ऐलिफैटिक सूचकांक कैलकुलेटर

सूचकांक स्थिर भारों के तहत चार अवशेषों के मोल प्रतिशत जोड़ता है और बाकी सोलह को पूरी तरह अनदेखा करता है। एलनिन का भार एक है, वैलिन का 2.9, और आइसोल्यूसिन तथा ल्यूसिन का भार 3.9 है। हर आवेशित अवशेष, हर ध्रुवीय अवशेष और फेनिलएलनिन, ट्रिप्टोफैन तथा सिस्टीन उसके लिए अदृश्य हैं। ये भार मूल कार्य के एक प्रतिगमन के गुणांक हैं, भौतिक स्थिरांक नहीं, इसलिए वे उस संबंध को कूटबद्ध करते हैं जो वलित ग्लोब्युलर प्रोटीनों में देखा गया था और उससे व्यापक कुछ नहीं। यह उत्पत्ति याद रखने योग्य है, क्योंकि यह तय करती है कि वह संख्या किस आबादी का वर्णन करती है, और यही कारण है कि व्याख्या यहीं रुक जाती है।

इसका तुरंत एक परिणाम यह है कि पैमाना केवल उसी संघटन से सीमित है जो उसे भरता है। शुद्ध एलनिन की शृंखला चाहे जितनी लंबी हो, ठीक 100 अंक लेती है, क्योंकि उसका एलनिन मोल प्रतिशत 100 है और भार 1 है। आठ एलनिन, आठ वैलिन, आठ आइसोल्यूसिन और आठ ल्यूसिन से बनी बत्तीस अवशेषों वाली शृंखला 25 + 2.9 x 25 + 3.9 x 50 अंक लेती है, जो 292.5 है। इस अंक में कुछ भी गलत नहीं है; यह दिखाता है कि वास्तविक प्रोटीनों के लिए उद्धृत वह परिचित 60 से 100 का दायरा उन प्रोटीनों की संघटन की एक विशेषता है, सूचकांक में बना कोई ऊपरी सीमा नहीं।

छोटी शृंखला पर भारों से अधिक महत्वपूर्ण भाग है। चार अवशेषों वाली शृंखला में एक एलनिन 25 प्रतिशत है, इसलिए AGDE का अंक 25 आता है, जो आश्वस्त करने वाला प्रोटीन सूचकांक जैसा दिखता है और वास्तव में केवल उसका एलनिन अंश है। वही एलनिन चालीस अवशेषों वाली शृंखला में रखिए, तो यह 2.5 प्रतिशत है, और सूचकांक 2.5 हो जाता है। परिणाम में कुछ भी पढ़ने से पहले पेप्टाइड लंबाई कैलकुलेटर ही बताता है कि आप इनमें से किस स्थिति में हैं, और छोटी शृंखला पर यही तय करता है कि इस संख्या का कितना अर्थ है।

सूत्र मोल प्रतिशत पर परिभाषित है, यानी गिनती को लंबाई से भाग देकर सौ से गुणा, सादे अंश पर नहीं। इसे हाथ से 0.25 लेकर दोबारा निकालने पर ऐसा परिणाम आता है जो सौ गुना छोटा है, और यह त्रुटि पूरी तरह मौन है क्योंकि अंकगणित में कुछ भी विफल नहीं होता: AGDE का मान 25 के बजाय 0.25 आता है, जो अब भी सूचकांक जैसा दिखता है और दो कोटि आँकों से चूकता है। यह समीक्षा से कैसे बचता है, इसका कारण यह है कि गलत उत्तर सही उत्तर के ही आकार का होता है: एक छोटी संख्या उसी फ़ील्ड में जहाँ सामान्यतः एक छोटी संख्या रहती है।

इसे पकड़ने के लिए एक तेज़ जाँच है। ऐसी शृंखला में जिसमें एलनिन हो और गिने जाने वाले बाकी तीन में से कोई न हो, सूचकांक ठीक एलनिन मोल प्रतिशत के बराबर होना चाहिए, इसलिए उस स्थिति में उत्तर हमेशा 0 और 100 के बीच रहता है। 100 से ऊपर कुछ भी दिखे तो समझ लीजिए कि सूत्र को अंशों पर लागू किया गया है, प्रतिशतों पर नहीं। दूसरा रास्ता प्रतिशतों को पूरी तरह छोड़ देने का है: हर कच्ची गिनती को उसके भार से गुणा कीजिए, चारों पद जोड़िए, और अंत में एक बार लंबाई से भाग दीजिए। दो भागों की अपेक्षा एक भाग गलत होना कहीं कठिन है, और गिनती सीधे अमीनो अम्ल संघटन कैलकुलेटर से आती है।

एक मामूली-सा और मामला ऐसा भी है जो विफलता जैसा दिखता है पर विफलता नहीं है। ऐसी शृंखला जिसमें गिने जाने वाले चारों में से कोई अवशेष न हो, शून्य देती है, जो अस्वीकृत इनपुट नहीं, वास्तविक अंकगणितीय उत्तर है। यह साथ ही वह सबसे कम सूचनात्मक उत्तर भी है जो यह पृष्ठ दे सकता है, क्योंकि उस पैमाने पर जहाँ वास्तविक वलित प्रोटीन सैकड़ों के मध्य में बैठते हैं, शून्य ऐसी शृंखला का वर्णन करता है जो पूरी तरह उन अवशेषों से बनी है जिन्हें सूत्र ने अनदेखा करने के लिए परिभाषित किया था। इसे त्रुटि के बजाय गणना किया हुआ मान बताना सही व्यवहार है, और इसे कम अंक के बजाय संबंधित अवशेषों की अनुपस्थिति पढ़ना ही गलती है।

भारों के पीछे का सहसंबंध संघटन और वलित ग्लोब्युलर प्रोटीनों के गलन व्यवहार के बीच बनाया गया था। छोटे रेखीय पेप्टाइड का कोई वलय नहीं होता और इसलिए उसका कोई गलन व्यवहार भी नहीं, जिसे सूचकांक पूर्वानुमान कर सके, तो स्थिरता वाली पढ़ने को जुड़ने के लिए कुछ नहीं मिलता। संख्या स्वयं चार मोल प्रतिशतों का ईमानदार अंकगणितीय सारांश बनी रहती है। इसे अवलित शृंखला के लिए स्थिरता का आंकड़ा पढ़ना कोई छोटी गलती नहीं, श्रेणी की गलती है, और यही सबसे आसान गलती इसलिए है क्योंकि स्थिरता शब्द परिणाम के ठीक बगल में छपा होता है।

वलय के आगे सूचकांक आवेश के बारे में मौन है, और आवेश ही तय करता है कि शृंखला विलयन में बनी रहेगी या नहीं। एलनिन, वैलिन, आइसोल्यूसिन और ल्यूसिन के एक जैसे प्रतिशतों वाले दो पेप्टाइड अपने सभी आयनीकरण योग्य अवशेषों में पूरी तरह अलग हो सकते हैं और ठीक वही अंक ले सकते हैं। हाइड्रोफोबिक अवशेष अंश अध्रुवीय अवशेषों को भार के बिना गिनता है और इसलिए केवल आंशिक रूप से ओवरलैप करता है, जबकि GRAVY स्कोर और काइट-डूलिटल हाइड्रोफोबिसिटी बताती है कि इस प्रकार के बदलाव का जवाब कौन सा सारांश क्यों देता है। आवेश ही वह चर है जो सबसे अधिक बार तय करता है कि पेप्टाइड विलयन में कैसा व्यवहार करता है, और ऐसा सूचकांक जो उसे नहीं देख सकता, उससे पूछे जाने वाले सवाल से अधिक पहले वाले सवाल का उत्तर दे रहा है।

लंबाई एक तरह से अदृश्य है और यही लोगों को चौंका देती है। संघटन एक जैसी दो शृंखलाएँ चाहे जितनी लंबी हों, एक जैसा अंक लेती हैं, क्योंकि दोनों स्थितियों में प्रतिशत एक जैसे रहते हैं। यह परिभाषा का सीधा परिणाम है, और इसका अर्थ यह है कि सूचकांक लंबाई का वर्णक नहीं है। इसे बहुत अलग आकारों वाली शृंखलाओं के बीच मिलाना आकार के साथ-साथ संघटन का भी मिलान है, वरना यह तुलना एक जैसे के लिए नहीं होती, और परिणाम का अंतर आप जिस बदलाव को जाँचना चाहते थे उसके बारे में कुछ भी नहीं कह सकता।

परिणाम विमीय रहित है और यह तापमान नहीं है। ऐलिफैटिक सूचकांक से अंशों में गलनांक तक कोई प्रकाशित रूपांतरण नहीं है, क्योंकि सूचकांक संघटन पर लागू किया गया प्रतिगमन गुणांक है, भौतिक राशि नहीं। इसका उपयोगी रूप एक क्रम है: लगभग समान लंबाई और लगभग समान वलय वाली शृंखलाओं में अधिक मान उस दायरे के उस सिरे पर बैठता है जो मूल आंकड़ों में अधिक गलन व्यवहार से जुड़ा था। किसी अन्य तरह इस्तेमाल करने पर इसका अर्थ बनना बंद हो जाता है, और बिना उसके पीछे की संघटन बताए उद्धृत कोई संख्या किसी और दूसरे द्वारा जाँची नहीं जा सकती।

ईमानदार उपयोग तुलनात्मक और सीमित है। दो अनुक्रमों पर इसे निकालिए, देखिए कि चार प्रतिशतों में से कौन सा वास्तव में बदला, और अंतर को स्वयं में परिणाम न मानिए, बल्कि कुछ और देखने जाने का कारण मानिए। यदि संख्या के पीछे का सवाल यह है कि शृंखला कितनी हाइड्रोफोबिक है, तो GRAVY हाइड्रोफोबिसिटी कैलकुलेटर इसका अधिक सीधा उत्तर देता है; यदि यह है कि कोई अनुक्रम प्रोटीन सतह पर कितनी ज़ोर से बैठ सकता है, तो इसके लिए बोमैन सूचकांक बनाया गया था; और यदि यह केवल यह है कि शृंखला में कितना पदार्थ है, तो पेप्टाइड की गणनाओं में आणविक भार का क्या मतलब है वही अंकगणित है।