Calculadora de fraccion de residuos hidrofobicos

Este porcentaje es una fracción molar de residuos, exactamente igual que cualquier otra cifra compositiva del sitio. No es una fracción en masa, y las dos se convierten por el camino largo: cada recuento de residuos tiene que ponderarse por la masa tabulada de ese residuo antes de poder comparar los dos totales. La calculadora de peso molecular medio hace esa ponderación y es el sitio adecuado cuando la pregunta es por la masa y no por el recuento.

Tampoco es una fracción de superficie, que es la confusión más tentadora, porque la exposición de superficie es lo que de verdad gobierna la interacción con el agua. Un recuento no puede distinguir un residuo de la parte exterior de una estructura plegada de uno enterrado en su centro, y en una cadena que no está plegada en absoluto no puede distinguir ninguna de las dos cosas. El número describe la cadena que describe la secuencia, que es una lista de residuos en un orden. Todo lo que dice cómo se colocan esos residuos en tres dimensiones falta.

La clase hidrofóbica de aquí incluye los tres residuos aromáticos, que también cuenta la calculadora de aromaticidad . Ese doble recuento es deliberado y no un error, y es la razón de que los porcentajes hidrofóbico y aromático no sean independientes entre sí. Cualquier intento de sumar los cuatro porcentajes de clase y comprobar el total contra cien fallará en cualquier secuencia que contenga una fenilalanina, un triptófano o una tirosina.

La forma más limpia de ver la aritmética es una secuencia formada solo por residuos aromáticos, donde hidrofóbico y aromático son ambos cien y cargado y polar son ambos cero. Añade una sola tirosina a una cadena larga de residuos alifáticos y los tres, hidrofóbico, aromático y polar, se mueven a la vez, por cantidades que no tienen nada que ver entre sí. Las listas de clases se solapan por diseño porque una cadena lateral pertenece de verdad a varias descripciones útiles. La calculadora de fracción de residuos polares cuenta la tirosina como polar exactamente por eso, y la calculadora de fracción de residuos cargados es la única cuyas clases no se solapan con estas.

Cambiar un solo residuo mueve este porcentaje en cien entre n, que son 25 puntos en una cadena de cuatro residuos, 10 puntos en una de diez y 2.5 puntos en una de cuarenta. En un péptido corto la resolución del recuento es por tanto gruesa, y una diferencia de un residuo entre dos péptidos por lo demás idénticos puede mover la cifra informada en una cuarta parte del total. Las comparaciones entre péptidos de longitudes muy distintas son en consecuencia débiles, y una diferencia de unos pocos puntos porcentuales entre una cadena corta y una larga puede no ser más que la diferencia de longitud.

Es la misma aritmética que hace poco fiable una media sobre una cadena corta, y por eso la puntuación de la página de GRAVY conviene leerla como un dispositivo de ordenación y no como una medición. Las dos magnitudes descansan en la misma tabla de clases de residuos. La guía sobre la puntuación GRAVY es útil aquí porque expone los valores por residuo de los que dependen tanto el recuento como la media.

Todos los residuos de esta clase son no polares en el sentido de que su cadena lateral no lleva carga formal ni grupo de enlace de hidrógeno, y esa es una frontera defendible. También es solo una frontera, y otra distinta sería defendible igual. La glicina y la prolina se cuentan aquí aunque el comportamiento de sus cadenas laterales en el agua es más complicado de lo que sugiere una sola etiqueta, y una clasificación que resulta cómoda para tabular no es automáticamente la más informativa para una pregunta dada.

Para lo que el recuento es bueno es para una afirmación rápida y reproducible sobre el carácter químico de una secuencia y para comparar secuencias descritas sobre la misma base. Para lo que no es, es para predecir. Una fracción hidrofóbica alta se asocia con mala solubilidad acuosa y con una tendencia a agregar, y la asociación es bastante real como para conocerla, pero es una asociación y no un umbral, y la concentración a la que ocurre algo no está en este número. La calculadora de carga neta suele cambiar la interpretación más que esta, porque a un pH moderado lo que gobierna el comportamiento es la carga y no la hidrofobicidad.