GRAVY হাইড্রোফোবিসিটি ক্যালকুলেটর

একটি সাধারণ গাণিতিক গড়ের একটি সুবিধাজনক ফল আর একটি বিপজ্জনক ফল আছে। সুবিধাজনক ফল হলো দীর্ঘ শৃঙ্খল কেবল লম্বা হওয়ার কারণে ছোট শৃঙ্খলের চেয়ে বেশি হাইড্রোফোবিক নয়। অবস্থান বা পরিবেশ যাই হোক, প্রতিটি অবশিষ্টাংশ একই ওজন বহন করে। বিপজ্জনক ফল হলো গড়ের কোনো ক্রমের স্মৃতি নেই। যে শৃঙ্খলের প্রথম তৃতীয়াংশ শক্তিশালী হাইড্রোফোবিক আর বাকি অংশ শক্তিশালী হাইড্রোফিলিক, তার স্কোর হুবহু একই থাকে অবশিষ্টাংশ বদলাতে এমন শৃঙ্খলের সঙ্গে, আর দুটি অণু পানির সামনে সম্পূর্ণ ভিন্ন পৃষ্ঠতল উপস্থাপন করে।

Kyte-Doolittle মানগুলো মাপা শক্তি নয়, ক্রমের বিচার, যেটাই এদের ওপর গড় নেওয়াকে প্রথম থেকেই যুক্তিসঙ্গত করে। এগুলো এমনভাবে নির্ধারিত হয়েছে যে স্কেলটি এক প্রান্তে শক্তিশালী হাইড্রোফিলিক থেকে শুরু করে অন্য প্রান্তে শক্তিশালী হাইড্রোফোবিকে শেষ হয়, আর সংজ্ঞা অনুযায়ী এরা শূন্যের ওপর প্রতিসম। এগুলোকে অবশিষ্টাংশের আচরণের একটি ক্রম হিসেবে দেখা যুক্তিসঙ্গত। এ থেকে বের হওয়া গড়কে মুক্ত শক্তি, দ্রবণীয়তা বা বণ্টন সহগ হিসেবে দেখা যুক্তিসঙ্গত নয়, আর GRAVY স্কোর এবং কাইট-ডুলিটল হাইড্রোফোবিসিটি স্পষ্ট করে বলে সূচকটি কোথায় অর্থহীন হয়ে যায়।

একটি একক বিস্থাপন স্কোরকে কতটা নড়াতে পারে, তা অনুমান না করে হিসাব করে দেখা ভালো। Kyte-Doolittle স্কেল এক প্রান্ত থেকে অন্যটি পর্যন্ত নয় একক বিস্তৃত, তাই একটি অবশিষ্টাংশের বদলে বসানো যোগকে সর্বোচ্চ সেই পরিমাণে নড়াতে পারে। দৈর্ঘ্য দিয়ে ভাগ করলে একটি অবশিষ্টাংশের সবচেয়ে বড় প্রভাব নয় ভাগ n: চার অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খলে দুইয়ের একটু বেশি, আর চল্লিশ অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খলে এক চতুর্থাংশ। তাই দীর্ঘ শৃঙ্খলে একটি বিস্থাপন স্কোরে সামান্য পরিবর্তন, আর ভিন্ন হওয়ার জন্যই বেছে নেওয়া দুটি অনুক্রমের পার্থক্য সাধারণত তার কয়েকগুণ বড়।

সেই অসমতাই হস্তক্ষেপে GRAVY-কে কোনো অনুক্রম পরিমাপ করার নয়, বরং সাজানোর একটি উপায় হিসেবে দেখার প্রকৃত যুক্তি। দীর্ঘ পেপটাইডের দুটি সংস্করণের মধ্যে জানানো 0.1 পরিবর্তন প্রায় কখনোই মজার পার্থক্য নয়। চিহ্ন বদলানো, বা 1 বা তার বেশি স্থানান্তর, সেটাই। বোমান সূচক ক্যালকুলেটর ভিন্ন সহগের সারণি থেকে একই কথাটি বলে, আর অ্যালিফ্যাটিক সূচক ক্যালকুলেটর বিশয়ের বদলে চারটি অবশিষ্টাংশ দিয়ে সেটি আবার বলে।

গড়ের সবচেয়ে স্পষ্ট ব্যর্থতা হলো উভমুখী হেলিক্স। একটি অ্যালফা হেলিক্সে প্রতি টার্নে প্রায় 3.6টি অবশিষ্টাংশ থাকে, তাই তিন বা চার অবস্থান দূরে থাকা অবশিষ্টাংশগুলো মোটামুটি একই মুখে পড়ে। ওই ব্যবধানে হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টাংশ আর অন্যগুলোতে পোলার অবশিষ্টাংশ দিয়ে তৈরি হেলিক্স সত্যিই শক্তিশালীভাবে উভমুখী: একটি মুখ জলের সঙ্গে মিথ্যা করে, অন্যটি করে না। শৃঙ্খলের ওপর গড়ালে অবশিষ্টাংশের দুটি সেট পরস্পরকে প্রতিসম করে, আর একেবারেই উভমুখী একটি পেপটাইডের স্কোর খুব কাছাকাছি শূন্যে বসতে পারে।

হিসাবে কোনো ভুল নেই। গড়কে এমন একটি প্রশ্ন করা হচ্ছে যার উত্তর সে দিতে পারে না, অর্থাৎ একটি অবশিষ্টাংশের গড় আচরণ কী, সেই বদলে সেই অবশিষ্টাংশগুলো স্থানে কীভাবে সাজানো। ভাঁজানো একটি গোলাকার প্রোটিনের ক্ষেত্রে গড় একটি যুক্তিসঙ্গত সংক্ষিপ্ত রূপ, কারণ কবরিত অংশগুলো গঠনের সবচেয়ে ছড়ানো। ছোট একটি রেখা পেপটাইডের ক্ষেত্রে এটি একটি অনুমান-ভিত্তিক নিয়ম। প্রশ্নটি শৃঙ্খলের কতটা রাসায়নিকভাবে নন-পোলার, তা হলে গণনাই ভালো হাতিয়ার, আর হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর কিছুই গড়ে না ফেলে তার উত্তর দেয়।

হুবহু পড়লে, GRAVY স্কোর একটি কথা বলে: উপস্থিত অবশিষ্টাংশগুলোর সারণিতে দেওয়া হাইড্রোপ্যাথি মানের গড়। শূন্যের ওপরে গড় অবশিষ্টাংশ একটি নন-পোলার পরিবেশ পছন্দ করে, আর শূন্যের নিচে জল পছন্দ করে। এটি ফলাফলের একটি সম্পূর্ণ আর নিখুঁত বর্ণনা, আর এটিকে এত ছোটই রাখা ভালো, কারণ এর ওপর স্তূপ করা প্রতিটি বড় ব্যাখ্যা এমন একটি অনুমান যা হিসাবটি করে না।

বিশেষ করে এটি সন্দর্ধনা হিসেবে দ্রবণীয়তা সম্পর্কে কিছু বলে না, একত্রীভবন সম্পর্কে কিছু না, বন্ধন সম্পর্কে কিছু না, আর গঠন সম্পর্কেও কিছু না। হুবহু একই স্কোরের দুটি পেপটাইড এর প্রতিটিতেই ভিন্ন হতে পারে। যখন কোনো অনুক্রমের বৈশিষ্ট্যকে অন্য গঠন-বর্ণনার সঙ্গে মিলিয়ে দেখতে হয়, তখন চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ সাধারণত সেটিই যা ব্যাখ্যা বদলে দেয়, কারণ মাঝারি pH-তে পানিতে আচরণ যা নিয়ন্ত্রণ করে সেটি গড় হাইড্রোফোবিকতা নয়, চার্জ। এর সবকিছুতেই দৈর্ঘ্য হলো হর, আর পেপটাইড দৈর্ঘ্য ক্যালকুলেটর সেই সংখ্যাটি স্থির করে।