বোমান সূচক ক্যালকুলেটর

পদ্ধতিটি বিশটি অবশিষ্টের প্রতিটির জন্য প্রকাশিত স্থানান্তর মুক্ত শক্তি নেয়, যা জল থেকে হাইড্রোফোবিক পরিবেশে যাওয়ার জন্য দেওয়া আছে, শৃঙ্খল যতদূর বিস্তৃত ততটা পর্যন্ত সেই বিশটি সংখ্যা জোড়া করে, আর দৈর্ঘ্যে ভাগ করে। নিচের ধারণাটি যুক্তিসঙ্গত আর বলার যোগ্য, কারণ গুণাঙ্কের একটি সারণি কোনো কিছু বলতে পারার একমাত্র কারণ এটাই: বাঁধনের আন্তরভাগে বা ঝিল্লিতে বসে থাকা একটি অবশিষ্ট জল ছেড়ে এসেছে, আর জল ছাড়ার মুক্ত শক্তির খরচ যেকোনো অন্তঃক্রিয়াকে দিতেই হয়। বিশটি প্রতি অবশিষ্ট খরচ জোড়া করলে যেকোনো শৃঙ্খলের জন্য একটি তুলনাযোগ্য সংখ্যা পাওয়া যায়।

এই সংখ্যাটি আসলে একটি ছাঁকন স্কোর, একটি সরু উদ্দেশ্যে, অর্থাৎ কোনো পরীক্ষা চালানোর আগে অনুক্রমগুলোকে একটি ক্রমে সাজানো। এটি কোনো মাপ নয়। আপনার পেপটাইডের ওপর কিছুই মাপা হয়নি, আর এই মান থেকে বন্ধন, কার্যকারিতা বা কোনো ব্যবস্থার কোনো প্রভাব সম্পর্কে কোনো দাবিই আসে না। এটি বৈধভাবে যেটুকু করতে পারে তা হলো প্রার্থীদের একটি তালিকা সাজিয়ে দেওয়া, যাতে পরের ধাপের প্রচেষ্টা উন্নত দিকে ব্যয় হয় উল্টো দিকে নয়। স্থানানুক্রম করা আর মাপা ভিন্ন কাজ, আর একটি একক লাগানো একটি পাতায় সংখ্যা দেখা শুরু করলেই এই পার্থক্যটি সবচেয়ে সহজে হারিয়ে যায়।

স্থানানুক্রম ততটাই ভালো যতটা পেছনের সারণি। সেই সারণির প্রতিটি ভুরিই নিজেই একটি ফিট করা বা মাপা পরিমাণ, যার সঙ্গে নিজস্ব শর্ত যুক্ত, আর একাধিক প্রকাশিত অবশিষ্ট সারণি আছে। তাই দুটি হাতিয়ার একই অনুক্রম নিয়ে অসম্মত হতে পারে, অথচ দুটোই নিজ নিজ সারণি সঠিকভাবে প্রয়োগ করছে, আর কোনোটিই ত্রুটিপূর্ণ নয়। অসম্মতিকে উৎপাদকভাবে গোনার উপায় হলো দেখে নেওয়া প্রতিটি হাতিয়ার কোন সারণি ব্যবহার করেছে, আর অ্যামিনো অ্যাসিড রচনা ক্যালকুলেটর সেটিতে সাহায্য করে, কারণ এটি কাঁচা গোনাগুলো দেয় যা দিয়ে হাতে যেকোনো একটির বিপরীতে নতুন করে হিসাব করা যায়।

চিহ্নটি এখানে সবচেয়ে সহজে ভুল হওয়া জিনিস, কারণ প্রকাশিত সারণিগুলো সব একই দিকে চলে না। যে অবশিষ্টগুলো হাইড্রোফোবিক পরিবেশ পছন্দ করে তারা মূল সারণির একটি প্রান্তে বসে, ট্রিপটোফ্যান আর ফিনাইলঅ্যালানিন তাদের মধ্যে, আর ছোট ও পোলার অবশিষ্টগুলো শূন্যের কাছাকাছি বা তার বিপরীত দিকে বসে। কিছু উৎস সেই সারণি সরাসরি উদ্ধৃত করে, আর কিছু তার ঋণাত্মক মান উদ্ধৃত করে যাতে বড় সংখ্যাটি মাথা হিসেবে বেশি সম্ভাবনা পড়ে। দুটি ধারাই প্রচলিত, আর একই অন্তর্নিহিত পরিমাণ সাহিত্যে ও ভিন্ন ভিন্ন হাতিয়ারে বিপরীত চিহ্নসহ দেখা যায়।

ব্যবহারিক নিয়মটি রাসায়নিক নয়, যান্ত্রিক। অন্য কোথাও উদ্ধৃত কোনো সংখ্যার সঙ্গে এই পাতা তুলনা করার আগে নির্ধারণ করুন সেই উৎস কোন দিকটি ব্যবহার করে, তারপর পরিমাণ তুলনা করুন। কোনো উৎস যদি 0.4 উদ্ধৃত করে আর এই ক্যালকুলেটর -0.4 ফেরত দেয়, তাহলে দুটি বিপরীত ধারার নিচে একই গড়, আর তারা হুবহু মেলে। সমান পরিমাণ আর বিপরীত চিহ্নের দুটি সংখ্যা একটি মিল, দ্বন্দ্ব নয়, আর সেগুলোকে দ্বন্দ্ব ভাবাই সঠিক ফলাফল ফেলে দেওয়ার পথ। সেই ক্ষেত্রে কোনো সংখ্যাই ভুল নয়; শুধু তুলনাটি ভুল কাঠামোতে করা হয়েছিল।

একটি দ্বিতীয় যাচাই চিহ্নের ভুল নয়, এককের ভুল ধরে। যেহেতু ফলাফলটি বিশটি নির্দিষ্ট গুণাঙ্কের গড়, তাই এটি অবশ্যই সেই গুণাঙ্কগুলো যে পরিসরে বিস্তৃত তার ভেতরে থাকতে হবে, আর সেই পরিসরের বাইরের কোনো সংখ্যা মানে কোনো গুণাঙ্ক ভুলভাবে বসানো হয়েছে। অতিরিক্ত বড় ফলাফল প্রায় সবসময় মানে দশমিক বিন্দু এক জায়গা সরে গেছে, আর গোল করা ও ছোট আয়তনের নিভুলতার নির্দেশিকা যে সামগ্রিক অভ্যাস বলছে সেটি, সব মান একই ধারাবাহিক এককে রাখা, এই ধরনের ভুল তাড়াতাড়ি ধরে ফেলে। এর কোনোটিই এই ইনডেক্সের বিশেষত্ব নয়; এটি কেবল এখানে বেশি প্রকাশ পায়, কারণ ইনপুতগুলো নগ্ন সংখ্যা, এমন পরিমাণ নয় যা একটি পার্সার আগেই যাচাই করে নিয়েছে।

একটি পেপটাইডের ক্ষেত্রে দুর্বলতার প্রায় সবটুকুই আসে গড় করা থেকে। চার অবশিষ্টের শৃঙ্খলে একটি অবশিষ্ট উত্তরের এক চতুর্থাংশ, তাই ফলাফল সেই একক গুণাঙ্কের খুব কাছাকাছি থাকে আর বাকি তিনটি প্রায় লেখা পড়া যায় না। দুটি ট্রিপটোফ্যান আর দুটি গ্লিসিনের একটি শৃঙ্খল সেই দুটি মানের গড়ই ফেরত দেয়, আর আর কিছু নয়, আর এটি একটি তথ্য জানায় না যে দুটি ট্রিপটোফ্যান পরস্পরের পাশাপাশি বসে আছে। শৃঙ্খল ছোট করলে ইনডেক্স আরও নিভুল হয় না, বরং আরও নয়েজযুক্ত হয়, যা কম সংখ্যার ওপর হিসাব করার সময় মানুষ যা আশা করে তার ঠিক উল্টো। পেপটাইড দৈর্ঘ্য ক্যালকুলেটর আগে চালানো ভালো, যাতে আপনি জানেন কোন শ্রেণির ক্ষেত্রে আছেন।

গড় করা ক্রমকেও পুরোপুরি ফেলে দেয়। একই রচনার যেকোনো বিন্যাস ঠিক একই ফলাফল দেয়, তাই একটানা হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টের একটি ব্লক আর একই অবশিষ্ট শৃঙ্খল বেশি-বেশি ছড়িয়ে রাখা, এই দুটি তার কাছে অবিচ্ছিন্ন। একটি ভাঁজ হওয়া প্রোটিনের ক্ষেত্রে এটি একটি সহ্যযোগ্য অনুমান, কারণ ভাঁজটি এমন অন্তঃক্রিয়াগুলো দিয়ে ধরে রাখা হয় যেগুলো ইনডেক্সও উপেক্ষা করে। কোনো পৃষ্ঠতলের সঙ্গে সংসর্শে থাকা ছোট রৈখিক পেপটাইডের ক্ষেত্রে প্রতিটি অবশিষ্ট কখন আর কোথায় উপস্থাপিত হচ্ছে সম্ভবত পুরো প্রশ্নটিই, আর ইনডেক্স এর একেবারেক কিছু দেখতে পায় না। যে অবশিষ্ট স্থায়ীভাবে আয়নীভূত আর কাজের পিএইচে কেবল আংশিকভাবে আয়নীভূত, এখানে দুটি একই দেখায়; চার্জ বনাম পিএইচ ক্যালকুলেটর সেই পাতাটিই যেখানে এরা আলাদা হয়।

এই স্কোর আর কোনো পরীক্ষামূলক ফলাফলের মধ্যে যে দূরত্ব, তা-ই এই স্কোর যা নয় তার সম্পূর্ণ ব্যাখ্যা। এটি আপনাকে বলতে পারে না একটি অনুক্রম কোনো নির্দিষ্ট লক্ষ্যের সঙ্গে অন্তঃক্রিয়া করে কি না, কতটা শক্তিশালীভাবে, বা কোন শর্তে, আর একটি জীবন্ত ব্যবস্থায় একটি পেপটাইড কী করে সে সম্পর্কে এটি একেবারেক কোনো তথ্য বহন করে না। এটি যা করতে পারে তা হলো একটি সম্ভাব্য বিন্যাসে কয়েকটি অনুক্রমকে এমন একটি ক্রমে বসানো, যাতে ছাঁকনের ধাপের একটি শুরুর জায়গা থাকে। ফলাফলটিকে একটি ছাঁকন হিসেবে পড়ুন, আর সেখান থেকে যা সিদ্ধান্তে পৌঁছান তাকে আরেকটি অনুমান হিসেবে পড়ুন, যা এখনো পরীক্ষা করতে হবে।

যদি একই রসায়নের একটি সত্যিকারের স্বাধীন দৃষ্টি চান, একই সারণির দ্বিতীয় পাঠ নয়, তাহলে GRAVY স্কোর ক্যালকুলেটর প্রতিটি অবশিষ্টকে ভিন্ন পর্যবেক্ষণ থেকে নেওয়া একটি হাইড্রোপ্যাথি স্কেলে ওজন দেয়, আর GRAVY স্কোর ও কাইট-ডুলিট হাইড্রোফোবিসিটির নির্দেশিকা ব্যাখ্যা করে সেই স্কেল কোথা থেকে আসে। হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টের ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর একই শৃঙ্খলের তৃতীয়, সম্পূর্ণ ওজনহীন দৃষ্টি দেয়। তিনটি স্বাধীন সারসংক্ষেপ যখন একে অপরের সঙ্গে অসম্মত হয়, সেই অসম্মতিই তথ্য, আর একটিমাত্র স্কোরের চেয়ে এটি মনোযোগের অনেক ভালো ব্যবহার। যে সব মাপ একই দিকে হেলে যায়, সেগুলো একটি অনুমানের তিনটি অনুমান মাত্র, তিনটি সত্যায়ন নয়।