Calculadora de fraccion de residuos cargados

La distinción más consecuente de esta página es entre un recuento de residuos que pueden llevar carga y la carga misma. El primero es un número entero dividido entre una longitud. El segundo tiene signo, es fraccionario y es función del pH. Una cadena puede ser un cincuenta por ciento cargada según este recuento y ser neta positiva, neta negativa o casi neutra, dependiendo enteramente de qué tipos estén presentes. La calculadora de carga neta devuelve el número con signo, y que las dos respondan a preguntas distintas no es un defecto de ninguna.

El recuento es una proporción de la cadena y no lleva unidad. Describe cuánto de la secuencia está equipada para la interacción electrostática, que es algo real y útil de saber, y no dice nada sobre la dirección de esa interacción, su magnitud a un pH concreto, ni sobre cómo están dispuestos los grupos. Nada en un recuento de posiciones puede recuperar un signo, porque el signo depende de qué tipos de cadena lateral hay presentes y no de cuántos hay.

La histidina se cuenta aquí como un residuo totalmente cargado, y esa es la mayor fuente individual de discrepancia entre esta cifra y la carga modelada. Su pKa de cadena lateral en la tabla que usa este sitio está en 6.0, y a un pH de 7 la fracción que está realmente protonada es uno dividido entre uno más diez elevado a uno, que es alrededor de un nueve por ciento. Una histidina aporta por tanto uno a este recuento y aproximadamente 0.09 a una carga a pH neutro, y la distancia entre esos dos números no es pequeña.

La asimetría merece enunciarse claramente porque en la clasificación corre en una sola dirección. Ningún otro residuo contado como cargado aquí se sobrecuenta tanto como la histidina, ya que los grupos ácidos y los fuertemente básicos están realmente casi por completo en un estado a lo largo de la mayor parte del rango de trabajo. Por eso una cadena ácida corta da un recuento y una carga que concuerdan razonablemente bien, mientras que una cadena que depende de la histidina no. La guía sobre carga neta y Henderson-Hasselbalch expone la aritmética por grupo, y la calculadora de carga frente al pH enseña cuánto puede moverse un grupo situado cerca de su pKa.

Ninguno de los dos grupos terminales aparece en este porcentaje, y para un péptido corto esa omisión es grande. Una cadena de cuatro residuos con dos cadenas laterales ácidas es un cincuenta por ciento cargada según este recuento, mientras que la molécula contiene en realidad cuatro grupos ionizables: las dos cadenas laterales más un extremo N básico y un extremo C ácido. La verdadera fracción de posiciones ionizables es por tanto cien por ciento y no cincuenta, y toda la discrepancia está en los dos extremos.

Los extremos son además los grupos más fáciles de quitar y los más grandes que hay. La amidación o la acetilación de un extremo elimina una carga entera, lo que en una cadena corta puede ser la diferencia entre un péptido cómodamente soluble y otro con la mitad del apoyo electrostático que parecía tener. La calculadora de modificación terminal da el cambio de masa, y la aritmética de la página de carga neta es donde se calcula de verdad la consecuencia para la carga, porque allí los dos extremos se cuentan automáticamente.

Tratada como un número entre cuatro, la fracción cargada es sobre todo útil para colocar una secuencia entre los dos polos de la visión basada en recuentos. Una fracción cargada alta junto a una fracción polar alta es un péptido que se mantiene en el agua sobre todo por la carga y por los puentes de hidrógeno de sus cadenas laterales. Una fracción cargada alta junto a una fracción polar baja es un péptido cuyo comportamiento en el agua lo dominan la electrostática con muy poco enlace de hidrógeno cooperativo, y esas dos situaciones tienen implicaciones distintas para cualquier cosa que tenga que unirse a una superficie neutra.

Las clases se solapan por convención y no de forma limpia, y por eso los cuatro porcentajes no están pensados para sumar cien. La tirosina pertenece a tres de ellas, la histidina a la lista de cargados en una forma que la sobreestima, y la calculadora de fracción de residuos polares es la compañera que rellena el lado del enlace de hidrógeno. Donde lo que se quiere es un resumen de la dependencia con el pH y no un recuento, la calculadora del punto isoeléctrico devuelve el pH al que la carga que este recuento no puede darte pasa por cero.