Calculadora de fracao de residuos carregados

A distinção mais consequente desta página é entre uma contagem de resíduos que podem transportar carga e a própria carga. A primeira é um número inteiro dividido por um comprimento. A segunda tem sinal, é fracionária, e é uma função do pH. Uma cadeia pode ser cinquenta por cento carregada por esta contagem e ser globalmente positiva, globalmente negativa, ou quase neutra, dependendo inteiramente de quais os tipos presentes. A calculadora de carga líquida devolve o número com sinal, e o facto de as duas responderem a perguntas diferentes não é um defeito de nenhuma delas.

A contagem é uma proporção da cadeia e não tem unidade. Descreve quanto da sequência está equipada para a interação eletrostática, o que é uma coisa real e útil de saber, e não diz nada sobre a direção dessa interação, sobre a sua magnitude num pH particular, ou sobre como os grupos estão dispostos. Nada numa contagem sobre posições consegue recuperar um sinal, porque o sinal depende de quais os tipos de cadeia lateral presentes e não de quantos são.

A histidina é contada aqui como um resíduo totalmente carregado, e essa é a maior fonte isolada de discordância entre esta figura e a carga modelada. O pKa da sua cadeia lateral na tabela usada neste site está em 6.0, e a pH 7 a fração que está de facto protonada é um dividido por um mais dez elevado a um, o que é cerca de nove por cento. Uma histidina contribui portanto com um para esta contagem e com cerca de 0.09 para uma carga a pH neutro, e a diferença entre esses dois números não é pequena.

A assimetria vale a pena ser dita com simplicidade porque corre num só sentido na classificação. Nenhum outro resíduo contado aqui como carregado é contado a mais tanto como a histidina, já que os grupos ácidos e os fortemente básicos estão de facto perto de estar totalmente num único estado em quase toda a gama de trabalho. É por isso que uma cadeia ácida curta dá uma contagem e uma carga que concordam razoavelmente bem, enquanto uma cadeia que depende da histidina não dá. O guia sobre carga líquida e Henderson-Hasselbalch expõe a aritmética por grupo, e a calculadora de carga em função do pH mostra quanto um grupo perto do seu pKa se pode deslocar.

Nenhum dos grupos terminais aparece nesta percentagem, e para um peptídeo curto essa omissão é grande. Uma cadeia de quatro resíduos com duas cadeias laterais ácidas é cinquenta por cento carregada por esta contagem, enquanto a molécula contém na verdade quatro grupos ionizáveis: as duas cadeias laterais mais uma extremidade N básica e uma extremidade C ácida. A verdadeira fração de posições ionizáveis é portanto cem por cento em vez de cinquenta, e toda a discrepância está nas duas extremidades.

As extremidades são também os grupos mais fáceis de remover e os maiores que existem. A amidação ou a acetilação de uma extremidade retira uma carga inteira, o que numa cadeia curta pode ser a diferença entre um peptídeo confortavelmente solúvel e outro com metade do apoio eletrostático que parecia ter. A calculadora de modificação terminal dá a variação de massa, e a aritmética na página da carga líquida é onde a consequência para a carga é efetivamente trabalhada, porque lá as duas extremidades são contadas automaticamente.

Tratada como um número entre quatro, a fração carregada é mais útil para localizar uma sequência entre os dois polos da visão baseada em contagem. Uma fração carregada alta junto de uma fração polar alta é um peptídeo que se mantém na água sobretudo pela carga e pelas ligações de hidrogénio das cadeias laterais. Uma fração carregada alta junto de uma fração polar baixa é um peptídeo cujo comportamento na água é dominado pela eletrostática, com pouca ligação de hidrogénio cooperativa, e essas duas coisas têm implicações diferentes para tudo o que tenha de ligar a uma superfície neutra.

As classes sobrepõem-se por convenção e não de forma limpa, e é por isso que as quatro percentagens não se destinam a somar cem. A tirosina pertence a três delas, a histidina pertence à lista de carregados numa forma que a exagera, e a calculadora de fração de resíduos polares é a companheira que preenche o lado das ligações de hidrogénio. Quando se quer um resumo da dependência do pH em vez de uma contagem, a calculadora de ponto isoelétrico devolve o pH a que a carga que esta contagem não lhe pode dar passa por zero.