Boman 指数计算器

这个方法为二十种残基各取一个已发表的、从水相转入疏水环境的转移自由能，沿着链把它们加起来，再除以链长。它底下的想法是站得住的，而且值得说出来，因为这是一张系数表能够说点什么的唯一理由：一个处在结合界面或处在膜里的残基，已经离开了水，而离开水所要付的自由能代价，是任何相互作用都必须支付的一部分。把二十个逐残基代价加起来，就得到任何链都可以比较的单一数值。

这个数值是什么：它是一个为单一狭窄目的服务的筛选评分，也就是在任何实验开始之前把序列排个先后。它不是一次测量。你的多肽上什么都没有被测过，关于结合、关于效力、关于在任何体系中的效应，这个值都不推出任何结论。它唯一能正当做的事，是把一份候选清单排序，使下一步的力气花在看起来有希望的那一端而不是相反的一端。排序和测量是两种不同的活动，而一旦一个数字带着单位出现在页面上，这个区别最容易丢失。

这份排序的好坏，永远不会超过它背后那张表。那张表里的每一项本身都是拟合或测得的量，各自带自己的条件，而已发表的残基表不止一份。于是两个工具可以对同一条序列给出不同结果，而两者都在正确地套用自己的表，谁也没有坏掉。有产出的做法是去查每个工具用的是哪一张表； 氨基酸组成计算器 在这里能帮上忙，因为它给你原始计数，让你能手工拿其中任何一张表重算一遍。

符号是这里最容易搞错的一件事，因为已发表的表并不是同一个方向。偏好疏水环境的那一侧残基在原始表的一端，色氨酸和苯丙氨酸都在其中，而小的、极性的残基位于零附近，在另一侧。有些来源直接引用那张表，有些来源引用它的相反数，好让更大的数字读作更大的潜力。两种约定都在流通，而同一个底层的量在文献和不同工具里带着相反的符号出现。

实用的规则是机械的而不是化学的。在把本页与别处引用的一个数字比较之前，先确定那个来源用的是哪一种取向，然后比较绝对值。如果某个来源给出 0.4 而这个计算器返回 -0.4，两者是在相反约定下的同一个平均值，完全一致。两个绝对值相等而符号相反的数是一次吻合，不是一次矛盾，而把它们当成冲突，正是正确结果被扔掉的方式。那种情形下两个数都没有错，错的只是比较所用的框架。

第二个检查抓的是单位失误而不是符号失误。因为结果是二十个固定系数的平均值，它必然落在那些系数所覆盖的范围之内，而一个落在该范围之外的数值意味着某个系数被输错了。一个大得离谱的结果几乎总是意味着小数点挪了位置，而把数字统一放在同一套单位里的这个普遍习惯， 取整与精度指南 里有说明，它能在早期抓住这一类错误。这些都不是这个指数特有的；只是它在这里更暴露，因为它的输入是裸数字，而不是解析器已经检查过的量。

对多肽来说，弱点几乎全部来自平均这一步。四残基链上一个残基就是答案的四分之一，所以输出非常接近那一个系数，另外三个几乎没有留下痕迹。一条由两个色氨酸和两个甘氨酸组成的链，返回的就是这两个数值的平均值，此外什么也没有，而它完全没有传达那两个色氨酸彼此相邻这一事实。缩短链条会让这个指数更嘈杂而不是更精确，这与人们对「拿更少的数字做计算」的预期正好相反。先跑一遍 肽长度计算器 是值得的，这样你就知道自己处在哪一种情形。

平均值也彻底丢掉了顺序。同组成的任何排列都给出完全相同的结果，所以一整段疏水残基和同样这些残基散落在一条链上，对它来说是无法分辨的。对一个折叠蛋白来说这是一个还过得去的近似，因为折叠是靠这个指数同样忽略的那些相互作用维系的。对一条接触某个表面的短线性肽来说，每个残基在什么时候、以什么姿态被呈现出来，很可能就是整个问题，而这个指数看不到其中任何一点。一个永久带电的残基与一个在工作 pH 下只有部分电离的残基，在这里看起来完全一样； 电荷-pH曲线计算器 是把它们分开的那一页。

这个分数与任何实验结果之间的距离，就是这个分数不是的东西的全部。它无法告诉你一条序列是否与某个特定靶标相互作用、作用有多强、或在什么条件下相互作用，而且它对一条多肽在生命系统中做什么完全没有信息。它能做的是把一组序列放进一个站得住脚的顺序里，让筛选有一个起点。把输出读成一个滤网，把从中得出的任何结论读成又一个仍待检验的假设。

如果你想要的是同一套化学的真正独立的一种看法，而不是同一张表的第二次阅读， GRAVY 分数计算器 用一个来自不同观测的疏水尺度给每个残基加权，而 Kyte-Doolittle 疏水性指南 解释那个尺度从哪里来。 疏水残基比例 给出同一条链的第三种看法，完全不加权重。当三个彼此独立的摘要互相矛盾时，这个矛盾本身就是信息，它比任何单独的分数都更值得花注意力。一组全都朝同一个方向倾斜的度量，仍然是对同一个假设的三次估计，而不是对它的三次确认。