脂肪族指数计算器

这个指数把四种残基的摩尔百分数按固定权重加起来，其余十六种残基完全不予理会。丙氨酸的权重是一，缬氨酸是 2.9，异亮氨酸和亮氨酸共用 3.9 这个权重。每一个带电残基、每一个极性残基，以及苯丙氨酸、色氨酸和半胱氨酸，对它都是看不见的。这些权重来自原始工作中的一个回归，是系数而不是物理常数，所以它们编码的只是一个在折叠球状蛋白中观察到的关系，不会更宽。这个来源值得记住，因为它固定了这个数字所描述的群体，也正是它决定了解读在哪里就该停住。

一个直接的后果是，这个标度只被喂给它的组成所限制。一条纯丙氨酸链无论多长都恰好得 100 分，因为它的丙氨酸摩尔百分数是 100，而权重是 1。一条三十二残基的链由八个丙氨酸、八个缬氨酸、八个异亮氨酸和八个亮氨酸组成，它得 25 + 2.9 x 25 + 3.9 x 50，也就是 292.5。这个数字没有任何地方是错的；它说明的是，人们熟悉的、给真实蛋白质引用的 60 到 100 这个范围，是这些蛋白质通常如何组成所带来的一种性质，而不是写进这个指数里的一个上限。

在短链上，分母比权重更要紧。四残基链里的一个丙氨酸是 25%，所以 AGDE 得 25 分，这个数字看着令人安心地像一个蛋白质指数，而实际上它只是这条链的丙氨酸占比。把同一个丙氨酸放进一条四十残基的链，它就是 2.5%，于是指数变成 2.5。 肽长度计算器 能告诉你，在解读结果之前自己处在上面两种情形中的哪一种；而在短链上，它才是决定这个数字有多少分量的那个量。

公式定义在摩尔百分数上，也就是计数除以链长再乘以一百，而不是定义在普通分数上。手算时在应该填 25 的地方填上 0.25，算出来的结果会小一百倍，而这个错误完全无声，因为算术里没有任何一步会失败：AGDE 算出来是 0.25 而不是 25，它看上去仍然像一个指数，却错了两个数量级。它之所以能通过复核，是因为错误的答案和正确的答案是同一个形状：一个出现在通常装着小数的字段里的小数。

有一个很快的检查能抓住它。对一条含有丙氨酸而不含另外三种被数残基的链，指数必须恰好等于丙氨酸的摩尔百分数，所以这种情况下答案总在 0 到 100 之间。任何超过 100 的数值都说明公式被套在了分数而不是百分数上。另一条路是完全跳过百分数：把每个原始计数乘以它的权重，把四项加起来，最后只除以一次链长。一次除法比两次难出错得多，而计数可以直接从 氨基酸组成计算器 取到。

还有一个相关情形，看上去像故障，其实不是。一条不含那四种被数残基的链会返回零，这是一个真正的算术答案，而不是一个被拒绝的输入。它同时也是本页能给出的信息量最小的答案，因为在一个真实折叠蛋白位于几百中段的标度上，零描述的是一条完全由公式本就打算忽略的残基构成的链。把它作为算出来的值报出，而不是作为错误报出，才是正确行为；把它读成一个低分，而不是读成相关残基的缺失，才是错误。

权重背后的相关性，是在组成与折叠球状蛋白的熔解行为之间做出的。短线性肽没有折叠，也就没有任何熔解行为可供这个指数预测，所以稳定性这种读法在这里无处附着。数字本身仍然是四个摩尔百分数的忠实算术摘要。把它当成一条未折叠链的稳定性数值来读，属于范畴错误而不是一点点偏差，而且这是最容易犯的错，因为「稳定性」这个词就印在结果旁边。

除了折叠之外，这个指数对电荷保持沉默，而电荷恰恰决定了链是否留在溶液中。两条丙氨酸、缬氨酸、异亮氨酸和亮氨酸百分数完全相同的多肽，可以在它们所含的每一个可电离残基上都不同，而得到完全相同的分数。 疏水残基比例 不加权重地数那些非极性残基，因此只有部分重叠；而 GRAVY 疏水性指南 讲清楚了为什么逐残基的加权平均才是真正会对这类变化作出反应的摘要。电荷是最常决定一条多肽在溶液中如何表现的变量，而一个看不见它的指数，回答的是一个比通常被问到的那个问题更窄的问题。

链长以一种会让人栽跟头的方式隐形。两条组成完全相同的链无论多长都得到相同的分数，因为百分数在两种情形下都相同。这是定义的直接后果，也意味着这个指数不是长度描述量。在长度差别很大的链之间比较它，等于同时在比较组成和长度；否则这个比较就不是同类比较，而结果上的差异可能对你原本想考察的那个改变什么也没说。

结果是无量纲的，它不是温度。不存在从脂肪族指数换算到摄氏度熔点的已发表公式，因为这个指数是套在组成上的回归系数，而不是物理量。它有用的形式是一种排序：在长度相近、折叠情况相近的链之间，较高的值处在原始数据里与较高熔解行为相关的那一端。换任何一种用法它就不再承载意义，而一个不附带组成就被引用的数字，任何人都无法核对。

所以诚实的用法是比较性的，而且范围很窄。在两条序列上各算一次，看看四个百分数里究竟哪一个变了，然后把差值当作一个去别处看看的理由，而不是一个结果本身。如果数字背后的问题是这条链有多疏水， GRAVY 分数计算器 回答得更直接；如果问题是这条序列可能以多强的程度贴在一个蛋白质表面上， Boman 指数 才是为这件事建的；而如果问题只是这条链含有多少材料， 分子量与多肽计算指南 才是相关的那套算术。