Rechner fuer hydrophoben Restanteil

Dieser Prozentsatz ist ein Molenanteil von Resten, genau wie jede andere Zusammensetzungsangabe auf der Website. Es ist kein Massenanteil, und die beiden werden auf dem langen Weg umgerechnet: Jede Restanzahl muss mit der tabellierten Masse dieses Rests gewichtet werden, bevor die beiden Summen verglichen werden können. Der Rechner für die mittlere Molekülmasse führt diese Gewichtung aus und ist der richtige Ort, wenn die Frage nach der Masse lautet und nicht nach der Anzahl.

Es ist auch kein Oberflächenanteil, und das ist die verlockendere Verwechslung, denn die Oberflächenexposition bestimmt tatsächlich die Wechselwirkung mit dem Wasser. Eine Anzahl kann einen Rest an der Außenseite einer gefalteten Struktur nicht von einem in der Mitte vergrabenen unterscheiden, und sie kann keinen von beiden unterscheiden in einer Kette, die überhaupt nicht gefaltet ist. Die Zahl beschreibt die Kette, die die Sequenz beschreibt, und das ist eine Liste von Resten in einer Reihenfolge. Alles darüber, wie diese Reste im dreidimensionalen Raum stehen, fehlt.

Die hydrophobe Klasse umfasst hier die drei aromatischen Reste, die auch vom Aromatizitätsrechner gezählt werden. Diese Doppeltzählung ist Absicht und kein Fehler, und sie ist der Grund, warum die hydrophoben und die aromatischen Prozentsätze voneinander unabhängig sind. Jeder Versuch, die vier Klassenprozentsätze zu addieren und die Summe gegen hundert zu prüfen, wird für jede Sequenz mit Phenylalanin, Tryptophan oder Tyrosin fehlschlagen.

Am saubersten sieht man die Arithmetik an einer Sequenz, die aus nichts als aromatischen Resten besteht, bei der hydrophob und aromat beide hundert und geladen und polar beide null sind. Fügt man einer langen Kette aliphatischer Reste ein einziges Tyrosin hinzu, verschieben sich hydrophob, aromat und polar alle drei gleichzeitig, und zwar um Beträge, die nichts miteinander zu tun haben. Die Klassenlisten überschneiden sich planmäßig, weil eine Seitenkette tatsächlich zu mehreren nützlichen Beschreibungen gehört. Der Rechner für den polaren Restanteil zählt Tyrosin genau aus diesem Grund als polar, und der Rechner für den geladenen Restanteil ist derjenige, dessen Klassen sich mit diesen nicht überschneiden.

Das Ändern eines einzelnen Rests verschiebt diesen Prozentsatz um hundert geteilt durch n, also um 25 Prozentpunkte bei einer Kette aus vier Resten, um 10 bei einer aus zehn und um 2,5 bei einer aus vierzig. Die Auflösung der Anzahl ist auf einem kurzen Peptid also grob, und ein Unterschied von einem Rest zwischen zwei sonst identischen Peptiden kann den ausgewiesenen Wert um ein Viertel des Ganzen verschieben. Vergleiche zwischen Peptiden sehr unterschiedlicher Länge sind entsprechend schwach, und eine Differenz von wenigen Prozent zwischen einer kurzen und einer langen Kette kann nichts anderes sein als der Längenunterschied.

Das ist dieselbe Arithmetik, die einen Mittelwert über einer kurzen Kette unzuverlässig macht, und deshalb wird der Wert auf der GRAVY-Seite am besten als Sortierhilfe gelesen und nicht als Messung. Beide Größen beruhen auf derselben zugrunde liegenden Restklassen-Tabelle. Der Leitfaden zum GRAVY-Wert ist hier nützlich, weil er die Werte je Rest darstellt, auf denen sowohl die Anzahl als auch der Mittelwert beruhen.

Jeder Rest in dieser Klasse ist in dem Sinne unpolar, dass seine Seitenkette keine Formalladung und keine Wasserstoffbrückengruppe trägt, und das ist eine vertretbare Grenzziehung. Sie ist aber auch nur eine Grenzziehung, und eine andere wäre ebenso vertretbar. Glycin und Prolin werden hier gezählt, obwohl das Verhalten ihrer Seitenketten in Wasser komplizierter ist, als ein einziges Etikett nahelegt, und eine für die Tabellierung bequeme Klassifikation ist nicht automatisch die für eine gegebene Frage aussagekräftigste.

Wofür die Anzahl gut ist, ist eine schnelle, reproduzierbare Aussage über den chemischen Charakter einer Sequenz und ein Vergleich zwischen Sequenzen, die auf derselben Grundlage beschrieben sind. Was sie nicht ist, ist eine Vorhersage. Ein hoher hydrophober Anteil hängt mit schlechter Löslichkeit in Wasser und mit einer Neigung zur Aggregation zusammen, und der Zusammenhang ist real genug, um ihn zu kennen, aber er ist ein Zusammenhang und kein Schwellenwert, und die Konzentration, bei der irgendetwas geschieht, steckt nicht in dieser Zahl. Der Nettoladungsrechner verändert die Auslegung meist stärker als dieser, denn bei mittlerem pH-Wert bestimmt die Ladung das Verhalten und nicht die Hydrophobie.