GRAVY हाइड्रोफोबिसिटी कैलकुलेटर

सादा समांतर औसत का एक सुविधाजनक परिणाम है और एक ख़तरनाक। सुविधाजनक परिणाम यह है कि लंबी शृंखला केवल लंबी होने के कारण छोटी शृंखला से अधिक हाइड्रोफोबिक नहीं होती। हर अवशेष का भार स्थान या संदर्भ चाहे जो हो, एक जैसा रहता है। ख़तरनाक परिणाम यह है कि औसत को क्रम की कोई स्मृति नहीं होती। जिस शृंखला का पहला तिहाई अत्यधिक हाइड्रोफोबिक हो और बाकी अत्यधिक जलस्नेही, वह उतना ही स्कोर देती है जितनी वह शृंखला जिसके अवशेष बारी-बारी से आते हैं, और ये दोनों अणु पानी को पूरी तरह अलग सतहें दिखाते हैं।

काइट-डूलिटल मान मापी गई ऊर्जाएँ नहीं, क्रम के निर्णय हैं, और यही वह बात है जिसने इन पर औसत लगाने को शुरू में ही उचित बनाया। इन्हें इस तरह दिया गया कि पैमाना एक सिरे पर अत्यधिक जलस्नेही से दूसरे पर अत्यधिक हाइड्रोफोबिक तक जाए, और ये रचना से ही शून्य के बारे में सममित हैं। इन्हें अवशेष व्यवहार का एक क्रम मानना उचित है। इससे निकली औसत को मुक्त ऊर्जा, घुलनशीलता या विभाजन गुणांक मानना उचित नहीं है, और GRAVY स्कोर और काइट-डूलिटल हाइड्रोफोबिसिटी यह साफ़ बताता है कि यह सूचकांक कहाँ से अर्थ खोने लगता है।

एक अकेला परिवर्तन स्कोर को कितना हिला सकता है, यह अनुमान लगाने के बजाय निकालने लायक है। काइट-डूलिटल पैमाना एक चरम से दूसरे तक नौ अंकों का फैलाव रखता है, इसलिए एक अवशेष बदलने से योग अधिकतम इतना ही खिसक सकता है। लंबाई से भाग देने पर एक अवशेष का सबसे बड़ा प्रभाव n के ऊपर नौ होता है: चार अवशेषों की शृंखला पर दो से थोड़ा अधिक अंक, और चालीस अवशेषों की शृंखला पर चौथाई अंक। इसलिए लंबी शृंखला पर एक परिवर्तन स्कोर में छोटा बदलाव है, जबकि अलग होने के लिए चुने गए दो अनुक्रमों के बीच का अंतर आमतौर पर कई गुना बड़ा होता है।

वही असममितता व्यावहारिक तर्क है कि GRAVY को किसी एक को मापने का उपकरण नहीं, अनुक्रम छाँटने का उपकरण माना जाए। लंबे पेप्टाइड के दो रूपों के बीच बताई गई 0.1 की बदली लगभग कभी ही वह रोचक अंतर होती है। चिह्न का बदलना, या 1 या अधिक का खिसकना, वह होती है। बोमैन सूचकांक कैलकुलेटर यही बात गुणांकों की एक अलग तालिका से कहता है, और ऐलिफैटिक सूचकांक कैलकुलेटर बीस के बजाय चार अवशेषों से उसे दोबारा कहता है।

औसत की सबसे साफ़ विफलता अम्फीपैथिक कुंडली है। एक अल्फा कुंडली में प्रति चक्कर लगभग 3.6 अवशेष होते हैं, इसलिए तीन या चार स्थानों के अंतर वाले अवशेष उसके लगभग एक ही मुख पर आ जाते हैं। इन दूरी पर हाइड्रोफोबिक अवशेष और बाकी स्थानों पर ध्रुवीय अवशेष रखकर बनी कुंडली वास्तव में और प्रबलता से अम्फीपैथिक होती है: एक मुख पानी से अंतरक्रिया करता है और दूसरा नहीं। शृंखला पर औसत लगाने पर अवशेषों के दोनों समूह एक-दूसरे को रद्द कर देते हैं, और पूरी तरह अम्फीपैथिक पेप्टाइड का स्कोर शून्य के बहुत पास बैठ सकता है।

गणना में कुछ भी ग़लत नहीं है। औसत से ऐसा सवाल पूछा जा रहा है जिसका वह उत्तर नहीं दे सकता, अर्थात अवशेष का औसत व्यवहार क्या है, न कि वे अवशेष अंतरिक्ष में कैसे विन्यस्त हैं। किसी वलित ग्लोब्युलर प्रोटीन के लिए औसत उचित संक्षेप है, क्योंकि दफनन संरचना में बिखरा होता है। छोटे रैखिक पेप्टाइड के लिए यह एक कार्यवाही नियम है। यदि सवाल यह है कि शृंखला का कितना भाग रासायनिक रूप से अध्रुवीय है, तो गिनती बेहतर उपकरण है, और हाइड्रोफोबिक अवशेष अंश कैलकुलेटर इसे कुछ भी औसत में खोए बिना बता देता है।

शाब्दिक अर्थ में लेने पर, GRAVY स्कोर एक ही बात कहता है: मौजूदा अवशेषों के तालिका में दर्ज हाइड्रोपैथी मानों का औसत। शून्य से ऊपर औसत अवशेष एक अध्रुवीय वातावरण पसंद करता है, और शून्य से नीचे वह पानी पसंद करता है। यह आउटपुट का पूरा और सटीक कथन है, और इसे इतना छोटा ही रखने लायक है, क्योंकि इसके ऊपर जोड़ी गई हर बड़ी व्याख्या एक निष्कर्ष है जो यह गणना नहीं करती।

विशेषकर यह सांद्रता के रूप में घुलनशीलता के बारे में कुछ भी नहीं कहता, समूहन के बारे में कुछ भी नहीं, बंधन के बारे में कुछ भी नहीं, और संरचना के बारे में कुछ भी नहीं। एक जैसे स्कोर वाले दो पेप्टाइड इन सब मामलों में एक-दूसरे से पूरी तरह अलग हो सकते हैं। जब किसी अनुक्रम गुण को बाकी संघटन वर्णकों के सामने रखना हो, तो आमतौर पर आवेशित अवशेष अंश कैलकुलेटर ही व्याख्या बदल देता है, क्योंकि मध्यम pH पर पानी में व्यवहार को क्या नियंत्रित करता है वह आवेश है, औसत हाइड्रोफोबिसिटी नहीं। पूरे में लंबाई ही भाजक है, और पेप्टाइड लंबाई कैलकुलेटर वही है जहाँ यह संख्या तय होती है।