চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর

এই পাতার সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ পার্থক্য হলো চার্জ বহন করতে পারে এমন অবশিষ্টাংশের গণনা আর চার্জ নিজের মধ্যে। প্রথমটি একটি পূর্ণসংখ্যা ভাগ করা দৈর্ঘ্যে। দ্বিতীয়টি চিহ্নযুক্ত, ভগ্নাংশ, আর pH-এর একটি ফলাফল। এই গণনায় একটি শৃঙ্খল পঞ্চাশ শতাংশ চার্জযুক্ত হতে পারে আর নেট ধনাত্মক, নেট ঋণাত্মক, বা প্রায় সম্পূর্ণ নিরপেক্ষ হতে পারে, সম্পূর্ণ নির্ভর করে কোন ধরনগুলো উপস্থিত তার ওপর। নেট চার্জ ক্যালকুলেটর চিহ্নযুক্ত সংখ্যাটি ফেরত দেয়, আর দুটি ভিন্ন প্রশ্নের উত্তর দেওয়া কোনোটিরই ত্রুটি নয়।

গণনাটি শৃঙ্খলের একটি অনুপাত আর কোনো একক বহন করে না। এটি বর্ণনা করে অনুক্রমের কতটা বৈদ্যুতিকীয় মিথ্যার জন্য প্রস্তুত, যা জানার একটি বাস্তব ও কাজের বিষয়, আর এটি সেই মিথ্যার দিক, নির্দিষ্ট কোনো pH-তে তার পরিমাণ, বা গ্রুপগুলো কীভাবে সাজানো তা সম্পর্কে কিছুই বলে না। অবস্থানের ওপর কোনো গণনা থেকে চিহ্ন ফিরিয়ে আনা যায় না, কারণ চিহ্ন নির্ভর করে কোন সাইড চেইনের ধরন উপস্থিত তার ওপর, তাদের সংখ্যার ওপর নয়।

এখানে হিস্টিডিনকে একটি সম্পূর্ণ চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশ হিসেবে গোনা হয়, আর এই সংখ্যা আর মডেল করা চার্জের মধ্যে অসঙ্গতির সবচেয়ে বড় একক উৎস এটিই। এই সাইটে ব্যবহৃত সারণিতে তার সাইড চেইনের pKa 6.0-এ বসে আছে, আর pH 7-এ প্রকৃতপক্ষে যে ভগ্নাংশটি প্রোটোনযুক্ত তা এক ভাগ, অর্থাৎ একটির সঙ্গে দশ-এর যোগ, যা প্রায় নয় শতাংশ। তাই একটি হিস্টিডিন এই গণনায় একটি যোগ করে আর নিরপেক্ষ pH-তে চার্জে প্রায় 0.09, আর দুটি সংখ্যার মধ্যের ফারাক ছোট নয়।

অসমতাটি সরাসরি বলা উচিত, কারণ শ্রেণীবিভাগে এটি একদিকে চলে। এখানে চার্জযুক্ত হিসেবে গোনা অন্য কোনো অবশিষ্টাংশ হিস্টিডিনের মতো বেশি গোনা হয় না, কারণ কাজের বেশিরভাগ পরিসরে অ্যাসিডিক আর শক্তিশালী বেসিক গ্রুপ সত্যিই প্রায় একটিমাত্র অবস্থার কাছাকাছি থাকে। তাই একটি ছোট অ্যাসিডিক শৃঙ্খল এমন গণনা ও চার্জ দেয় যেগুলো যুক্তিসঙ্গতভাবে মেলে, কিন্তু হিস্টিডিনের ওপর নির্ভরশীল শৃঙ্খল দেয় না। পেপটাইড নেট চার্জ ও pH: হেন্ডারসন-হ্যাসেলবালখ প্রতি গ্রুপের হিসাব সামলায়, আর চার্জ বনাম pH বক্র ক্যালকুলেটর দেখায় নিজের pKa-র কাছে বসা একটি গ্রুপ কতটা নড়াতে পারে।

কোনো প্রান্তীয় গ্রুপই এই শতাংশে আসে না, আর ছোট পেপটাইডের ক্ষেত্রে বাদ পড়াটি বড়। দুটি অ্যাসিডিক সাইড চেইনসহ একটি চার অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খল এই গণনায় পঞ্চাশ শতাংশ চার্জযুক্ত, কিন্তু অণুটিতে আসলে চারটি আয়নযোগ্য গ্রুপ আছে: দুটি সাইড চেইন আর একটি বেসিক N-প্রান্ত ও একটি অ্যাসিডিক C-প্রান্ত। তাই আয়নযোগ্য অবস্থানের প্রকৃত ভগ্নাংশ পঞ্চাশের বদলে একশো শতাংশ, আর পুরো অসঙ্গতিটি দুই প্রান্তেই।

প্রান্ত দুটি একই সঙ্গে সবচেয়ে সহজে সরানো যায় এমন গ্রুপ আর সবচেয়ে বড়। একটি প্রান্তের অ্যামিডেশন বা অ্যাসিটাইলেশন পুরো একটি চার্জ সরায়, যা ছোট শৃঙ্খলে স্বচ্ছন্দলে দ্রবণীয় পেপটাইড আর যে পেপটাইডের প্রায় আধা বৈদ্যুতিকীয় সমর্থন বাকি, এর মধ্যে পার্থক্য হতে পারে। টার্মিনাল পরিবর্তন ক্যালকুলেটর ভরের পরিবর্তন দেয়, আর চার্জের ওপর এর প্রভাব বের হয় নেট চার্জের পাতায় , কারণ সেখানে দুই প্রান্তই স্বয়ংক্রিয়ভাবে গোনা হয়।

চারটির মধ্যে একটি সংখ্যা হিসেবে ধরলে, চার্জযুক্ত ভগ্নাংশ সবচেয়ে বেশি কাজে লাগে একটি অনুক্রমকে গণনাভিত্তিক দৃষ্টির দুই মেরুর মাঝে বসাতে। উঁচু চার্জযুক্ত ভগ্নাংশের সঙ্গে উঁচু পোলার ভগ্নাংশ মানে এমন একটি পেপটাইড যা মূলত চার্জ আর সাইড চেইনের হাইড্রোজেন বন্ধনে পানিতে থেকে থাকে। উঁচু চার্জযুক্ত ভগ্নাংশের সঙ্গে কম পোলার ভগ্নাংশ মানে এমন একটি যার পানিতে আচরণে প্রায় নেই এমন সহযোগিতামূলক হাইড্রোজেন বন্ধনের সঙ্গে বৈদ্যুতিকীয়তাই আধিপত্য বহন করে, আর নিরপেক্ষ পৃষ্ঠতলের সঙ্গে বাঁধতে হয় এমন যেকোনো কিছুর জন্য এই দুটির ইঙ্গিত ভিন্ন।

শ্রেণিগুলো পরিষ্কারভাবে নয়, প্রথার মাধ্যমে পরস্পর-ওপর-বাড়ানো, তাই চারটি শতাংশের যোগ একশো হওয়ার কথা নয়। টাইরোসিন তিনটির অন্তর্ভুক্ত, হিস্টিডিন চার্জযুক্ত তালিকায় এমন রূপে আছে যা তাকে বাড়িয়ে দেখায়, আর পোলার অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর সেই সঙ্গী যা হাইড্রোজেন বন্ধনের দিকটি পূরণ করে। গণনার বদলে pH-নির্ভরতার একটি সারসংক্ষেপ চাইলে, আইসোইলেকট্রিক পয়েন্ট (pI) ক্যালকুলেটর সেই pH ফেরত দেয় যেখানে এই গণনা যে চার্জ দিতে পারে না তা শূন্যের ওপর দিয়ে যায়।