Calculateur de fraction de residus hydrophobes

Ce pourcentage est une fraction molaire de résidus, exactement comme toute autre figure de composition du site. Ce n’est pas une fraction massique, et les deux se convertissent par le chemin long : chaque compte de résidus doit être pondéré par la masse tabulée de ce résidu avant que les deux totaux puissent être comparés. Le calculateur de poids moléculaire moyen effectue cette pondération, et c’est le bon endroit quand la question porte sur la masse plutôt que sur le compte.

Ce n’est pas davantage une fraction de surface, et c’est là la confusion la plus tentante, parce que c’est l’exposition de surface qui gouverne réellement l’interaction avec l’eau. Un compte ne peut pas distinguer un résidu à l’extérieur d’une structure repliée d’un résidu enfoui au milieu de celle-ci, et il ne peut pas les distinguer davantage dans une chaîne qui n’est pas repliée du tout. Le nombre décrit la chaîne que la séquence décrit, c’est-à-dire une liste de résidus dans un certain ordre. Tout ce qui concerne la façon dont ces résidus se présentent dans les trois dimensions est absent.

La classe hydrophobe inclut ici les trois résidus aromatiques, que compte également le calculateur d’aromaticité . Ce double comptage est délibéré et non une erreur, et c’est la raison pour laquelle les pourcentages hydrophobe et aromatique ne sont pas indépendants l’un de l’autre. Toute tentative d’additionner les quatre pourcentages par classe et de vérifier que le total fait cent échouera pour toute séquence contenant une phénylalanine, un tryptophane ou une tyrosine.

Le moyen le plus net de voir l’arithmétique est une séquence composée uniquement de résidus aromatiques, où l’hydrophobe et l’aromatique valent cent tous les deux, et le chargé et le polaire zéro tous les deux. Ajoutez une seule tyrosine à une longue chaîne de résidus aliphatiques et les trois grandeurs, hydrophobe, aromatique et polaire, bougent en même temps, de quantités qui n’ont rien à voir entre elles. Les listes de classes se recouvrent à dessein, parce qu’une seule chaîne latérale appartient réellement à plusieurs descriptions utiles. Le calculateur de fraction de résidus polaires compte la tyrosine comme polaire pour exactement cette raison, et le calculateur de fraction de résidus chargés est celui dont les classes ne se recouvrent pas avec celles-ci.

Changer un seul résidu déplace ce pourcentage de cent divisé par n, ce qui vaut 25 points sur une chaîne de quatre résidus, 10 points sur une chaîne de dix résidus et 2.5 points sur une chaîne de quarante résidus. La résolution du compte est donc grossière sur un peptide court, et une différence d’un seul résidu entre deux peptides par ailleurs identiques peut déplacer la valeur annoncée du quart du total. Les comparaisons entre peptides de longueurs très différentes sont d’autant plus fragiles, et une différence de quelques pour cent entre une chaîne courte et une chaîne longue peut ne tenir qu’à la différence de longueur.

C’est la même arithmétique qui rend peu fiable une moyenne prise sur une chaîne courte, et c’est pourquoi le score de la page GRAVY se lit mieux comme un outil de tri que comme une mesure. Les deux grandeurs reposent sur la même table sous-jacente de classes de résidus. Le guide sur le score GRAVY est utile ici parce qu’il expose les valeurs par résidu dont dépendent le compte comme la moyenne.

Tout résidu de cette classe est non polaire au sens où sa chaîne latérale ne porte ni charge formelle ni groupe capable de liaison hydrogène, et cette ligne est défendable. Ce n’est aussi qu’une ligne, et une autre serait tout aussi défendable. La glycine et la proline sont comptées ici bien que le comportement de leurs chaînes latérales dans l’eau soit plus compliqué que ne le suggère une seule étiquette, et une classification commode pour une tabulation n’est pas automatiquement la plus instructive pour une question donnée.

Ce que le compte fait bien, c’est un énoncé rapide et reproductible sur le caractère chimique d’une séquence, et une comparaison entre séquences décrites sur la même base. Ce qu’il n’est pas, c’est une prédiction. Une fraction hydrophobe élevée est associée à une mauvaise solubilité aqueuse et à une tendance à l’agrégation, et l’association est assez réelle pour mériter d’être connue, mais c’est une association et non un seuil, et la concentration à laquelle quoi que ce soit se produit ne figure pas dans ce nombre. Le calculateur de charge nette change d’ordinaire plus l’interprétation que celui-ci, parce que c’est la charge et non l’hydrophobie qui gouverne le comportement à pH modéré.