极性残基比例计算器

这个标签在这里精确地指一件事：有氢键能力、并且在中性 pH 附近不带形式电荷的侧链。天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸和酪氨酸都按这个标准合格，而它们每一个都能与水形成氢键且不必用电荷来付出代价。不带电这几个字在定义里是真正起作用的，因为它正是把这一类与 带电残基比例 分开的条件。两者合起来描述的是那些出于静电之外的原因与水相互作用的肽侧链。

这是一条定义而不是一次测量，所以当计数为零时这一点很重要。这里的零表示不存在不带电的极性侧链，它并不表示这条多肽没有极性化学，因为无论侧链在做什么，主链在每一个肽键上都带着氢键基团。这两句话之间的距离，就是读一份侧链清单与读一个分子之间的距离。

被漏掉的是主链，而对一条短肽来说主链是画面的绝大部分。每一个肽键都贡献一个带氢键供体的酰胺和一个带受体的羰基，两端再加上一个游离氨基和一个游离羧基。这一切都随长度一起增长，而这个计数不随。一条八残基的肽有七个肽键，因此有七对主链供体和受体，而不带电的极性侧链完全可能一个都没有。

这些都不使计数变成错的，对于它所测量的东西也没有更好的单一数字。但它确实意味着这个百分比不能被读成整个分子有多极性的度量。它可以被读成的是侧链贡献了多少极性化学，而对一条必须穿过膜或停留在表面上的多肽来说，这往往正是有人关心的量。以位置而不是以质量来计数是它正确的形式，而质量版本会来自 平均分子量计算器 。

组氨酸不属于这一类。它被计为碱性，因为它能接受一个质子，而这个选择是一种约定而不是化学上的必要。咪唑侧链以中性形式也能很好地形成氢键，确实是极性的，而在它自己的 pKa 附近有相当一部分残基正处在那个状态。这套分类把组氨酸放在线的带电一侧，然后当它已被质子化那样来计数，所以在 pH 高于它基本已经交出质子的那个点时，这会高估它的贡献。

同样的约定也把组氨酸从 疏水比例 里排除出去，因为各类别按设计是互斥的。当四个类别的百分比没有按你预期的方式加起来时，这一点值得知道；这也是为什么 芳香性计算器 也排除它，尽管咪唑环在化学意义上是芳香的。如果问题需要的是质子化状态而不是标签， 净电荷计算器 会按你给它的任何 pH 把它算出来。

两个极端都有信息量，而两者都不是警告。零表示这个计数内每一份极性贡献都来自主链或来自形式电荷，对于一条围绕一段酸性片段构建的多肽来说，这是真实而常见的情形。一百表示每一条侧链都是不带电的极性，既没有疏水残基也完全没有带形式电荷的残基，而对任何必须待在水中或结合伙伴的东西来说，这相应地很不寻常。这两个数字都不是这条序列被设计出来要具备的性质，也都不含有关于这条多肽是否可用的推论。

这个计数同样没有说这些侧链彼此如何取向，而取向恰恰决定它们之间的氢键究竟能不能形成。两条极性比例完全相同的多肽，在折叠之后或结合伙伴之后，可以呈现完全不同的氢键几何，计数对此和它对埋藏一样是盲的。有用的读法是比较性的、粗糙的。在其他条件相同的情况下，极性比例更高的链比更低的链有更多的侧链氢键能力，这是一种真实的差别，尽管这个数字不带单位，也不描述强度或几何。若想要的是大小而不是排序，那么对表中数值取平均才是提供它的形式，而 GRAVY 疏水性计算器 就是算这个的页面。