হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর

এই শতাংশটি অবশিষ্টাংশের একটি মোল ভগ্নাংশ, সাইটের অন্য প্রতিটি গঠন-সংখ্যার মতোই। এটি ভর ভগ্নাংশ নয়, আর দুটির রূপান্তর হয় লম্বা পথ ধরে: দুটি মোট তুলনা করার আগে প্রতিটি অবশিষ্টাংশের গণনাকে সেই অবশিষ্টাংশের সারণিতে দেওয়া ভর দিয়ে ওজনযুক্ত করতে হয়। গড় আণবিক ভর ক্যালকুলেটর সেই ওজনযুক্তকরণটি করে, আর প্রশ্নটি গণনা নয়, ভর নিয়ে হলে সেটিই সঠিক জায়গা।

এটি পৃষ্ঠতলের ভগ্নাংশও নয়, আর এই গুলিয়ে ফেলাটিই বেশি কোলাকর, কারণ জলের সঙ্গে মিথ্যা কী নিয়ন্ত্রণ করে সেটি প্রকৃতপক্ষে পৃষ্ঠের প্রকাশ। একটি গণনা ভাঁজানো গঠনের বাইরের একটি অবশিষ্টাংশকে তার মাঝখানে কবরিত একটির থেকে আলাদা করতে পারে না, আর একেবারে ভাঁজ না হওয়া একটি শৃঙ্খলে দুটোর মধ্যেও পারে না। সংখ্যাটি সেই শৃঙ্খলকেই বর্ণনা করে যা অনুক্রম বর্ণনা করে, অর্থাৎ একটি ক্রমে সাজানো অবশিষ্টাংশের তালিকা। এই অবশিষ্টাংশগুলো ত্রিমাপিতে কীভাবে দাঁড়ানো, সেই সম্পর্কে কিছুই নেই।

এখানে হাইড্রোফোবিক শ্রেণিতে তিনটি অ্যারোমেটিক অবশিষ্টাংশও আছে, যেগুলো অ্যারোমেটিসিটি ক্যালকুলেটর -ও গোনে। এই দুইবার গোনা ভুল নয়, ইচ্ছাকৃত, আর হাইড্রোফোবিক ও অ্যারোমেটিক শতাংশ দুটি পরস্পর-স্বাধীন না হওয়ার কারণ এটিই। চারটি শ্রেণির শতাংশ যোগ করে মোটকে একশোর সঙ্গে মিলিয়ে দেখার যেকোনো চেষ্টা ফেনিলঅ্যালানিন, ট্রিপ্টোফ্যান বা টাইরোসিন থাকা যেকোনো অনুক্রমে ব্যর্থ হবে।

হিসাবটি সবচেয়ে পরিষ্কারভাবে দেখা যায় এমন একটি অনুক্রমে যেখানে কেবল অ্যারোমেটিক অবশিষ্টাংশ আছে, যেখানে হাইড্রোফোবিক আর অ্যারোমেটিক দুটোই একশো আর চার্জযুক্ত ও পোলার দুটোই শূন্য। দীর্ঘ অ্যালিফ্যাটিক অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খলে একটি মাত্র টাইরোসিন যোগ করলে হাইড্রোফোবিক, অ্যারোমেটিক আর পোলার তিনটিই একসঙ্গে নড়ে, এমন পরিমাণে যেগুলোর পরস্পরের সঙ্গে কোনো সম্পর্ক নেই। একটি সাইড চেই আসলেই কয়েকটি কার্যকর বর্ণনার অন্তর্ভুক্ত হওয়ায় শ্রেণির তালিকাগুলো ইচ্ছাকৃতভাবে পরস্পর-ওপর-বাড়ানো। ঠিক সেই কারণেই পোলার অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর টাইরোসিনকে পোলার হিসেবে গোনে, আর চার্জযুক্ত অবশিষ্টাংশ ভগ্নাংশ ক্যালকুলেটর সেটিই যার শ্রেণিগুলো এগুলোর সঙ্গে পরস্পর-ওপর-বাড়ানো নয়।

একটিমাত্র অবশিষ্টাংশ বদলালে এই শতাংশ একশো ভাগ n পরিমাণে নড়ে, যা চার অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খলে 25 পয়েন্ট, দশ অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খলে 10 পয়েন্ট আর চল্লিশ অবশিষ্টাংশের শৃঙ্খলে 2.5 পয়েন্ট। তাই ছোট পেপটাইডে গণনার নিখুঁততা মোটা, আর অন্যথায় হুবহু একই দুটি পেপটাইডের মধ্যে এক অবশিষ্টাংশের পার্থক্য জানানো সংখ্যাকে পুরোটার এক চতুর্থাংশ নড়াতে পারে। খুব ভিন্ন দৈর্ঘ্যের পেপটাইডের মধ্যে তুলনা তাই যথেষ্ট দুর্বল, আর ছোট শৃঙ্খল ও দীর্ঘ শৃঙ্খলের মধ্যে কয়েক শতাংশের পার্থক্য কেবল দৈর্ঘ্যের পার্থক্য হতে পারে।

ছোট শৃঙ্খলের ওপর প্রাপ্ত গড়কে অনির্ভরযোগ্য করে তোলে একই হিসাব, আর GRAVY হাইড্রোফোবিসিটি ক্যালকুলেটরের পাতায় স্কোরটিকে পরিমাপ নয়, একটি সাজানোর হাতিয়ার হিসেবে পড়া ভালো তার কারণ। দুটি রাশিই একই অবশিষ্টাংশ-শ্রেণির সারণির ওপর দাঁড়ানো। GRAVY স্কোর এবং কাইট-ডুলিটল হাইড্রোফোবিসিটি এখানে কাজে লাগে, কারণ এতে প্রতি অবশিষ্টাংশের মানগুলো দেওয়া আছে যেগুলোতে গণনা আর গড় দুটোই নির্ভর করে।

এই শ্রেণির প্রতিটি অবশিষ্টাংশ অর্থাৎ ফর্মাল চার্জহীন আর হাইড্রোজেন-বন্ধকারী গ্রুপহীন, অর্থাৎ সেই অর্থে নন-পোলার, আর এই রেখাটি টানা যুক্তিসঙ্গত। এটি কেবল একটি রেখাও, আর অন্য একটি রেখাও যুক্তিসঙ্গত হতো। গ্লাইসিন আর প্রোলিন এখানে গোনা হয় যদিও তাদের সাইড চেইনের আচরণ জলে একটি মাত্র লেবেলের চেয়ে জটিল, আর সারণিতে বসানোর জন্য সুবিধাজনক একটি শ্রেণীবিভাগ স্বয়ংক্রিয়ভাবে কোনো নির্দিষ্ট প্রশ্নের জন্য সবচেয়ে তথ্যময় নয়।

গণনা দ্রুত, পুনরাবৃত্তিযোগ্য বক্তব্য, অনুক্রমের রাসায়নিক চরিত্র সম্পর্কে আর একই ভিত্তিতে বর্ণিত অনুক্রমগুলোর মধ্যে তুলনার জন্য ভালো। এটি অনুমান নয়। উঁচু হাইড্রোফোবিক ভগ্নাংশের সঙ্গে দুর্বল জলীয় দ্রবণীয়তা আর একত্রিত হওয়ার প্রবণতা সম্পর্কিত, আর সেই সম্পর্কটি জানার মতো বাস্তব, কিন্তু এটি একটি সম্পর্ক, কোনো সীমানা নয়, আর কিছু যা ঘটে তার সন্দর্ধনা এই সংখ্যায় নেই। নেট চার্জ ক্যালকুলেটর সাধারণত এই একটির চেয়ে বেশি ব্যাখ্যা বদলে দেয়, কারণ মাঝারি pH-তে আচরণ নিয়ন্ত্রণ করে হাইড্রোফোবিকতা নয়, চার্জ।