Calculadora de aromaticidad

Todo el cálculo es un recuento de tres letras dividido por la longitud de la cadena, y conviene decirlo sin rodeos porque un porcentaje impreso con dos decimales parece más informativo de lo que es. Se cuentan fenilalanina, triptófano y tirosina, se ignora cualquier otro residuo, y el recuento se divide entre el número de residuos y se multiplica por cien. No se aplica ningún peso, así que un triptófano y una fenilalanina aportan cada uno una sola posición a este porcentaje aunque su comportamiento en un espectrofotómetro difiere mucho más que eso.

Como el denominador es la longitud, la misma sustitución produce un número de aspecto distinto en cada cadena distinta. Un residuo que aparece o desaparece mueve un péptido de cuatro residuos en veinticinco puntos porcentuales y uno de cuarenta en dos y medio. Eso no es una rareza del método, es lo que significa dividir por una longitud. Dos cadenas de igual longitud siempre muestran el mismo incremento sea cual sea su composición, y eso merece recordarlo cuando un resultado parece sorprendente. Así que un porcentaje solo es comparable con otro porcentaje calculado sobre la misma longitud.

La longitud que actúa de divisor sale de la calculadora de longitud del péptido , y las dos cifras tienen que describir la misma cadena. Un capping terminal escrito en la secuencia como carácter se rechaza en lugar de contarse, así que el denominador aquí es siempre el número de residuos y nunca el número de residuos más uno. En un péptido de dos residuos esa diferencia es un tercio de toda la respuesta, y merece la pena cotejar las dos antes de fiarse de un porcentaje, porque una longitud mal contada produce un porcentaje equivocado de una manera que ninguna aritmética sobre el propio porcentaje puede revelar. La calculadora de composición de aminoácidos informa del recuento y de la proporción juntos, lo que hace fácil comprobarlos uno contra otro.

Contar los tres residuos juntos tira a la basura lo único que una medición por UV utiliza de verdad. En los coeficientes tabulados que aplica este sitio, un triptófano aporta 5500, una tirosina aporta 1490 y una fenilalanina aporta prácticamente nada porque su anillo absorbe en el ultravioleta lejano y no a 280 nanómetros. Así que una cadena que sea un 75 por ciento aromática puede absorber con fuerza o apenas absorber, y este porcentaje no puede decirte cuál de las dos tienes. La clasificación estructural y la espectroscópica son ideas separadas, y la distancia entre ellas es de donde salen las sorpresas.

Toma dos cadenas de ocho residuos, ambas la mitad aromáticas. Cuatro triptófanos dan un coeficiente de 22000, que es 4 x 5500. Cuatro tirosinas dan 5960, que es 4 x 1490. El porcentaje se lee como 50 por ciento en los dos casos mientras que los coeficientes difieren en un factor de aproximadamente tres y medio, así que cualquier concentración calculada a partir de uno o del otro difiere en ese mismo factor solo por cuál de los residuos aromáticos se usó. Una tercera cadena con cuatro fenilalaninas también se leería como 50 por ciento y no aportaría prácticamente nada, que es la versión extrema del mismo punto. Los tres son aromáticos y solo uno absorbe mucho a esa longitud de onda.

Cuando el recuento va a alimentar una medición y no una descripción, ve directamente a la calculadora de coeficiente de extinción en lugar de convertir un porcentaje. Aplica los pesos por residuo y el término del disulfuro, y produce el número que se puede combinar con una absorbancia y una longitud de paso. Volver a convertir una proporción en un coeficiente significaría recuperar también la longitud, que es una cifra más que llevar encima sin ningún beneficio. El trabajo con Beer-Lambert cubre cómo se usa el coeficiente y dónde deja de sostenerse la aritmética.

Un porcentaje es ciego a la posición, y la posición es justo donde los residuos aromáticos suelen ser interesantes. Tres cadenas laterales aromáticas dentro de una tirada de seis se comportan de forma distinta a las mismas tres repartidas por cuarenta posiciones, porque el caso contiguo deja que los anillos se apilen unos contra otros y contra sus vecinos. El recuento es idéntico en ambos casos, así que nada en este número separa las dos situaciones. Para un péptido lineal de cualquier longitud eso importa, ya que no hay un plegamiento que junte los residuos ni un plegamiento que los mantenga separados: solo la secuencia decide en cuál de los dos casos estás.

Es igual de ciego a si esas cadenas laterales están siquiera disponibles para la luz. En una estructura plegada, un residuo aromático enterrado en el núcleo aporta mucho menos a una lectura de absorbancia de lo que sugiere su recuento. Un péptido lineal corto no tiene pliegue, así que ese problema suele estar ausente, pero la agregación hace el mismo trabajo, porque una muestra agrupada dispersa la luz y se lee alta sin ningún cambio en el recuento de residuos. Ten en cuenta además que estos residuos están dentro de la clase hidrofóbica, y por eso este porcentaje se solapa con la calculadora de fracción de residuos hidrofóbicos en lugar de ser su complemento.

El incremento que aporta una sola sustitución es uno dividido entre la longitud, por cien, y en una cadena larga eso es lo bastante pequeño como para pasar desapercibido. Una cadena de treinta residuos con tres triptófanos informa de un 10 por ciento aromático. Quita un triptófano e informa de un 6.67 por ciento, lo que parece una caída real hasta que te fijas en que la cadena es por lo demás la misma molécula con una posición cambiada. El porcentaje se ha dividido por dos. La molécula no. La misma aritmética funciona en el otro sentido también, porque añadir un solo triptófano a una cadena larga añade un residuo al recuento y exactamente ese mismo incremento pequeño al porcentaje.

Esa es la trampa práctica de leer esta cifra como una señal de calidad, porque la mayoría de los cambios en el número vienen de un cambio en la longitud y no de la química. Borrar un bloque del centro de una cadena puede dejar el recuento aromático intacto mientras el porcentaje sube simplemente porque bajó el denominador. Así que si la pregunta es si una lectura por UV va a ser lo bastante sensible para fiarse de ella, cuenta los triptófanos y las tirosinas directamente; y si la pregunta es sobre el comportamiento alrededor de las interacciones aromáticas, trata cualquier cifra de un solo dígito como ruido y combínala con la calculadora de carga neta , que informa de algo que el recuento aromático de verdad no puede ver.