GRAVY 疏水性计算器

普通的算术平均有一个方便的后果和一个危险的后果。方便的后果是：一条长链不会仅仅因为更长就更疏水，每一个残基无论位置和上下文如何都带同样的权重。危险的后果是：平均值对顺序没有记忆。前三分之一强疏水、其余部分强亲水的链，与残基交替排列的链给出相同的分数，而这两个分子呈现在水面前的是完全不同的表面。

Kyte-Doolittle 的数值是排序判断而不是实测能量，这正是对它们取平均在原则上说得通的原因。它们被赋值成让标尺从一端强亲水走到另一端强疏水，并且在构造上关于零对称。把它们当成对残基行为的一种排序是站得住脚的，把由此得到的平均值当成自由能、溶解度或分配系数则不是； GRAVY 分数指南 明确写出了这个指数从哪里开始不再有意义。

单次替换能把分数推动多少，值得算一算而不是靠猜。Kyte-Doolittle 标尺从一端到另一端跨越九个点，所以替换一个残基最多能把和推动这么多个点。再除以长度，一个残基能产生的最大影响就是九除以 n：在四残基的链上略多于两个点，在四十残基的链上则是四分之一个点。因此长链上的一次替换在分数上是小变化，而两条特意选得不同的序列之间的差距通常要大上好几倍。

这种不对称是把 GRAVY 当作给序列排序的方式而不是测量手段的实用理由。长肽两个版本之间报出 0.1 的变化，几乎从来不是那个有意思的差别。有意思的是符号改变，或者 1 以上的移动。 Boman 指数计算器 从另一张系数表出发讲的是同一件事， 脂肪族指数计算器 则用二十种残基里的四种又讲了一遍。

平均值最清楚的失效场合是两亲性螺旋。α 螺旋每圈大约有 3.6 个残基，所以相隔三或四个位置的残基会落在它大致相同的那一面上。把这些位置安排成疏水残基、其余位置安排成极性残基而构成的螺旋，是货真价实而且很强的两亲性：一面与水相互作用，另一面不与水相互作用。跨整条链平均之后，两组残基互相抵消，所以一条彻底两亲的多肽的分数可以非常接近零。

计算本身没有错。平均值被问了一个它回答不了的问题，也就是残基的平均行为，而不是这些残基在空间里如何排列。对于折叠的球状蛋白质，平均值是一个合理的简写，因为埋藏是散布在整个结构里的。对一条短的线性多肽，它只是一个经验性的近似。如果问题是这条链在化学上有多少属于非极性，那么计数是更好的工具，而 疏水残基比例计算器 不需要任何平均就给出答案。

按字面读，GRAVY 分数只说了一件事：所出现残基的表中疏水性值的平均值。大于零时平均残基偏好非极性的环境，小于零时它偏好水。这是对输出完整而准确的陈述，而值得把它保持得这么小，因为叠在它上面的每一种更大的解释都是这项计算并没有做出的推断。

具体来说，它对一个作为浓度的溶解度什么也没说，对聚集什么也没说，对结合什么也没说，对结构什么也没说。分数相同的两条多肽在上述每一方面都可以不同。当必须把某一条序列性质与其他组成描述量放在一起看时， 带电残基比例 通常是最能改变解释的那一个，因为在中等 pH 下支配水中行为的是电荷而不是平均疏水性。而这一切里面长度都是除数，那个数字就在 肽长度计算器 上确定。