Calculadora de fracao de residuos polares

O rótulo significa aqui exatamente uma coisa: uma cadeia lateral com capacidade de ligação de hidrogénio que não transporta carga formal a um pH aproximadamente neutro. A asparagina, a glutamina, a serina, a treonina, a cisteína e a tirosina qualificam por esse motivo, e cada uma delas forma ligações de hidrogénio com a água sem pagar isso com uma carga. A palavra sem carga faz um trabalho real na definição, porque é exatamente o que separa esta classe de a fração de resíduos carregados . As duas juntas descrevem as cadeias laterais de peptídeo que interagem com a água por razões outras que a eletrostática.

É uma definição e não uma medição, o que importa quando a contagem dá zero. Um zero aqui diz que não está presente nenhuma cadeia lateral polar sem carga. Não diz que o peptídeo não tenha química polar, porque a espinha dorsal transporta grupos de ligação de hidrogénio em cada ligação peptídica, aconteça o que acontecer às cadeias laterais. A distância entre essas duas afirmações é a distância entre ler um inventário de cadeias laterais e ler uma molécula.

A espinha dorsal é a parte que fica de fora, e num peptídeo curto é quase toda a imagem. Cada ligação peptídica contribui com uma amida que é doadora de ligação de hidrogénio e um carbonilo que é aceitador, e as duas extremidades acrescentam uma amina livre e um carboxilo livre. Tudo isso escala com o comprimento, enquanto esta contagem não. Um peptídeo de oito resíduos tem sete ligações peptídicas e portanto sete pares de doador e aceitador da espinha dorsal, e o número de cadeias laterais polares sem carga pode bem ser zero.

Nada disso torna a contagem errada, e não há um número único melhor para aquilo que ela mede. Significa sim que a percentagem não pode ser lida como uma medida de quão polar é a molécula no seu conjunto. O que ela pode ser lida é como uma medida de quanto as cadeias laterais contribuem para a química polar, o que para um peptídeo que tem de atravessar uma membrana ou assentar numa superfície é muitas vezes a grandeza de interesse de qualquer maneira. Uma contagem de posições em vez de massa é a forma certa para isto, e a calculadora de peso molecular médio é de onde viria a versão em massa.

A histidina não está nesta classe. É contada como básica, porque pode aceitar um protão, e a escolha é uma convenção e não uma necessidade química. A cadeia lateral de imidazol forma ligações de hidrogénio perfeitamente bem na sua forma neutra e é genuinamente polar, e perto do seu próprio pKa uma grande parte dos resíduos está exatamente nesse estado. A classificação põe a histidina do lado carregado da linha e depois conta-a como se estivesse protonada, o que exagera a sua contribuição num pH acima do ponto em que já entregou maioritariamente o seu protão.

A mesma convenção retira também a histidina de a fração hidrofóbica , porque as classes são mutuamente exclusivas por desenho. Vale a pena saber disso quando as quatro percentagens por classe não somam como se esperava, e é por isso que a calculadora de aromaticidade também a exclui, apesar de o anel de imidazol ser aromático no sentido químico. Se uma pergunta precisa do estado de protonação e não do rótulo, a calculadora de carga líquida calcula-o ao pH que lhe der.

Ambos os extremos são informativos e nenhum dos dois é um aviso. Um zero significa que toda a contribuição polar dentro desta contagem vem da espinha dorsal ou da carga formal, o que é uma situação real e comum num peptídeo construído à volta de um troço ácido. Um cem significa que todas as cadeias laterais são polares sem carga, sem nenhum hidrofóbico e sem nenhum resíduo formalmente carregado, e é correspondentemente invulgar para algo que tenha de ficar em água ou de ligar a um parceiro. Nenhuma das figuras é uma propriedade com que a sequência tenha sido concebida, e nenhuma delas implica nada sobre se o peptídeo é utilizável.

A contagem também não diz nada sobre como essas cadeias laterais estão orientadas umas em relação às outras, e é a orientação que decide se uma ligação de hidrogénio entre elas se consegue formar. Dois peptídeos com frações polares idênticas podem apresentar geometrias de ligação de hidrogénio completamente diferentes depois de dobrados ou depois de ligados a um parceiro, e uma contagem é cega a isso tal como é cega ao enterro. A leitura útil é comparativa e grosseira. Uma cadeia com uma fração polar maior tem mais capacidade de ligação de hidrogénio de cadeia lateral do que uma com uma menor, tudo o resto sendo igual, e essa é uma diferença genuína ainda que o número não tenha unidades e não descreva nada sobre intensidade ou geometria. Quando se quer uma magnitude em vez de uma ordenação, uma média sobre valores tabelados é a forma que fornece uma, e a calculadora de GRAVY é a página que a calcula.