পোলার অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর

এখানে লেবেলটি ঠিক একটি অর্থ বহন করে: হাইড্রোজেন বন্ধন ক্ষমতাসহ একটি সাইড চেইন যা নিরপেক্ষ pH-এর আশেপাশে কোনো ফর্মাল চার্জ বহন করে না। অ্যাসপারাজিন, গ্লুটামিন, সেরিন, থ্রিওনিন, সিস্টিন আর টাইরোসিন এই ভিত্তিতেই যোগ্য, আর প্রতিটি চার্জের দাম দিয়ে নয়, জলের সঙ্গে হাইড্রোজেন বন্ধন করে। সংজ্ঞায় চার্জহীন শব্দটি সত্যিই কাজ করে, কারণ এটিই এই শ্রেণিকে চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ থেকে আলাদা করে। দুটি একসঙ্গে সেই পেপটাইড সাইড চেইনগুলো বর্ণনা করে যেগুলো বৈদ্যুতিকীয়তার অন্য কারণে জলের সঙ্গে মিথ্যা করে।

এটি পরিমাপ নয়, সংজ্ঞা, আর গণনা শূন্য হয়ে এলে সেটি গুরুত্বপূর্ণ। এখানে শূন্য মানে কোনো চার্জহীন পোলার সাইড চেই নেই। এটি মানে না যে পেপটাইডে কোনো পোলার রসায়ন নেই, কারণ সাইড চেইনগুলো যা করছে তা যাই হোক, মূল শৃঙ্খল প্রতিটি পেপটাইড বন্ধনে হাইড্রোজেন বন্ধনকারী গ্রুপ বহন করে। এই দুই বক্তব্যের মধ্যের দূরত্ব হলো সাইড চেইনের তালিকা পড়া আর একটি অণু পড়ার মধ্যের দূরত্ব।

মূল শৃঙ্খলই অংশটি যা বাদ পড়ে, আর ছোট পেপটাইডের ক্ষেত্রে সেটি ছবির বেশিরভাগ। প্রতিটি পেপটাইড বন্ধন একটি হাইড্রোজেন বন্ধন দাতাসহ অ্যামাইড আর একটি গ্রহীতাসহ কার্বনিল যোগ করে, আর দুই প্রান্ত একটি মুক্ত অ্যামিন আর একটি মুক্ত কার্বক্সিল যোগ করে। এর সবকিছু দৈর্ঘ্যের সঙ্গে বাড়ে, আর এই গণনা বাড়ে না। আট অবশিষ্টাংশের একটি পেপটাইডে সাতটি পেপটাইড বন্ধন থাকে, তাই সাত জোড়া মূল শৃঙ্খলের দাতা ও গ্রহীতা, আর চার্জহীন পোলার সাইড চেইনের সংখ্যা সহজেই একেবারেই শূন্য হতে পারে।

এর কোনোটিই গণনাকে ভুল করে না, আর এটি যা মাপে তার জন্য আরও ভালো কোনো একক সংখ্যা নেই। এর মানে এই শতাংশকে সামগ্রিকভাবে অণুটি কতটা পোলার তার পরিমাপ হিসেবে পড়া যায় না। এটি যা হিসেবে পড়া যায় তা হলো সাইড চেইনগুলো কতটা পোলার রসায়ন যোগ করে, যা ঝিল্লি পেরোনো বা পৃষ্ঠতলে বসা একটি পেপটাইডের ক্ষেত্রে সাধারণত কাজের রাশিই। ভরের নয়, অবস্থানের গণনা এর জন্য সঠিক রূপ, আর ভরের সংস্করণ যেখান থেকে আসত গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর ।

হিস্টিডিন এই শ্রেণিতে নেই। একে বেসিক হিসেবে গোনা হয়, কারণ সে একটি প্রোটন গ্রহণ করতে পারে, আর এই পছন্দটি রাসায়নিক বাধ্যবশতক নয়, একটি প্রথা। তার ইমিডাজল সাইড চেইন নিরপেক্ষ রূপে চমৎকারভাবে হাইড্রোজেন বন্ধন করে আর সত্যিই পোলার, আর নিজের pKa-র কাছে অবশিষ্টাংশের একটি বড় অংশ ঠিক সেই অবস্থাতেই থাকে। শ্রেণীবিভাগ হিস্টিডিনকে রেখার চার্জযুক্ত দিকে রাখে, তারপর তাকে এমনভাবে গোনে যেন সে প্রোটোনযুক্ত, যা সেই pH-তে তার অবদানকে বাড়িয়ে দেখায় যেখানে সে বেশিরভাগ প্রোটন ছেড়ে দিয়েছে।

একই প্রথা হিস্টিডিনকে হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ থেকেও বাদ দেয়, কারণ শ্রেণিগুলো ইচ্ছাকৃতভাবে পরস্পর-বিচ্ছিন্ন। চারটি শ্রেণির শতাংশ আপনার প্রত্যাশার উপায়ে যোগ না হলে এটি জানা ভালো, আর এটাই কারণ অ্যারোমেটিসিটি ক্যালকুলেটর -ও সেটিকে বাদ দেয়, যদিও রাসায়নিক অর্থে ইমিডাজল বলয় অ্যারোমেটিক। প্রশ্নে লেবেল নয়, প্রোটোনেশন অবস্থা দরকার হলে, নেট চার্জ ক্যালকুলেটর আপনি যে pH দেবেন সেই pH-তে তা হিসাব করে দেয়।

দুই প্রান্তই তথ্যময়, আর কোনোটিই সতর্কবার্তা নয়। শূন্য মানে এই গণনার ভেতরের প্রতিটি পোলার অবদান মূল শৃঙ্খল থেকে বা ফর্মাল চার্জ থেকে আসছে, যা অ্যাসিডিক একটি অংশকে ঘিরে তৈরি পেপটাইডের জন্য একটি বাস্তব ও সাধারণ অবস্থা। একশো মানে প্রতিটি সাইড চেইন চার্জহীন পোলার, কোনো হাইড্রোফোব নেই আর কোনো ফর্মাল চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশও নেই, আর তাই পানিতে বসা বা কোনো অংশীদারের সঙ্গে বাঁধা যেকোনো কিছুর জন্য এটি তেমন বিরল। দুটি সংখ্যাই এমন বৈশিষ্ট্য নয় যা অনুক্রমকে দেওয়া হয়েছিল বলে, আর কোনোটিই পেপটাইডটি ব্যবহারযোগ্য কি না তার কোনো ইঙ্গিতও বহন করে না।

গণনা এই অবশিষ্টাংশগুলো পরস্পরের সাপেক্ষে কীভাবে সাজানো তা সম্পর্কেও কিছু বলে না, আর সাজানোর ওপরেই নির্ভর করে তাদের মধ্যে হাইড্রোজেন বন্ধন বাস্তবে গঠিত হতে পারে কি না। হুবহু একই পোলার ভগ্নাংশের দুটি পেপটাইড ভাঁজ খাওয়ার পর বা অংশীদারের সঙ্গে বাঁধার পর সম্পূর্ণ ভিন্ন হাইড্রোজেন বন্ধনের জ্যামিতি উপস্থাপন করতে পারে, আর গণনা কবরিত অংশের ব্যাপারে যেমন অন্ধ, এ ব্যাপারেও তেমন অন্ধ। কার্যকর পড়ার উপায় তুলনামূলক আর মোটা। অন্য সব সমান থাকলে যে শৃঙ্খলের পোলার ভগ্নাংশ বেশি তার সাইড চেইনের হাইড্রোজেন বন্ধন ক্ষমতাও বেশি, আর এটি একটি সত্যিকারের পার্থক্য যদিও সংখ্যাটি কোনো একক বহন করে না আর শক্তি বা জ্যামিতি সম্পর্কে কিছুই বর্ণনা করে না। ক্রম নয়, পরিমাণ চাইলে সারণিতে দেওয়া মানগুলোর ওপর প্রাপ্ত গড়ই সেটি সরবরাহ করে, আর GRAVY হাইড্রোফোবিসিটি ক্যালকুলেটর সেটি হিসাব করে এমন পাতা।