Calculadora de fracao de residuos hidrofobicos

Esta percentagem é uma fração molar de resíduos, exatamente como qualquer outra figura de composição do site. Não é uma fração mássica, e as duas convertem-se pelo caminho longo: cada contagem de resíduos tem de ser ponderada pela massa tabelada desse resíduo antes de os dois totais poderem ser comparados. A calculadora de peso molecular médio faz essa ponderação, e é o sítio certo quando a pergunta é sobre massa e não sobre contagem.

Também não é uma fração de superfície, que é a confusão mais tentadora, porque a exposição de superfície é o que na verdade governa a interação com a água. Uma contagem não distingue um resíduo no exterior de uma estrutura dobrada de outro enterrado no meio dela, e não distingue nenhum dos dois numa cadeia que nem sequer está dobrada. O número descreve a cadeia que a sequência descreve, que é uma lista de resíduos por uma ordem. Tudo o que diz respeito à disposição desses resíduos em três dimensões está ausente.

A classe hidrofóbica aqui inclui os três resíduos aromáticos, que são também contados pela calculadora de aromaticidade . Essa contagem dupla é deliberada e não um erro, e é a razão pela qual as percentagens hidrofóbica e aromática não são independentes uma da outra. Qualquer tentativa de somar as quatro percentagens por classe e conferir o total contra cem vai falhar para qualquer sequência que contenha uma fenilalanina, um triptófano ou uma tirosina.

A maneira mais limpa de ver a aritmética é uma sequência composta só de resíduos aromáticos, onde a hidrofóbica e a aromática são ambas cem e a carregada e a polar são ambas zero. Acrescente uma única tirosina a uma cadeia longa de resíduos alifáticos e as três, hidrofóbica, aromática e polar, mexem ao mesmo tempo, por quantidades que não têm nada a ver umas com as outras. As listas de classes sobrepõem-se por desenho, porque uma cadeia lateral pertence genuinamente a várias descrições úteis. A calculadora de fração de resíduos polares conta a tirosina como polar exatamente por essa razão, e a calculadora de fração de resíduos carregados é aquela cujas classes não se sobrepõem a estas.

Mudar um único resíduo desloca esta percentagem em cem sobre n, o que são 25 pontos numa cadeia de quatro resíduos, 10 pontos numa cadeia de dez resíduos e 2.5 pontos numa cadeia de quarenta resíduos. Num peptídeo curto a resolução da contagem é portanto grosseira, e uma diferença de um resíduo entre dois peptídeos de resto idênticos pode deslocar a figura relatada num quarto do todo. As comparações entre peptídeos de comprimentos muito diferentes são correspondemente fracas, e uma diferença de alguns por cento entre uma cadeia curta e uma longa pode não ser nada mais do que a diferença de comprimento.

É a mesma aritmética que torna pouco fiável uma média sobre uma cadeia curta, e é por isso que a pontuação na página do GRAVY se lê melhor como um dispositivo de ordenação do que como uma medição. As duas grandezas assentam na mesma tabela subjacente de classes de resíduos. O guia sobre a pontuação GRAVY é útil aqui porque expõe os valores por resíduo de que a contagem e a média dependem ambas.

Todos os resíduos desta classe são apolares no sentido de que a sua cadeia lateral não tem carga formal nem grupo de ligação de hidrogénio, e essa é uma linha defensável. É também apenas uma linha, e outra linha seria igualmente defensável. A glicina e a prolina são contadas aqui embora o comportamento das suas cadeias laterais na água seja mais complicado do que um único rótulo sugere, e uma classificação que é conveniente para tabular não é automaticamente a mais informativa para uma dada pergunta.

O que a contagem faz bem é uma afirmação rápida e reprodutível sobre o carácter químico de uma sequência, e uma comparação entre sequências descritas na mesma base. O que ela não é, é uma previsão. Uma fração hidrofóbica alta está associada a uma solubilidade aquosa má e a uma tendência para agregar, e a associação é real o suficiente para valer a pena conhecê-la, mas é uma associação e não um limiar, e a concentração a que acontece algo não está neste número. A calculadora de carga líquida muda normalmente a interpretação mais do que esta, porque em pH moderado é a carga e não a hidrofobia que governa o comportamento.