GRAVY (Grand Average of Hydropathy) একটি একক সংখ্যা যা পেপটাইড সিকোয়েন্সের সামগ্রিক হাইড্রোফোবিক (পানি-বিকর্ষী) বা হাইড্রোফিলিক (পানি-আকর্ষী) চরিত্র নির্দেশ করে। এটি সিকোয়েন্সের প্রতিটি অ্যামিনো অ্যাসিডের কাইট-ডুলিটল হাইড্রেপ্যাথি মানের গড় নিয়ে গণনা করা হয়; ধনাত্মক ফল হাইড্রোফোবিক এবং ঋণাত্মক ফল হাইড্রোফিলিক চরিত্র বোঝায়।
কাইট-ডুলিটল স্কেল
১৯৮২ সালে কাইট এবং ডুলিটল ২০টি অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য হাইড্রেপ্যাথি মান প্রকাশ করেন। ধনাত্মক মান হাইড্রোফোবিক নির্দেশ করে (আইসোলিউসিন +৪.৫, ভ্যালিন +৪.২) এবং ঋণাত্মক মান হাইড্রোফিলিক নির্দেশ করে (আর্জিনিন -৪.৫, লাইসিন -৩.৯)।
GRAVY স্কোর কীভাবে হিসাব করা হয়
GRAVY = সমস্ত অ্যামিনো অ্যাসিডের কাইট-ডুলিটল মানের যোগফল / মোট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যাGRAVY হাইড্রোফোবিসিটি ক্যালকুলেটর এই গড় হিসাব করে। ধনাত্মক ফল হাইড্রোফোবিক এবং ঋণাত্মক ফল হাইড্রোফিলিক চরিত্র বোঝায়।
রাসায়নিক শ্রেণিভিত্তিক অনুপাত
হাইড্রোফোবিক রেসিডিউ ফ্র্যাকশন ক্যালকুলেটর নন-পোলার ও অ্যারোমেটিক অংশের শতাংশ হিসাব করে। পোলার রেসিডিউ ফ্র্যাকশন ক্যালকুলেটর পোলার অংশের অনুপাত নির্ণয় করে।
অ্যালিফ্যাটিক ইনডেক্স: তাপীয় স্থিতিশীলতা
ইকাই (১৯৮০) প্রবর্তিত অ্যালিফ্যাটিক ইনডেক্স চারটি অ্যামিনো অ্যাসিডের আয়তন বিবেচনা করে:
অ্যালিফ্যাটিক ইনডেক্স = %Ala + ২.৯ x %Val + ৩.৯ x (%Ile + %Leu)অ্যালিফ্যাটিক ইনডেক্স ক্যালকুলেটর থার্মোস্ট্যাবিলিটির সূচক হিসেবে এটি ব্যবহার করে।
বোম্যান ইনডেক্স: প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া ক্ষমতা
বোম্যান (২০০৩) ইনডেক্স গাই (১৯৮৫) স্কেলের ওপর ভিত্তি করে গণনা করা হয়:
বোম্যান ইনডেক্স = প্রতি অ্যামিনো অ্যাসিডের স্থানান্তর মুক্ত শক্তির গড়বোম্যান ইনডেক্স ক্যালকুলেটর প্রোটিন বাইন্ডিং প্রবণতা মূল্যায়ন করে।
সংক্ষেপে, GRAVY স্কোর = কাইট-ডুলিটল মানের সমষ্টি ভাগ মোট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা, এবং এই একক সংখ্যাটিই একটি পেপটাইডের সামগ্রিক হাইড্রোফোবিসিটি বোঝায়।
বৈজ্ঞানিক তথ্যসূত্র ও সাইটেশন
- Kyte, J., & Doolittle, R. F. (1982). A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. Journal of Molecular Biology, 157(1), 105-132. PubMed PMID: 7108955. মূল GRAVY অ্যালগরিদম।
- Ikai, A. (1980). Thermostability and aliphatic index of globular proteins. Journal of Biochemistry, 88(6), 1895-1898. PubMed PMID: 7462208. অ্যালিফ্যাটিক ইনডেক্স সংজ্ঞা।
- Boman, H. G. (2003). Antibacterial peptides: basic facts and emerging concepts. Journal of Internal Medicine, 254(3), 197-215. PubMed PMID: 12930229. বোম্যান প্রোটিন-ইন্টারেকশন ইনডেক্স।
- Guy, H. R. (1985). Calculating and displaying the hydrophobicity of amino acid sequences. Biophysical Journal, 47(1), 61-70. PubMed PMID: 3978203. পানি-অক্টানল স্থানান্তর শক্তি।