Calculadora do indice alifatico

O índice soma as percentagens molares de quatro resíduos sob pesos fixos e ignora por completo os outros dezasseis. A alanina tem peso um, a valina 2.9, e a isoleucina e a leucina partilham um peso de 3.9. Cada resíduo carregado, cada resíduo polar e a fenilalanina, o triptofano e a cisteína são invisíveis para ele. Os pesos são coeficientes de uma regressão do trabalho original, não constantes físicas, portanto codificam uma relação que foi observada em proteínas globares dobradas e nada mais largo do que isso. Convém recordá-la, essa origem, porque fixa a população que o número descreve e é a razão pela qual a interpretação pára onde pára.

Uma consequência imediata é que a escala só fica limitada pela composição que a alimenta. Uma cadeia de alanina pura pontua exatamente 100 qualquer que seja o seu comprimento, porque a sua percentagem molar de alanina é 100 e o peso é 1. Uma cadeia de trinta e dois resíduos feita de oito alaninas, oito valinas, oito isoleucinas e oito leucinas pontua 25 + 2.9 x 25 + 3.9 x 50, o que dá 292.5. Nada nessa figura está errado; mostra que a faixa habitual de 60 a 100 citada para proteínas reais é uma propriedade de como essas proteínas tendem a ser compostas, e não um tecto inscrito no índice.

Numa cadeia curta o denominador importa mais do que os pesos. Uma única alanina numa cadeia de quatro resíduos é 25 por cento, por isso AGDE pontua 25, um número que parece tranquilizadoramente igual ao de uma proteína e que é de facto apenas a sua fração de alanina. Ponha essa mesma alanina numa cadeia de quarenta resíduos e ela é 2.5 por cento, portanto o índice passa a 2.5. A calculadora de comprimento de peptídeo é que diz em qual desses dois regimes se está antes de ler seja o que for no resultado, e numa cadeia curta é ela que decide o quanto o número significa.

A fórmula está definida sobre percentagem molar, que é a contagem dividida pelo comprimento e multiplicada por cem, e não sobre a fração molar simples. Recalculá-la à mão com 0.25 onde caberia 25 produz um resultado cem vezes menor, e o erro é completamente silencioso porque nada na aritmética falha: AGDE dá 0.25 em vez de 25, o que ainda parece um índice e está errado por duas ordens de grandeza. A razão pela qual sobrevive a uma revisão é que a resposta errada tem a mesma forma da certa: um número pequeno num campo que normalmente contém um número pequeno.

Há uma verificação rápida que a apanha. Numa cadeia que contenha alanina e nenhum dos outros três resíduos contados, o índice tem de ser exatamente igual à percentagem molar de alanina, portanto nesse caso a resposta está sempre entre 0 e 100. Qualquer coisa acima de 100 diz-lhe que a fórmula foi aplicada a frações em vez de percentagens. O caminho alternativo é saltar as percentagens por completo: multiplique cada contagem bruta pelo seu peso, some os quatro termos e divida uma vez pelo comprimento no fim. Uma divisão é muito mais difícil de errar do que duas, e as contagens vêm diretamente da calculadora de composição de aminoácidos .

Há um caso relacionado que parece uma falha e não é. Uma cadeia sem nenhum dos quatro resíduos contados devolve zero, que é uma resposta aritmética genuína e não uma entrada rejeitada. É também a resposta menos informativa que a página pode dar, porque numa escala onde as proteínas dobradas reais se situam a meio das centenas, um zero descreve uma cadeia construída inteiramente a partir dos resíduos que a fórmula foi definida para ignorar. Comunicá-lo como valor calculado e não como erro é o comportamento certo, e lê-lo como uma pontuação baixa em vez de como uma ausência de resíduos relevantes é o erro.

A correlação por trás dos pesos foi feita entre a composição e o comportamento de fusão de proteínas globares dobradas. Um peptídeo linear curto não se dobra e portanto não tem comportamento de fusão para o índice prever, pelo que a leitura de estabilidade não tem a que se agarrar. O número em si continua a ser um resumo aritmético fiel de quatro percentagens molares. Lê-lo como uma figura de estabilidade para uma cadeia desdobrada é um erro de categoria e não uma pequena imprecisão, e é o erro mais fácil de cometer porque a palavra estabilidade está impressa mesmo ao lado do resultado.

Para além do dobramento, o índice é mudo quanto à carga, e é a carga que governa se uma cadeia se mantém em solução. Dois peptídeos com percentagens idênticas de alanina, valina, isoleucina e leucina podem diferir em todos os resíduos ionizáveis que contêm e obter exatamente o mesmo índice. A fração de resíduos hidrofóbicos conta os resíduos não polares sem ponderação e portanto só se sobrepõe em parte, enquanto o guia sobre a pontuação GRAVY explica porque é que uma média ponderada por resíduo é o resumo que responde de facto a este tipo de alteração. A carga é a variável que mais vezes decide como um peptídeo se comporta em solução, e um índice que não a vê está a responder a uma pergunta mais estreita do que a que normalmente se faz.

O comprimento é invisível de uma maneira que apanha as pessoas. Duas cadeias com composição idêntica pontuam igual por mais longas que sejam, porque as percentagens são as mesmas nos dois casos. Isso é uma consequência direta da definição, e significa que o índice não é um descritor de comprimento. Compará-lo entre cadeias de tamanhos muito diferentes é comparar composição além de tamanho, ou a comparação não é de igual para igual, e uma diferença no resultado pode nada dizer sobre a alteração que se queria provocar.

O resultado é adimensional e não é uma temperatura. Não existe nenhuma conversão publicada de um índice alifático para um ponto de fusão em graus, porque o índice é um coeficiente de regressão aplicado a uma composição e não uma grandeza física. A sua forma útil é uma ordenação: entre cadeias de comprimento e dobramento semelhantes, um valor mais alto fica na extremidade da faixa que estava associada a um comportamento de fusão mais alto nos dados originais. Usado de qualquer outra forma perde o significado, e um número citado sem a composição que lhe está atrás não pode ser verificado por mais ninguém.

Portanto o uso honesto é comparativo e estreito. Calcule-o em duas sequências, veja qual das quatro percentagens mudou de facto, e trate a diferença como um motivo para ir ver outra coisa e não como um resultado em si. Se a pergunta por trás do número é quão hidrofóbica é uma cadeia, a calculadora de GRAVY responde de forma mais direta; se é com que força uma sequência se poderia apoiar contra uma superfície de proteína, o calculadora de índice de Boman foi construído para isso; e se é simplesmente quanto material uma cadeia contém, o trabalho sobre peso molecular é a aritmética relevante.