ঘ্য থেকে। শৃঙ্খলের মাঝখান থেকে একটি ব্লক মুছে দিলে অ্যারোম্যাটিক গোনা একই থেকে যেতে পারে, অথচ হর কমে যাওয়ায় শতাংশ বেড়ে যেতে পারে। তাই প্রশ্নটি যদি হয় অতিবেগীভিত্তিক পাঠ যথেষ্ট সংবেদনশীল হবে কি না, তাহলে সরাসরি ট্রিপটোফ্যান আর টাইরোসিন গুনুন; আর প্রশ্নটি যদি হয় অ্যারোম্যাটিক অন্তঃক্রিয়ার আশপাশের আচরণ, তাহলে এক অঙ্কের যেকোনো সংখ্যাকে শব্দ বলে বিবেচনা করুন আর তার সঙ্গে নেট চার্জ ক্যালকুলেটর জুড়ে দিন, যা এমন কিছু জানায় যা অ্যারোম্যাটিক গোনা সত্যিই পারে না।